Sin første skolegang fikk han i hjemmet av en prest, som forberedte ham på hans første kommunion. Der la han grunnen for en fromhet som ble ytterligere fordypet i jesuittenes Collegio Massimo i Palermo fra 1841 til 1851. Han studerte deretter medisin på universitetet i Palermo, og etter doktorgrader i medisin og kirurgi arbeidet han mellom 1854 og 1859 som lege i Palermo med klokskap, dyktighet og iver. Han tok seg spesielt av de fattige som ellers ikke ville hatt råd til lege.
Snart merket han at mange av hans pasienter blant de fattige i Palermo hadde mer bruk for en sjeledoktor enn en medisiner. Derfor begynte han å studere teologi, og den 22. desember 1860 ble han presteviet. Han var dypt berørt av fattigdommen på øya og den tilbakevendende hungersnøden og epidemiene, og han var også urolig over de herskende sosiale forholdene. Han bestemte seg for å vie seg fullstendig til å bedre denne situasjonen i en ånd av kjærlighet til Gud og mennesker.
Han begynte med å åpne et hus for de fattige, deretter lanserte han et større prosjekt med det mål å forbedre den sosiale orden. Han kalte det Boccone del Povero, som noe utilfredsstillende kan oversettes med «Føde for de fattige», og i likhet med sennepskornet skulle det vokse til et enormt tre. Han nølte ikke med å tigge i gatene i Palermo for å samle inn penger og forsyninger til de fattige som flokket seg rundt ham. I likhet med alt Guds verk kom han opp i vanskeligheter, som bekymret ham stort, men hans enorme tillit til Gud og karakterstyrke gjorde at han holdt ut.
Han grunnla den 21. november 1887 misjonskongregasjonen «De fattige tjenere» (Congregatio Missionariorum Servorum Pauperum - MSP) for prester, som i tillegg til forkynnelsen skulle være åndelige veiledere for de fattiges tjener og tjenerinner. Han lærte opp sine åndelige sønner og døtre i å praktisere nestekjærlighet innenfor rammen av de evangeliske råd. Hans regler og instruksjonsbrev, en kombinasjon av fasthet og mildhet, er av stor asketisk verdi. Det gjennomgående rådet han gir til dem han brevveksler med, er å leve i Guds nærvær og i forening med ham, å motta alt av hans hender og å gjøre alt for ham og for hans herlighet.
En koleraepidemi rammet Palermo, og p. Jakob slet seg ut med å hjelpe de fattige ofrene. Han ba ustanselig: «Herre, ram hyrden, men spar flokken». Hans helse var fullstendig ødelagt, og han døde den 14. mars 1888 i Palermo, dagen før sin 54-årsdag. Han ble saligkåret den 30. oktober 1983 av pave Johannes Paul II. Hans minnedag er dødsdagen 14. mars.