Den hellige Karl Borromeus (it: Carlo Borromeo; lat: Carolus) ble født den 2. oktober 1538 på familieslottet i Arona på sørvestsiden av Lago Maggiore i bispedømmet Novara og regionen Piemonte i Nord-Italia. Han ble døpt i sognekirken i Arona. Carlone, som var hans kjælenavn, var den tredje av seks barn og den andre av to sønner. Hans far var grev Giberto II Borromeo, en både god og talentfull mann som rundt 1530 giftet seg med Margherita de'Medici fra Milano (ikke Firenze). Hun var eldre søster av Giovanni Angelo de'Medici, den senere pave Pius IV (1559-65). Hun døde rundt 1547, da Karl var ni år, og faren giftet seg på nytt.
Karls første år ble tilbrakt på slottet i Arona og delvis i Palazzo Borromeo i Milano. Han viste allerede som barn en sterk vilje og en skarp forstand. Allerede da han var syv år overførte hans onkel, Julius Caesar Borromeo, klosteret Ss Gratiniano e Felino i Arona til ham in commendam, et privilegium familien lenge hadde hatt. For å sikre ham inntektene fra klosteret, mottok han tonsuren den 13. oktober 1547 fra biskop Giovanni Simonetta av Lodi. Karl fikk tre års skolegang i klosteret. Som tolvåring ble han utnevnt til abbed uten embetsforpliktelser og fikk tillatelse til å bære prestekjole, men i motsetning til det som var vanlig, understreket den unge geistlige overfor sin far at bortsett fra det som skulle til for å betale hans utdannelse, ga han avkall på det meste av inntektene til fordel for de fattige. Faren tok ham slik på ordet at Karl under hele studietiden var i pengenød.
Som tiåring ble han sendt til Milano, for faren var fast bestemt på at sønnen skulle få en utdannelse som var hans rang verdig, selv om alle mente gutten var tilbakestående siden han hadde en talefeil. I Milano studerte han latin under p. Giacomo Merula, og som 14-åring dro han i oktober 1552 til universitetet i Pavia for å studere jus – ikke teologi.Der studerte han under Frans Alciati, som senere ble utnevnt til kardinal på grunn av Karls innflytelse. Mens de andre studentene var mest opptatt av det glade studentliv, levde Karl fromt og anstendig. Men han arbeidet så hardt at hans helse led under det, og han måtte flere ganger avbryte studiene. Denne tiden brukte han til å forvalte familiens eiendommer. Han gjorde også mye for å gjenskape den gamle monastiske disiplinen blant munkene i klosteret Ss Gratiniano e Felino.
Hans far døde tidlig i august 1558 og ble gravlagt i kirken Santa Maria delle Grazie i Milano. Til tross for avbruddene i studiene gjorde Karls seriøsitet og flid at han som 21-åring den 6. desember 1559 kunne ta sin doktoreksamen i sivil- og kirkerett med beste karakter. Han vendte tilbake til Milano. Selv om han ikke var eldste sønn, tok han over forvaltningen av familiens forretninger etter anmodning fra familien, inkludert den eldre broren. Spørsmålet om eiendomsretten til familieslottet Arona var svært vanskelig, ettersom både Spania og Frankrike gjorde krav på det. Karl ledet forhandlingene med stor energi og diplomatisk dyktighet, og som en konsekvens av freden i Cambrai av 3. april 1559 ble slottet overgitt til grev Francesco Borromeo i navnet til hans nevø Federigo Borromeo (Karls bror) for å holdes av ham for kongen av Spania.
Den 18. august 1559 døde pave Paul IV (1555-59), og konklavet for å velge hans etterfølger varte fra 9. september til 25. desember 1559. Da ble Karls onkel, kardinal Giovanni Angelo de'Medici, valgt til ny pave som Pius IV (1559-65). Den 3. januar 1560 mottok Karl beskjed fra onkelen om å komme straks til Roma, men selv om han reiste på raskeste måte, nådde han ikke frem til kroningen den 6. januar. Paven betrodde sin begavede yndlingsnevø ansvarsfulle kirkelige embeter, først som pavens privatsekretær. Kort tid etter ble han i en alder av bare 22 år den 31. januar 1560 kreert til kardinaldiakon sammen med Giovanni de'Medici, sønn av hertugen av Firenze, og Gianantonio Serbellone, pavens fetter. Karl fikk den 14. februar som titularkirke Ss Vitus og Modestus, noe som den 4. september samme år ble byttet til San Martino ai Monti.
