Han ble den 17. mars 1975 utnevnt av pave Paul VI (1963–1978) til hjelpebiskop for den apostoliske administratoren av territoriene Erfurt og Meiningen. Han deltok på den fjerde ordinære bispesynoden høsten 1977 som representant for den østtyske bispekonferansen, og der møtte han igjen erkebiskopen av Kraków, kardinal Karol Wojtyla, som han hadde blitt kjent med i 1975, da kardinalen deltok på en valfart av katolikker fra Thüringen og Eichsfeld til Erfurt. Ved den anledning hørte han hjelpebiskop Meisners preken, som uttrykte valfartens tema: Åndelig fornyelse for å forandre verden.
Meisner ble den 22. april 1980 utnevnt til biskop av Berlin av Wojtyla, som nå var blitt den salige pave Johannes Paul II (1978–2005). Bispedømmet besto av begge deler av Berlin og av området i Øst-Tyskland rundt den delte byen. Mellom 1982 og 1989 var han også president for bispekonferansen i Berlin, det vil si de østtyske biskopene. Han ble den 2. februar 1983 kreert til kardinal av pave Johannes Paul II.
Han ble den 20. desember 1988 utnevnt til metropolitterkebiskop av Köln, Tysklands og antagelig verdens rikeste erkebispedømme, og han ble innsatt i embetet den 12. februar 1989. Han etterfulgte kardinal Joseph Höffner. Under valget av erkebiskop i 1988 grep pave Johannes Paul II direkte inn og endret valgordningen under selve prosessen. 163 reformivrige teologer i Sentral-Europa rettet kort etter skarp kritikk mot Vatikanets fremgangsmåte i den berømte Kölner Erklärung. Meisner startet sitt virke i Köln med å si til prestene der: «Dere ønsket meg ikke hit, jeg ønsket meg ikke hit, la oss nå gjøre det beste ut av det».
Meisner har vært en av de mest profilerte geistlige i Tyskland. I den tyske bispekonferansen var han den fremste fra den konservative fløy, mens konferansens mangeårige president, kardinal Karl Lehmann, ble regnet som leder av den liberale fløyen. Meisner leverte inn sin avskjedssøknad for fem år siden da han fylte 75 år, men den er ennå ikke innvilget. Selv regner han med at pave Frans senest i februar vil innvilge hans avskjedssøknad. Den 12. februar 2014 er det 25 år siden han ble innsatt i embetet som erkebiskop av Köln. En feiring i anledning fødselsdagen og 25-årsjubileet er planlagt til den 9. mars.
Ved sin åttiårsdag mistet Meisner retten til å delta i flere pavevalg. Kardinalkollegiet består nå av 199 kardinaler, hvorav 108 er under åtti år.
Kathpress / Katolsk Informasjonstjeneste (Oslo) (pe)