Den hellige John Ogilvie ble født i 1580 (eller 1579) i Drum ved Keith i Banffshire i Skottland. Han kom fra en adelig skotsk familie. I prosessen opplyste han at han var sønn av Walter Ogilvie fra Drum, men forskning har vist at han sannsynligvis var medlem av familien Ogilvie fra Milltown (Miltowne), som hadde sitt sete i Drum-na-Keith, og ikke sønn av Walter Ogilvie fra Findlater, senere Lord Deskford, som det ofte blir hevdet. Faren var embetsmann ved hoffet til Maria Stuart og leder for den yngste grenen av familien Ogilvie med store territorier i Banffshire. Hans mor var Agnes Elphinstone. Hennes bror George ble jesuitt like etter Johns fødsel, og hennes bror William døde som novise hos jesuittene.
Agnes døde i 1582 da John var bare to år gammel, og faren giftet seg igjen med Lady Mary Douglas av Lochleven, som var datter av Lady Douglas av Lochleven, dronning Maria Stuarts fangevokter. Familien Ogilvie var i likhet med mange skotske familier på den tiden blandet presbyteriansk (kalvinistisk) og romersk-katolsk. Johns far gikk over til den presbyterianske tro, og selv om han ikke var uvennlig overfor den gamle tro, oppdro han sin eldste sønn John som kalvinist.
Som 13-åring ble John i 1591 eller 1592 sendt til utlandet av faren for å få full nytte av den franske kalvinismen, og han gikk på en rekke fremstående skoler i Frankrike, blant annet i Douai og Leuven/Louvain (Löwen) i det nåværende Belgia. Men dette førte til at han kom i kontakt med de religiøse kontroversene som på den tiden og mye lenger var populære i Frankrike og i land under fransk innflytelse. De beste katolske og kalvinistiske talsmennene tok del i disse disputtene, som hadde sterk innflytelse på den intellektuelle verden. Dette samt martyrenes vitnesbyrd ble avgjørende for unge John, og han bestemte seg for å slutte seg til martyrenes kirke. Etter en tid med meditasjon og studier konverterte han i 1596 som 17-åring til den katolske tro ved Scots College i Leuven etter å ha fått undervisning av den berømte jesuittiske bibelforskeren Cornelius a Lapide.
De neste tre årene tilbrakte John på forskjellige utdanningssentre på kontinentet. De to første årene forble han i Leuven, men mangel på midler fikk p. Crichton, lederen for Scots College, til å sende bort mange av sine studenter, inkludert John Ogilvie, som i juni 1598 bega seg til kollegiet ved det skotske benediktinerklosteret St. Jakob i Regensburg. Der ble han i seks måneder før han i desember 1598 fortsatte til jesuittkollegiet i Olomouc (Olmütz) i Morava (Mähren) i det nåværende Tsjekkia, hvor han begynte som legstudent. Siden var John nært knyttet til jesuittene.
Innen et år ba han om å bli opptatt i ordenen, men i samme øyeblikk fikk et utbrudd av pest myndighetene til å stenge kollegiet. For ikke å bli forsinket fulgte den unge mannen sin superior til Wien. Der fikk han superiorens tillatelse til å tre inn i jesuittordenen (Societas Iesu – SJ), og etter en prøvetid ble han til slutt den 5. november 1599 opptatt i jesuittenes novisiat i Brno i Morava. Det var opprettet i 1570 til tross for husittisk motstand, og der hadde den hellige jesuittmartyren Edmund Campion forberedt seg på sin siste misjon til England.
I Brno fikk John nyte godt av jesuittisk utdannelse innen klassiske og naturvitenskapelige fag i tillegg til rigorøs religiøs opplæring og åndelig dannelse. Han avla sine løfter som medlem av ordenen den 26. desember 1601. Deretter begynte han på sitt treårige studium i filosofi i Graz i Østerrike. Deretter virket han som lærer i Wien, før han vendte tilbake til Olomouc for sine teologistudier (1609-10). Deretter ble han på direkte ordre fra jesuittgeneralen Aquaviva i 1609 overført til den franske provinsen, og i mot slutten av 1610 ble han presteviet i Paris og stasjonert i Rouen.