På denne tiden trakk kardinal Ippolito d'Este seg fra erkebispesetet i Milano, og i sin entusiasme utnevnte paven Karl den 8. februar til administrator av det ledige erkebispesetet, selv om han ikke var presteviet. Men Karl fikk ikke tillatelse til å reise til Milano, for deretter ble han i rask rekkefølge utnevnt til legat til Bologna, Romagna og Marche og protektor for Portugal, Nederlandene, de katolske kantonene i Sveits, for fransiskanerne og karmelittene, Humiliati, De regelbundne kannikene av Det hellige Kors av Coimbra, Malteserridderne og ridderne av Kristi hellige Kors i Portugal. På grunn av disse embetene måtte han bo i Roma, og han utnevnte en fullmektig i Milano. Antonio Roberti tok som hans vikar erkebispedømmet i besittelse i mai 1560, og Karl sendte biskop Donato av Bobbio som sin fullmektig for biskoppelige funksjoner. Den 21. desember 1560 ble han viet til subdiakon og diakon. Ved et motu proprio av 22. januar 1561 ga pave Pius IV Karl en årlig inntekt på 1000 gullkroner fra det biskoppelige mensa i Ferrara.
Karl tok seg også av familiens affærer, blant annet å finne ektemenn til sine fire søstre, men han fant også tid til studier. I fritiden var han opptatt av musikk, og han spilte lutt og violoncell, men også fysisk aktivitet (ballspill). Fra begynnelsen gjorde han mye for å heve presteskapets kunnskapsnivå. Blant andre tiltak grunnla han i Vatikanet et litterært akademi for geistlighet og legfolk, og noen av talene og avhandlingene finnes i hans etterlatte arbeider som Noctes Vaticanae.
Karl bodde først i Vatikanet, men i juli 1562 flyttet han til Palazzo Colonna på Piazza Sancti Apostoli. I henhold til sin posisjon i samfunnet hadde han et strålende palass og holdt seg med en stor og ødsel husholdning som alle kirkefyrster på den tiden. Denne ekstravagansen uroet ham, medvirkende var også fiendtligheten han ble møtt med etter å ha fordømt utskeielser og misforhold blant tjenestemenn i den romerske kurien.
Da erkebiskopen av Braga, den ærverdige Bartolomeus de Martyribus OP, besøkte Roma, la Karl frem sine problemer for ham: «Du ser min situasjon. Du er klar over hva det innebærer å være pavens nevø – hans høyt elskede nevø. Farene er uendelige. Jeg er ung, og jeg har ingen erfaring. Hva skal jeg gjøre? Gud har gitt meg en kjærlighet til bot, og jeg tenker noen ganger på å gå inn i et kloster og leve som om det bare var Gud og meg i hele verden». Erkebiskopen klarte å overbevise ham om at Gud hadde gitt ham en oppgave i Kirkens tjeneste, og at han ikke skulle oppgi den. Men han la til at han burde finne en måte å dra til Milano så snart som mulig.
Som pavens sekretær fikk Karl i økende grad gunstig innflytelse over sin verdslige onkel i favør for reform ved pavehoffet, og han brakte paven nærmere den katolske reform. Som leder for Consulta innehadde han i praksis embetet som kardinalstatssekretær, selv om den tittelen ble innført først senere. Karl var en av de viktigste pådriverne for å få paven til å åpne den fjerde og avsluttende sesjonen av konsilet i Trient (Trento), som hadde blitt suspendert i 1552. Den 18. januar 1562 kunne konsilet gjenåpnes i nærvær av to kardinaler, 106 biskoper, fire abbeder og fire ordensgeneraler. Det var i den siste sesjonen av dette store reformkonsilet at mange av de viktigste dogmatiske og disiplinære dekretene ble vedtatt. Konsilet ble avsluttet den 4. desember 1563.
Karl spilte en viktig rolle på reformkonsilet, og det var hans innflytelse som fikk paven til å godkjenne vedtakene og sette dem ut i livet. I et konsistorium den 26. januar 1564 stadfestet pave Pius IV dekretene fra konsilet, og senere oppnevnte han en kommisjon av åtte kardinaler for å gjennomføre dem. Selv var Karl spesielt fremtredende i utarbeidelsen av katekismen, Cathecismus Romanus. Han var også ansvarlig for å reformere liturgiske bøker og for kirkemusikken, hvor han var en beskytter av Palestrina og bestilte fra ham Missa «Papae Marcelli» (til minne om pave Marcellus II, som styrte i tyve dager i 1555).
