I en alder av tolv år begynte han på piaristenes kollegium i Barbastro (1845-50), og deretter studerte han filosofi ved seminaret i Lérida (1850-53) og teologi ved seminaret i Seo de Urgel i bispedømmet Lérida (1853-59). Han finansierte studiene ved hjelp av ekstraundervisning, tjeneste for piaristene og som kammertjener for biskopen.
Josef ble presteviet den 9. april 1859 i Seo de Urgel, 26 år gammel. Biskop José Caixal y Estrade hadde med stor interesse fulgt hans utvikling som prestestudent. Derfor tildelte han ham to beneficier i hjembyen Tremp og utnevnte ham samtidig til sin godsforvalter og seminarbibliotekar. I fem år bodde Josef i bispepalasset og fikk ry som en god rådgiver og åndelig veileder. Han grunnla også et kollegium i hjembyen, som ble utgangspunkt for hans senere kongregasjon.
I en alder av 31 år etablerte han i 1864 en pensjonatskole for gutter, og med sin biskops godkjennelse grunnla han kongregasjonen Hijos de la Sagrada Familia eller «Den hellige Families sønner» (Filii Sacra Familiae Iesu, Mariae et Ioseph – SF). Senere grunnla han to søsterkongregasjoner, instituttene «Døtre av Den hellige Familie» og «Misjonsdøtrene av Den hellige Familie av Nasaret» (Misioneras Hijas de la Sagrada Familia de Nazaret – MN).
I 1872 tvang de politiske forholdene i Spania Josef til å flytte til Barcelona, hvor han ble velkjent som skriftefar, åndelig veileder og kateket. Josef var svært opptatt av barn og familieliv. Med Den hellige Familie som inspirasjon ga han ut flere bøker om pastoralteologi hvor han behandlet familieverdier, og i 1899, to år før sin død, startet han avisen La Sagrada Familia (Den hellige Familie).
I denne aktiviteten var han representativ for en bred bevegelse i Spania i andre halvdel av 1800-tallet. Spesielt i de siste 25 årene av århundret ble det grunnlagt et stort antall nye religiøse kongregasjoner, spesielt av lærere, da Kirken gjenetablerte sin stilling som den viktigste institusjonen for utdannelse av unge mennesker, spesielt jenter. Legforeninger som spesielt æret Den hellige Familie og den hellige Josef, blomstret. Manyanet og hans arbeid hadde stor innflytelse på arkitekten Antonio Gaudís inspirasjon til å tegne den enorme kirken La Sagrada Familia. Arbeidet på kirken begynte i 1883, men det er fortsatt ikke ferdig. Gaudís saligkåringsprosess er i gang.
Josef Manyanet led av kronisk dårlig helse, men han overholdt omhyggelig de reglene han hadde skrevet for sin kongregasjon. Det ble sagt at han ofte sto opp om natten for å fullføre det arbeidet han ikke var blitt ferdig med om dagen. Han avviste aldri et barn som trengte utdannelse, uansett om foreldrene kunne betale for den eller ikke. Han fant tid til å besøke fattige familier og syke mennesker på sykehuset. Han møtte en god del motstand i sitt arbeid, men han var mild selv overfor sine motstandere, og han var høyt elsket.
Han døde den 17. desember 1901 i sin skole «Jesús, María y José» i San Andrés de Palomar i Barcelona. Hans jordiske rester oppbevares i et gravkapell i den samme skolen hvor han døde. De 250 sønner og 300 døtre av Den hellige Familie arbeider i tillegg til i Spania (hovedsakelig Catalonia) også i Italia, Belgia, Kamerun, USA, Mexico, Colombia, Venezuela, Ecuador, Brasil, Paraguay og Argentina.
Hans saligkåringsprosess ble formelt innledet i 1956. Den 12. juli 1982 anerkjente Vatikanet hans «heroiske dyder», og han fikk dermed tittelen Venerabilis, «Ærverdig». Den 9. juni 1984 undertegnet paven dekretet fra Helligkåringskongregasjonen som anerkjente et mirakel på hans forbønn. Den 25. november 1984 ble han saligkåret av pave Johannes Paul II på Petersplassen i Roma. Den 20. desember 2003 undertegnet pave Johannes Paul II dekretet fra Helligkåringskongregasjonen som godkjente et nytt mirakel på hans forbønn. Han ble helligkåret den 16. mai 2004 av pave Johannes Paul II på Petersplassen i Roma. Hans minnedag er dødsdagen 17. desember.