Som nittenåring mistet Margareta i 1639 sin mor, og hun måtte da ta seg av husholdningen og sine yngre søsken. Hun hadde utviklet seg til en skjønnhet og var svært begavet, noe som vekket hennes verdslighet og forfengelighet. Hun sto i stor fare for å havne utenfor den rette vei.
Men på første søndag i oktober, den 7. oktober 1640, ble det i Troyes holdt en prosesjon til ære for Vår Frue av Rosenkransen, og Margareta deltok i den. Da hun gikk forbi kirken, falt hennes øyne på statuen av Guds Mor over portalen. Den hadde hun sett mange ganger, men nå var den påfallende lys og vakker, og dette grep henne så sterkt at hun opplevde en indre omvendelse. Hun oppga sin lettsindighet og pyntesyke og trakk seg tilbake fra verden for å vie seg helt til å tjene Gud.
Den tyveårige Margareta prøvde å bli nonne i de lokale klostrene for karmelittene og klarissene, men begge avviste henne av ukjente grunner. «Kanonissene av Vår Frue», som var grunnlagt av den hellige Peter Fourier (d. 1640) i 1597, ville gjerne ha henne som medlem, men av ulike grunner gikk hun ikke inn på det. I stedet ble hun leder (prefekt) for Broderskapet for Vår Frue (Den marianske kongregasjon) som var knyttet til Augustinerkanonisseklosteret. I den egenskap var hun kjent for prestene i byen, og presten abbé Gendret fortalte henne at hun skulle ta avvisningene fra karmelittene og klarissene som en indikasjon på at hun var ment for et liv som uklausurert søster.
Han prøvde å starte en slik lokal uklausurert kommunitet av aktive nonner, og Margareta sluttet seg til den sammen med to andre. Men konseptet med nonner uten klausur var ikke velansett i kirkelige kretser, så dette prosjektet ble ikke til noe. Den ene av ledsagerne døde snart, og den andre trakk seg ut. Margareta ble alene, men hun følte seg ikke helt fri, siden hun ville pleie sin syke far til han døde.
I 1652 fikk Troyes besøk av Paul Chomedey de Maisonneuve, guvernør for den franske kolonien Ville-Marie (i dag Montréal). Han kom for å besøke sin søster Louise de Chomedey, som var kanonisse i augustinerklosteret. Han var på jakt etter en lærerinne til den lille franske kolonien, og han ble anbefalt å spørre Margareta, som aksepterte stillingen under forutsetning av at hennes åndelige veileder tillot det. P. Gendret ba om tre dagers betenkningstid, men ga da sin tilsutning. Da hennes avgjørelse ble kjent, reiste det seg imidlertid en storm i Troyes, men en jesuitt i Paris, som hadde vært misjonær i Canada, forsikret henne om at beslutningen var riktig og fra Gud.
Den 20. juli 1653 reiste hun av sted og kom i september 1653 til Québec. Den 16. november kom hun til Ville-Marie, som da bare var et fort, men som nå er storbyen Montréal. I alt bodde det 200 mennesker i fortet, som inneholdt et lite sykehus og et kapell hvor en jesuittmisjonær tjente sin flokk når han ikke var på misjonsoppdrag blant irokeserne. Margareta arbeidet for guvernøren og ble sykepleier på hospitalet, jordmor og lærerinne, og hun hjalp også til ellers i dagliglivet i den lille utposten. Den 30. april 1658 åpnet hun den første skolen i Montréal i en steinbygning som var en ombygd stall.
Hun skulle undervise de franske barna i garnisonen. Det var tolv elever i begynnelsen, og de ble undervist av Margareta og en assistent. Hun skjønte at skolen ville ekspandere, så hun dro tilbake til Frankrike under store vanskeligheter og farer. Hun tok med seg Mademoiselle Jeanne Mance, grunnleggeren av sykehuset i Montréal, som var blitt syk. Hun ble på mirakuløst vis helbredet av Jean-Jacques Olier (d. 1657), grunnleggeren av prestekongregasjonen sulpisianerne, som i 1642 hadde fremmet grunnleggelsen av Montréal og som i 1657 hadde sendt den første presten fra sin kongregasjon dit.