Den 28. november 1562 døde Karls eldre bror, grev Federigo (Fredrik) Borromeo, som han hadde stått svært nær, og Karl fant seg som overhode for sin store adelsfamilie. Alle tok det for gitt at siden han ikke var ordinert, ville han forlate Kirkens tjeneste og gifte seg, og dette ble til og med foreslått for ham av paven etter anmodning av andre slektninger. Men Karl bestemte seg i stedet for å holde seg strengt til åndelige spørsmål og overførte sin familiestilling til onkelen Julius.
Den 4. september 1563 ble han i hemmelighet presteviet, 25 år gammel, av kardinal Federigo Cesi i basilikaen Santa Maria Maggiore. Den 7. desember samme år ble han bispeviet i Det sixtinske kapell av kardinal Gianantonio Serbelloni, og paven utnevnte ham til erkebiskop av Milano og kardinalprest. Den 23. mars 1564 mottok han palliet, og i juni 1564 fikk han som titularkirke Santa Prassède. «Humilitas et Caritas» (ydmykhet og kjærlighet) sto det i hans bispevåpen. Han la av sin aristokratiske livsførsel og levde heretter et asketisk liv med tunge botsøvelser, fastet ofte og sov lite. Han fikk ikke pavens tillatelse til å forlate Roma, men han fikk tillatelse til å reise til Milano for å holde en provinssynode, den første av seks i hans regjeringstid.
Karl forlot Roma den 1. september 1565, og den 23. september 1565 gjorde han sitt høytidelige inntog i Milano. Han ble offisielt innført i embetet som erkebiskop av Milano av erkebiskop Bartolomeus de Martyribus av Braga gjennom skriftet Stimulus pastorum. Den 15. oktober møttes provinssynoden i Milano med ti av femten suffraganbiskoper til stede. Tre av dem var kardinaler, og en av dem, Nicolò Sfondrato av Cremona, skulle senere bli pave som Gregor XIV (1590-91). Karl ville bruke prinsippene fra Tridentinerkonsilet i et forsøk på å reformere sitt store bispedømme, hvor behovet var stort, fordi det var preget av stor uorden. Det handlet om presteskapets disiplin og utdannelse, feiringen av messen, administreringen av sakramentene, katekismeundervisning på søndager og mange andre temaer. Karl fikk et gratulasjonsbrev fra paven. Synoden var slutt den 3. november.
Senere samme år var han på vei tilbake til Roma via Toscana, der han hadde plikter som legat a latere, da han fikk beskjed om at paven var alvorlig syk. Han skyndte seg til Roma til pavens dødsleie, hvor også den hellige Filip Neri var til stede. Den 10. desember døde pave Pius IV. I det påfølgende konklavet var Karl aktiv i valget den 7. januar 1566 av onkelens etterfølger, kardinal Michele Ghislieri OP, den hellige Pius V (1566-72).
Den nye paven ville at Karl skulle bli en stund i Roma og fortsette i sine embeter. Men Karl så nå den muligheten han hadde ventet på, og ga så sterkt uttrykk for at han ville tilbake til sitt folk, at paven ga Karl tillatelse til å bosette seg i sitt bispedømme og ga ham sin velsignelse. Karl kom endelig til Milano den 5. april 1566 og han startet straks gjennomføringen av sine reformer. Han fant at tilstanden var trøstesløs. På åtti år hadde ingen biskop bodd i byen, og selv om hans vikar, hjulpet av en gruppe jesuitter, hadde prøvd å innføre reformer der, var det langt fra tilstrekkelig. Karl fant at bispedømmet hadde forfalt, kirkene var vanskjøttet, prestene forsømte sine embetsplikter og var late og umoralske. Folket gikk ikke lenger fast til messe og mottok sakramentene og var smittet av vranglære. Korrupsjon og overtro hersket.
