Den hellige Johannes Markus nevnes i Apostlenes gjerninger: «Hva angår Barnabas og Saulos, vendte de tilbake fra Jerusalem etter å ha fullført sin oppgave, og tok Johannes, kalt Markus, med seg» (Apg 12,25). De fleste bibelforskere i dag identifiserer ham med den hellige evangelisten Markus, men i øst sier tradisjonen at denne Johannes Markus var en egen person som ble biskop av Byblos i Fønikia. Den førkonsiliære utgaven av Martyrologium skriver også dette.
Det blir også ofte sagt at han er identisk med den unge mannen som løp naken bort da Kristus ble arrestert i Getsemane (Mark 14,51-52). Men Markus var et vanlig navn på den tiden både i dets greske og latinske form, så noen forskere mener at alle disse kan være forskjellige personer.
Johannes Markus var sønn av en kvinne ved navn Maria som hadde eget hus i Jerusalem, hvor apostlene pleide å møtes (Apg 12, 12). Hans barndomshjem var nøyaktig der Dormitio-kirken nå står, for legenden forteller at Maria døde i dette huset. Han var trolig levitt og kanskje en lavere prest i synagogen da han møtte Jesus. Han skal ha hørt Peters preken pinsedag og blitt omvendt.
Han ble med Paulus og Barnabas (Markus' fetter) til Antiokia (i dag Antakya i Sørøst-Tyrkia) i år 44, deretter til Salamis på Kypros, og han fulgte dem på deres første misjonsreise, men vendte alene tilbake til Jerusalem da de var i Perga i Pamfylia (Apg 12,25 og 13,13). Vi vet ikke grunnen til dette, men Paulus ble så skuffet over ham at han senere avslo å ta ham med på den andre misjonsreisen. Dette førte til brudd mellom Paulus og Barnabas, som tok fetterens parti. Paulus tok med seg Silas i stedet, mens Markus dro sammen med Barnabas for å fortsette evangeliseringen av Kypros (Apg 15,27-39). Men Markus ser ut til å ha blitt forsonet med Paulus, for han kom til Roma rundt 61/63 og var hos Paulus der (Kol 4,10).
En senere legende sier at Johannes Markus også var blant Jesu disipler. Han står som nr. 61 på biskop Dorotheus av Tyrus liste over «Jesu Sytti disipler» i henhold til Den ortodokse kirkes tradisjon. Hans minnedag er 27. september.