Et år senere vendte Margareta tilbake til Canada med tre hjelpere, blant dem sin gamle venninne Katarina Crolo. Denne prosessen ble gjentatt med en ny reise fra 1670 til 1672. Da ga også kong Ludvig XIV (1643-1715) henne kongelig tillatelse til å undervise over hele Canada. Seks nye unge kvinner kom tilbake sammen med henne.
Som Margareta hadde forutsett, vokste skolen sammen med kolonien, særlig etter at irokeserkrigene sluttet i 1667 og Montréal begynte å utvikle seg til en by. Hun åpnet en barnehage for noen få adopterte indianerbarn og grunnla en mariansk kongregasjon etter modell fra Troyes. Nå hadde Margareta så mange medarbeidere at hun bestemte seg for å grunnlegge en kongregasjon. I 1676 ble kongregasjonen «Søstre av Vår Frue av Montréal» (Soeurs de la Congrégation de Notre-Dame de Montréal - CND) kanonisk etablert av den første biskopen av Québec, den salige Frans de Montmorency-Laval. Hun fikk hjelp til å skrive regelen av sulpisianeren Tronson. Men som vanlig i den kanadiske pionertiden ble hennes arbeid komplisert av den offisielle opposisjonen mot uklausurerte nonner. Biskop de Laval prøvde å påby dem å føre en klausulert livsform. Da reiste Margareta igjen til Frankrike, og søkte med hell å få en kirkelig godkjennelse av sin visjon for kongregasjonen.
Arbeidet ble rammet av forskjellige katastrofer. En tid var kommuniteten ytterst fattig, og den fikk enda et slag da en brann ødela klosteret i 1683. To av søstrene omkom, inkludert Margaretas niese. Msgr de Laval prøvde å overbevise dem om at de ikke kunne fortsette og burde slutte seg sammen med Ursulinnene, som var innført i Canada av den salige Maria Guyart-Martin. Men Margareta lyktes i å overbevise ham at de ikke kunne arbeide fra en klausur, og han ga etter. Hans etterfølger, Msgr J. de Saint-Vallier, lagde nye vanskeligheter og tvang dem til å fortsette uten å avlegge noe formelt løfte før i 1698. Da avla 24 søstre sine enkle løfter, men da hadde Margareta trukket seg tilbake som superior.
Med ukuelig mot gikk Moder Bourgeoys gjennom prøvelsene med fattigdom, nybrottsarbeid og uoverensstemmelse med biskoper. I nær et halvt århundre var hun den ledende kvinnelige innbyggeren i Montréal, og «godhet strålte ut fra hennes milde personlighet». Hun var 73 år da hun trakk seg tilbake som superior i 1694 til fordel for sin etterfølger, Marie Barbier, den første kanadieren som hadde sluttet seg til kongregasjonen. Fra da av ble hennes helse og styrke stadig svakere. Mot slutten av 1699 ba hun til Gud om at hennes liv måtte bli tatt i stedet for den unge novisemesteren, som var alvorlig syk. Den unge nonnen kom seg, men Margareta døde like etter, den 12. januar 1700.
Hennes kongregasjon ble utbredt i hele Canada, og den spredte seg senere til USA, og den fikk pavelig godkjennelse i 1889. I dag har kongregasjonen 200 hus i Canada, USA, Frankrike, Japan, Kamerun, El Salvador, Guatemala, Honduras og Paraguay. Hun ble saligkåret den 12. november 1950 av pave Pius XII (1939-58) og helligkåret den 31. oktober 1982 av pave Johannes Paul II i Peterskirken i Roma som den første kvinnelige helgen i den kanadiske Kirken. Hennes minnedag er dødsdagen 12. januar; i noen engelske bøker er den angitt til 19. januar. Hun regnes som Montreals grunnlegger sammen med Jeanne Mance og ikke minst guvernør Paul Chomedey de Maisonneuve.