Utrettelig kjempet erkebiskopen fra nå av for å få folkets tillit. Han startet med å redusere sin egen husholdning og solgte dekketøy og annet utstyr for 30.000 kroner, og han ga hele summen til hjelpetrengende familier. Hans almisseutdeler fikk beskjed om å gi fattige 200 kroner i måneden. Hver søndag og helligdag besteg han selv prekestolen, selv om han fra sine unge år led av en talefeil, som han til slutt overvant, men han var ute av stand til å preke utvungent. Ikke desto mindre ble han en av de største predikanter i sitt århundre.
Karl foretok stadige visitasjonsreiser, og reiste rundt i sitt store bispedømme til fots eller til hest, helt opp i fjerne Alpedaler. Bispedømmet strakte seg på den tiden fra Venezia til Genève, og det hadde 3.000 geistlige og 600.000 legmenn og -kvinner i over 2.000 kirker, 100 kommuniteter for menn og 70 for kvinner. Over alt ordnet han opp i det kirkelige liv, avsatte uverdige prester, ga presteskapet enhetlige drakter og sjekket registrene over dåp og giftermål. Han vant også tilbake noen som hadde gått over til protestantene (zwinglianerne).
Blant de ordenene som hjalp Karl i hans reformer, var jesuittene og barnabittene. Han arrangerte retretter for sitt presteskap og dro selv på retrett to ganger i året. Han hadde som regel å skrifte hver morgen før han feiret messe. Hans skriftefar var dr. Griffith (Gruffydd) Roberts, waliser fra bispedømmet Bangor, forfatter av en berømt walisisk grammatikk. Karl utnevnte en annen waliser, dr. Owen Lewis til en av sine generalvikarer; han ble senere biskop av Cassano i Calabria. Karl ga sjenerøs støtte til det engelske kollegiet i Douai, og det i en slik grad at kardinal Allen kalte ham dets grunnlegger, og han holdt den hellige John Fisher svært høyt og hadde alltid hans bilde med seg.
For å avhjelpe folkets religiøse uvitenhet opprettet Karl «søndagsskoler» og dannet et «Brorskap for Kristen lære» (CCD) for å stå for undervisningen der. De skulle på det meste ha hatt 740 skoler med 3.000 kateketer og 40.000 elever. For egne penger åpnet han som en av de første biskoper mange seminarer for å utdanne prester, blant annet Collegium Helveticum i Milano i 1570 for prester som skulle sendes til Sveits, og det berømte Brera, jesuittkollegiet i Milano. Han utga en katekisme, grunnla skoler, hjem for falne jenter, barnehjem, gamlehjem, fattigsykehus og innførte fri rettshjelp for ubemidlede. Han ledet sitt bispedømme strengt, men rettferdig, og han insisterte på en verdig feiring av messen. Han ga selv sine prester et eksempel på et godt og uselvisk liv ved å ta seg av de fattige og syke. Han gjorde Kristus til virkelighet i hverdagen, og hans innflytelse strakte seg ut over hans eget bispedømme.
Karl er beskrevet som robust og med en verdig holdning. Hans nese var stor og krum, han hadde en blek ansiktsfarge, brunt hår og blå øyne. Han hadde et kort og uflidd rødbrunt skjegg til 1574, da han beordret sine prester til å barbere bort skjegget, og som i alle saker, gikk han selv foran med et godt eksempel.
Karl hadde en spesiell kjærlighet for liturgien og tok seg alltid god tid med den, samme hvor travelt han hadde det. Han tok også initiativ som førte til bevaring og fornyelse av den ambrosianske liturgien i Milano. I tillegg stiftet han et brorskap for tilbedelse av Det hellige Sakrament. Han var også trofast i å praktisere indre bønn, og en gang fortalte han sitt presteskap at ingenting er mer nødvendig for dem enn å praktisere indre bønn; den skulle komme før, under og etter deres gode gjerninger. I løpet av sine 19 år i Milano avholdt han femten bispedømmesynoder og fem provinssynoder. Dokumentene derfra ble trykt som Acta Ecclesiae Mediolanensis og spredt i hele Europa som mønstereksempel på en kirkelig embetsførsel fra preken og sakramentsforvaltning til kirkeutsmykninger og formuesforvaltning.
