Som gutt følte han et sterkt kall til å tjene Gud, og han begynte på gutteseminaret i Pleaux, deretter på presteseminaret i Saint-Flour fra oktober 1859. Han ble presteviet den 21. mai 1865 for bispedømmet Saint-Flour. Biskop de Pompignac sendte ham som kapellan til et landsens sogn i Roannes-Sainte-Marie, hvor han erstattet en syk og aldrende prest. Han ble mislikt av sognepresten (som ventet at en annen skulle utnevnes). Men Berthieu demonstreret tålmodighet og tilpasset seg situasjonen, og han ble der i ni år.
Da bestemte han seg for å dra ut som misjonær, så han søkte om opptak hos jesuittene (Societas Iesu – SJ). Selv om hans biskop hadde planer om å utnevne ham til sogneprest, ga han sin tillatelse til at den 35-årige presten den 31. oktober 1873 kunne påbegynne jesuittenes novisiat i Pau. Fordi han hadde vært prest en tid, ble p. Berthieus opplæring under novisiatet annerledes enn de andre novisene, som var femten år yngre enn ham. Etter et år i Pau flyttet han i 1874 til seminaret i Vals-près-le-Puy for en kort oppfriskning av filosofien. Der kom han i kontakt med Henri Ramière og utviklet en dyp hengivenhet for Jesu hellige Hjerte.
Jakob Berthieu ankom til Sainte-Marie den 14. desember, og straks kastet han seg ut i misjonsarbeidet. Han underviste barna i katekismen, forvaltet sakramentene, hørte skriftemål og pleide de syke. To andre jesuitter var på øya sammen med ham, men den ene var gammel og den andre svakelig, slik at alle byrdene i misjonen lå på ham. Han hadde hjelp fra noen St. Josefssøstre (Sœurs de Saint-Joseph de Cluny) og dannet et dynamisk misjonsteam.
Han arbeidet i fire år og nøt freden på misjonsstasjonen, men den ble brutt da Frankrike i 1880 vedtok dekreter som forbød medlemmer av uautoriserte religiøse kongregasjoner å forbli på fransk territorium, og dette innebar en utvisning av jesuittene. I mars 1880 stengte regjeringen jesuittenes skoler og tvang ordenens medlemmer i eksil. De måtte også forlate Sainte-Marie, som hadde vært knyttet til Frankrike siden 1750. Brødrene forlot øya tidlig i oktober 1881. P. Berthier dro da til Madagaskar, som da var et uavhengig kongerike. Fra Tamatave dro han til hovedstaden Tananarive (nå Antananarivo), deretter til Ambohimandroso ved Fianarantsoa i sør, hvor han begynte å arbeide blant Betsileo-folket.
Mindre enn to år senere måtte også dette misjonsarbeidet stanse. Madagasserne erklærte krig mot franskmennene og i mai 1883 innskrenket de den religiøse aktiviteten til de franske prestene i landet. P. Berthieu forlot sin misjon i midten av juni sammen med tyve andre, ni prester, syv brødre og fire Josefssøstre, og etter å ha gått rundt tretti mil, kom de den 10. juli til Tamatave, hvor p. Berthieu møtte sine medbrødre. Siden det var umulig å engasjere seg i noen prestetjeneste, begynte p. Berthieu med hagearbeid, og hans arbeid sørget for friske grønnsaker på bordet. I halvannet år var han henvist til lediggang, langt fra sin «utsatte og forlatte flokk». Men de franske soldatene på øya var uten feltprester, så flere jesuitter inkludert p. Berthieu dro for å tjenestegjøre for dem som frivillige kapellaner i nord. Han dro til Vohemar i nordøst. På slutten av 1885 ble det undertegnet en avtale og freden ble gjenopprettet. I 1886 gjenåpnet Jakob Berthieu misjonen i Ambositra, hvor han selv ble superior.
I 1891 dro han for å evangelisere Merina-folket i distriktet Andrainarivo (dagens Anjozorofady), like nord for Tananarive. Hans nye misjon dekket et stort område. Han hadde atten stasjoner å besøke, noen av dem svært langt unna, og han var ofte på veien på reise fra en stasjon til en annen. Denne gangen hadde han ingen medhjelpere. Hans tjeneste ble igjen avbrutt i 1895 av en madagassisk oppstand mot franskmennene. Han måtte forlate sin misjon i oktober 1894, og denne gangen reiste han til Réunion. Eksilet varte denne gangen i tretten måneder, og straks krigen var slutt, var han tilbake på stasjonen i desember 1895.
Men fredsavtalen varte ikke lenge, og i mai 1896 brøt det ut et nytt opprør for å gjeninnføre avgudsdyrkelsen blant Menalamba-folket («de som bærer rød lamba» [tradisjonell drakt på Madagaskar]) vest for Imerina, og opprøret bredte seg til nord. Opprørerne hevdet at landets nylige ulykker skyldtes at forfedredyrkingen ikke lenger ble praktisert. Uten å skjelne mellom hva som var religiøst og hva som var politisk gikk de etter alt som var utenlandsk. De klarte til slutt å infiltrere regionen Andrainarivo, noe som fikk de militære myndighetene til å beordre befolkningen til å evakuere.