Karl var en fremtredende skikkelse blant reformkatolikkene etter Trient-konsilet, og er blitt kalt «en annen St. Ambrosius». Men hans strenghet og bydende holdning har ikke unngått kritikk. Hans kompromissløse reformer ble da heller ikke gjennomført uten motstand, og mange forsøkte å få ham fjernet fra sitt embete. Dette var på den tiden spanjolene hersket i Lombardia, og fremfor alt var den spanske stattholder i Milano hans motstander. Karl satte inn hele den innflytelse hans stilling ga ham mot de umenneskelige spanske inkvisisjonsmetodene, og han fremmet italienske interesser mot de fremmede makthaverne. I 1567 pådro han seg senatet i Milanos vrede og strid om hans episkopale jurisdiksjon da han fengslet flere legpersoner for deres onde liv, og da den episkopale sheriff i 1569 ble drevet ut av byen av sivile tjenestemenn, ekskommuniserte han dem. Begge gangene ble saken rapportert til pave Pius V og kong Filip II av Spania, men begge gangene var dommene i erkebiskopens favør.
Men hans biskoppelige rettigheter ble utfordret igjen i kollegiatskirken Santa Maria della Scala i Milano. Denne kirken var i 1531 erklært av pave Klemens VII (1523-34) eksempt fra erkebiskopen av Milanos jurisdiksjon, forutsatt at erkebiskopens samtykke forelå. Men noe samtykke var aldri innhentet, så derfor var eksempsjonen aldri trådt i kraft. Støttet av senatet og guvernøren, hertugen av Albuquerque, erklærte kannikene i Santa Maria della Scala seg eksempt fra erkebiskopen og stolte på at den verdslige makt ville støtte dem. Tidlig i september 1569 dro erkebiskopen for å visitere kirken, men kannikene nektet ham å komme inn. Karl tilga dem denne fornærmelsen, men igjen opprettholdt paven og kongen hans rettigheter.
Den 26. oktober 1569 var Karl til stede ved kveldsbønnen i erkebiskopens kapell. Han hadde forsøkt å legge en demper på en korrupt religiøs gruppe som var kjent som Humiliati. De hadde blitt færre og færre og hadde nå ikke mer enn 70 medlemmer, men de disponerte verdiene til 90 klostre. Et medlem av Humiliaterordenen, presten Hieronymus Donati Farina, var til stede i kapellet, forkledd som legmann. Han skjøt mot erkebiskopen der han knelte ved alteret. Han hadde fått 40 gullstykker av tre munker for udåden, som var skaffet til veie ved å selge utsmykningen i en kirke. Farina kom seg unna i forskrekkelsen som oppsto. Da det viste seg at såret ikke var dødelig, holdt Karl en høytidelig takksigelse og prosesjon. Deretter lukket han seg inne i et karteuserkloster i noen dager for å vie sitt liv til Gud på ny. Humiliaterne ble oppløst med en bulle fra pave Pius V den 7. februar 1571. Selv om Karl ønsket å tilgi dem som prøvde å drepe ham, ble fire av konspiratørene dømt til døden. Alle var geistlige og ble overlevert til den verdslige makt den 29. juli 1570. To ble halshogd, mens to ble hengt, inkludert Hieronymus Donati Farina.
Da høsten slo feil i 1570, brøt det ut en stor hungersnød i Milano. Da forsto folket endelig hva som bodde i deres erkebiskop. I flere måneder bespiste han hver dag 3000 fattige og fikk adelen og de rike med og organiserte avhjelping av den verste nød. Han brukte hele livet store deler av sin egen formue til slikt arbeid, men sa selv «Det er bedre for en biskop å ha gjeld enn formue».
Den 1. mai 1572 døde pave Pius V, og Karl dro til Roma for å delta i konklavet. Det varte i bare en dag, og den 13. mai 1572 ble kardinal Ugo Buoncompagni valgt som Gregor XIII (1572-85). Etter at hertugen av Albuquerque var død ble stillingen som guvernør overtatt av Don Luis de Requesens, som hadde kjent Karl i Roma. Men tilskyndet av Karls motstandere offentliggjorde han noen brev som med urette diskrediterte Karl i spørsmål om kongelig autoritet. Trett av kampene om jurisdiksjon og det politiske spillet ekskommuniserte Karl i 1573 guvernør Luis de Requesens, som deretter ble fjernet av kong Filip II. De to siste guvernørene lærte av dette at de ikke skulle komme på kant med kardinalen.
I 1575 ble det feiret hellig år, og over 400.000 pilegrimer valfartet til Roma. Karl Borromeus dro til fots gjennom Appenninene, en botsvandring på 14 dager. I 1576 ble jubileumsavlaten forkynt i Milano, og enorme folkemengder kom til byen. Dessverre brakte de pesten med seg til Milano. Stattholderen Don Antonio de Guzmán flyktet, mens erkebiskopen, som befant seg utenbys, straks vendte tilbake til byen og satte i verk de nødvendige tiltak for å bekjempe sykdommen. Uten frykt for smitte trøstet han de syke, bygde sykehus og forbedret de gamle og brukte enda mer av sin formue på mat og klær for de syke, og gikk selv til og med som tigger rundt til de rike i byen. Han sendte bud på prester og legfolk fra Apledalene, for presteskapet i Milano ville ikke nærme seg de syke. For å bekjempe pesten ga han en rekke nye forskrifter.
Pesten fikk handelen til å bryte sammen, og det måtte finnes mat til 60.000-70.000 mennesker daglig. Karl solgte først sin store eiendom i Oria i Napoli for å skaffe penger til å lindre lidelsene. Da han hadde brukt opp sine egne ressurser, måtte han ta opp lån for å få tak i forsynbinger. Klær ble laget av de flaggene som hadde hengt fra hans hus til katedralen under prosesjoner. Tomme hus ble tatt i bruk og det ble bygd tilfluktssteder for de syke. Altere ble satt opp i gatene slik at de syke kunne delta i offentlige gudstjenester fra sine vinduer. Da pesten nådde sitt høydepunkt, gikk Karl i botsgang gjennom byen, barføtt med et kors i hånden, med alle tegn på sin verdighet lagt av. Og Gud hørte ham: Etter et år var pesten over i 1578. Som ved et under var erkebiskopen og hele hans hus forskånet.
Da stattholderen kom tilbake, klagde han erkebiskopen inn for Roma, fordi han hadde satt seg mot de verdslige forordninger ved selv å gå inn i de sykes hus og sendt sine prester dit. Men nå sto folket opp for sin biskop. Overalt hvor han kom ble han hyllet som hellig. Også i Roma fant han bare anerkjennelse, og da han til tross for ryktene om at han ville bli igjen i Roma, kom tilbake til Milano, fikk han en storslått mottagelse. Han var imidlertid radmager og avkreftet, og selv om han fortsatte å være like streng mot seg selv, var hans vesen så mildt at alle anså ham som hellig. En protestant mente at hvis alle prester hadde vært som ham, ville Kirken aldri ha blitt splittet.
I 1578 nektet noen av kannikene ved katedralen å samarbeide i noen av hans reformer av kapitlet på basis av et fellesliv. Da startet han en kongregasjon av sekularprester, Oblatene av St. Ambrosius, som avla enkelt lydighetsløfte til biskopen. Den eksisterer ennå som «Oblatene av St. Ambrosius og St. Karl» (Ambrosianere). Våren 1580 hadde Karl i en uke besøkt av et dusin unge engelskmenn på vei til hjemlandet. Blant dem var de hellige Ralph Sherwin og Edmund Campion, som 18 måneder senere skulle lide martyrdøden ved Tyburn. Senere samme år møtte Karl den hellige Aloisius Gonzaga, som da var tolv år, og ga ham den første kommunion. På slutten av 1583 ble Karl utnevnt til apostolisk visitator til Sveits, hvor han i Grisons måtte ta seg av både hekseri og trolldom i tillegg til konsekvensene av Calvins og Zwinglis lære.
Karl var utrettelig og energisk og alltid på farten, men han slet seg helt ut, og hans helse ble verre. I 1584 ble han angrepet av erysipelas (rosen) i en fot, noe som tvang ham til sengs. I oktober 1584 dro han til Mante Varallo for sin årlige retrett. Med seg hadde han jesuittpateren Adorno. Han sa til flere at han ikke ville bli lenge i denne verden, og den 24. oktober ble han syk med feber. Den 29. oktober dro han mot Milano, på Allehelgensdag 1. november feiret han sin siste messe i Arona, sitt fødested, og dagen etter kom han til Milano. Han gikk rett til sengs og ba om de siste sakramentene. Disse fikk han av erkepresten i katedralen. Om kvelden den 3. november 1584 døde han fredelig, bare 46 år gammel, i armene på sin walisiske skriftefar Griffith Roberts. Hans siste ord var: «Se, Herre, jeg kommer. Skje din vilje».