Da kampene var kommet innen en distanse av noen timers gange fra stasjonen i Ambatomainty, beordret den franske obersten, som var opptatt av folkets sikkerhet, dem den 25. mai til å flytte like utenfor landsbyen. P. Berthieu hadde en hest og kunne ha tatt teten, men han valgte å knytte sin skjebne til folkets. Han lånte bort hesten til en ansatt på misjonen som ikke kunne gå på grunn av en skadet fot. P. Berthieu dro sammen med sitt folk og slo leir sammen med dem på markene. Om opprøret sa han: «Dette er fremfor alt en forfølgelse av den katolske tro blandet med et visst ønske om uavhengighet. Djevelen leder hele operasjonen». Ikke-katolske misjonærer hadde en tid oppmuntret ikke-kristne til å motsette seg misjonærene på øya. P. Berthieu og hans folk tok landeveien fatt, de bar sine eiendeler og led under å bo utendørs dag og natt.
Den 6. juni fikk p. Berthieu høre at det ville bli tryggere for hans gruppe å dra til hovedstaden. Den 7. juni feiret han messe klokken fire om morgenen, og deretter startet flyktningene marsjen mot Tananarive. På veien ble de angrepet av Menalamba-stammen, og de ble tvunget til å spre seg og ta tilflukt i nærliggende landsbyer. P. Berthieu og flere av hans flokk fant ly i Ambohibemasoandro, en landsby som var overveiende ikke-katolsk. Men siden gjestfrihet var hellig blant folket, ble de ønsket velkommen.
Morgenen etter, den 8. juni, kom Menalamba-folket til landsbyen og arresterte misjonæren. Etter å ha mishandlet ham, slått ham med køller og såret ham, tok de av ham prestekjolen og tvang ham til å følge dem i det kalde regnet til landsbyen hvor deres høvding bodde. Da fangen kom til Ambiatibé nær Tananarive, skalv han av kulde og hans underskjorte var full av blod. Høvdingen var klar over prestens innflytelse hos den katolske befolkningen, så derfor prøvde han å få p. Berthieu til å oppgi troen, men uten suksess. Til slutt sa han: «Gi opp din kjeltringaktige religion og slutt å narre disse folkene. Da vil vi akseptere deg som vår leder og rådgiver og vil ikke drepe deg.»
Til dette løftet om frihet svarte misjonæren: «Mitt barn, jeg kan ikke gå med på det. Jeg foretrekker å dø». Ved denne enkle erklæringen valgte p. Berthieu martyriet. Etter høvdingens neste ordre angrep flere av hans menn misjonæren med køller, og en av dem slo ham i hodet så han falt på bakken. Etter at morderne hadde fullført udåden ved å skyte misjonæren, kastet de liket i elven Mananara, og det ble aldri funnet igjen. Det var den 8. juni 1896, og p. Berthieu ble 58 år gammel. Etter hans død begynte lokalbefolkningen å melde om mirakler etter å ha drukket av vannet han ble kastet i. Av p. Berthieus seks mordere skjøt franskmennene tre. De tre andre døde som kristne, etter at p. Theofil Weber, misjonær i det distriktet hvor p. Berthieu ble martyr, hørte deres skriftemål kort tid før hans død, og to av dem ble døpt.
Den 10. oktober 1916 åpnet den apostoliske vikaren av Antananarivo, Msgr de Saune, en formell undersøkelse av de nøyaktige omstendighetene rundt p. Berthieus død. Etter en anmodning fra Rituskongregasjonen i Vatikanet i 1933 begynte den ordinære prosedyren, Jakob Berthieus saligkåringssak ble introdusert i Roma den 26. juni 1940. Den 8. april 1964 undertegnet pave Paul VI (1963-78) dekretet fra Helligkåringskongregasjonen som anerkjente hans død som et martyrium in odium fidei – «av hat til troen», og han fikk dermed tittelen Venerabilis, «Ærverdig». Han ble saligkåret som martyr den 17. oktober 1965 av pave Paul VI. Han var den første fra Madagaskar som er blitt saligkåret.
Den 19. desember 2011 undertegnet pave Benedikt XVI dekretet fra Helligkåringskongregasjonen som godkjente et nytt mirakel på hans forbønn, noe som åpnet for en snarlig helligkåring. Han ble helligkåret av pave Benedikt XVI på Misjonssøndagen den 21. oktober 2012 på Petersplassen i Roma sammen med seks andre, de hellige Johannes Baptist Piamarta (1841-1913), Maria Carmen Sallés y Barangueras (1848-1911), Marianne Cope (1838-1918), Kateri Tekakwitha (1656-80), Pedro Calungsod (1654-72) og Anna Schäffer (1882-1925). 80 000 mennesker var til stede på plassen. Hans minnedag er dødsdagen 8. juni, men hans brødre i jesuittordenen feirer hans minne den 4. februar.
Kilder: Attwater/Cumming, Tylenda, Schauber/Schindler, Index99, CSO, Patron Saints SQPN, Infocatho, Heiligenlexikon, santiebeati.it, fr.wikipedia.org, en.wikipedia.org, Abbaye Saint-Benoît, dacb.org - Kompilasjon og oversettelse: p. Per Einar Odden Opprettet 3. januar 1998