Da kirkeklokkene i domkirken forkynte budskapet om overhyrdens død, brøt det ut en så stor forvirring som om en fiende hadde besatt byen. Overalt lød klageskrik og tårer. Særlig de fattige, som Karl hadde vært som en far for, var utrøstelige. Det var en så stor trengsel for å se den døde at man måtte slå i stykker veggene for å gi massene en utgang. Rekviemmessen ble feiret av kardinal Nicolò Sfondrato den 7. november. Selv hadde Karl angitt begravelsesstedet og en enkel gravskrift, og han ble bisatt om natten i krypten i domkirken i Milano. I kirken San Carlo i Arona er det et relikvar med en kopi av hans dødsmaske. Snart etter ble folket enige om å bygge et monument for ham, en 28 m høy statue på en 14 m høy sokkel. Statuen ble kalt «Carlone» eller «Store Karl».
Det oppsto straks en spontan kult, og på ettårsdagen for hans død feiret folket allerede dagen som en stor fest, og den helliges kult økte fra år til år, og oppsiktsvekkende undre skjedde på hans grav. Tilstrømningen til graven var så stor at steinen som dekket den, måtte omgis av et gjerde for å beskytte den fra den folkelige fromme entusiasmen. Det stoppet ikke folk fra å dekke den beskjedne gravsteinen med de mest dyrebare gaver. Ringer, halskjeder, perler, rubiner, diamanter, massive lamper av gull eller sølv var vanlige gaver. I 1610 var det 10.891 votivgaver i sølv og 9.618 dyrebare gaver ved Karls grav.
Etter at Karls saligkåringsprosess var godt i gang, ble to biskoper delegert av Roma sendt til Milano for å identifisere Karls legeme. I tyve år og fire måneder hadde han ligget i sin beskjedne grav under gulvet i domkirken i en kiste av bly og en annen av tre. Stedets naturlige fuktighet hadde korrodert overflatene på begge kistene, slik at fuktigheten hadde trengt helt inn til Karls legeme. Den 6. mars 1606 ble kisten åpnet i nærvær av de to biskopene, kardinal Federico, Msgr Bascape og to notarer for identifikasjonen. Disse bevitnet at Karls legeme fortsatt var intakt til tross for kistenes tilstand. Legemet ble flyttet midlertidig til det søndre sakristiet, hvor det ble i ett år, omhyggelig voktet. Gravsteinen ble erstattet av et jerngitter, og hvelvet ble gjort om til et lite oratorium hvor det ble lest messe. Den 7. mars 1607 ble Karls legeme, kledd i nye gevanter og lagt i nye kister av bly og tre, brakt tilbake til sitt opprinnelige hvilested.
Tidlig på 1600-tallet ble det beskjedne oratoriet omskapt av Richino til et praktfullt åttekantet kapell. Relikviene hviler nå på et sølvalter, som ble gitt i gave av kong Filip IV av Spania. Under undersøkelsen av relikviene i 1880 så man at Karls legeme var blitt balsamert på vanlig måte kort etter døden, men dette kunne ikke være direkte ansvarlig for bevaringen av legemet nesten 300 år etter den helliges død. Da kardinal Giovanni Battista Montini, den senere pave Paul VI (1953-78), var erkebiskop av Milano, ble Karls ansikt dekket av en sølvmaske på hans anmodning. Legemet, fortsatt bevart, er kledd i pontifikale gevanter utsmykket med edelsteiner. Hans hjerte oppbevares i kirken San Carlo al Corso i Roma.
Karl ble saligkåret i 1602 av pave Klemens VIII (1592-1605) og helligkåret den 1. november 1610 av pave Paul V (1605-21). I 1613 ble hans fest tatt inn i den romerske kalenderen. Den var opprinnelig 5. november, men siden 1652 har hans minnedag vært feiret den 4. november. Hans navn står i Martyrologium Romanum.
Kunstnere begynte å male ham, enten alene eller i grupper av helgener, ennå før han var helligkåret. Karl Borromeus fremstilles i kardinaldrakt med et kors i hånden, mens han deler ut kommunion til pestsyke, gjerne med et ciborium i hånden. Han kan også fremstilles med et dødt barn som han vekker til live igjen. En annen av Karls skriftefedre, den hellige barnabitten Alexander Sauli, fulgte Karls eksempel og gjennomførte lignende nødvendige, men uvelkomne religiøse reformer på Corsica.