Etter dronning Elisabeth Is død den 24. mars1603 kunne Maria Stuarts sønn, kong Jakob (James) VI av Skottland (1567-1625), uten vanskeligheter bestige den engelske tronen som Jakob I av England (1603-25), fordi han var en etterkommer etter den første Tudorkongen Henrik VII (1485-1509). Med tronbestigelsen var kongen også blitt anglikaner. Han etablerte den episkopale (anglikanske) kirke i Skottland og godkjente konsekrasjonen av skotske biskoper. For å dempe frykten hos presbyterianerne, som var i flertall i Skottland og syntes de så en tilbakevending til katolisismen, forsterket den skotske regjeringen forfølgelsen av katolikker. De siste to jesuittene som arbeidet i Skottland ble tvunget til å forlate landet i 1611.
I Rouen fikk John høre personlige beretninger om den farlige situasjonen for Den katolske kirke i sitt fødeland fra de to jesuittene som hadde vært misjonærer der og foretatt ekspedisjoner dit og håpet fortsatt å vinne kong Jakob over ved hjelp av adelen. Fra nå av var John bestemt på å reise tilbake til Skottland, og han skrev til ordensgeneralen Claudio Aquaviva og tilbød seg til den skotske misjonen. Han la mindre vekt på farene enn Aquaviva, som ikke ønsket å utsette ham for den klare risikoen. Det ble et pinlig øyeblikk for dem begge da John, med det feilaktige inntrykk at han lenge hadde vært utsett til den skotske misjonen, begynte å gjøre sine forberedelser, men ble tvunget til å stanse dem da Aquaviva gjorde sine ønsker kjent eksplisitt til den ivrige misjonæren. John aksepterte avgjørelsen, men fortsatte å fremme sitt ønske.
Men først etter 2 ½ år med engstelser og pågåenhet gikk Aquaviva med på ønsket, og den 21. mai 1613 fikk John og p. Patrick Anderson endelig ordre om å dra til Skottland. I november samme år gikk John i land i Leith i Skottland og fikk endelig se igjen sitt hjemland etter 22 år. Men hans tjeneste skulle bare vare rundt elleve måneder. Straffelovene sa at katolske prester ikke hadde lov til å komme inn i England og Skottland, så derfor reiste han hemmelig inn i Skottland under navnet John Watson, forkledd av og til som hestehandler og av og til som soldat som vendte tilbake fra de europeiske krigene.
Han dro straks nordover til sine egne hjemtrakter i grevskapet Banffshire, hvor han håpet å sette nytt liv i adelens lojalitet til Kirken. Men han fant at de fleste katolske skotske adelsmennene som han hadde satt sin lit til, hadde blitt protestanter, i alle fall utad, og alle unntatt noen få middelklassefamilier uten noen innflytelse var uvillig til å hjelpe en forbudt prest. Han ble mottatt av markien av Huntly, en kryptokatolikk (hemmelig katolikk), i hans slott i Strathbogie. Han var i stand til å gjøre tjeneste for katolikkene i distriktet, men seks uker senere forberedte han seg på å fortsette. Han tilbrakte en kort tid i Edinburgh i hjemmet til den ivrige konvertitten William Sinclair, en advokat. Etter ikke å ha gjort særlig inntrykk vendte han tilbake til de metodene som var brukt av tidligere jesuitter og dro til London for å kontakte kongen eller en av kongens ministre, som han foreslo et slags halvpolitisk prosjekt hvor detaljene har gått tapt.
Deretter reiste han til Paris for konsultasjoner med sin superior, p. Gordon. Han avviste prosjektet og ga John en skarp reprimande for å ha forlatt sin misjon og sendte ham tilbake til Skottland. Han vendte tilbake sammen med jesuitten Moffat og en sekularprest ved navn Campbell. Da John kom tilbake til Edinburgh i april 1614, bodde han i huset til William Sinclair, og var trolig lærer for hans eldste sønn Robert, som senere ble jesuitt, og den yngre Roger. Her møtte han en fransiskansk navnebror, og de to tjenestegjorde for de små menighetene som møttes hjemme hos Sinclair, John Philipps og Robert Wilkie. Sinclair skulle få betale dyrt for sin gjestfrihet til John, med både eksil og beslagleggelse av all eiendom. Men hele tiden var han Johns mest lojale beundrer og skulle bli et viktig vitne i saligkåringsprosessen.
John Ogilvie arbeidet iherdig en tid og hans flokk økte til tross for den livsfaren katolikker svevde i, og han ble berømt for å insistere på større hengivenhet blant katolikkene. Etter hvert begynte han å utvide arbeidet i andre retninger, og han begynte å besøke arresterte katolikker i fengslene. Dette var risikabelt på slike steder hvor alle besøkende ble iakttatt, og han gikk til og med opp til festningen og fikk tillatelse til å møte Sir James MacDouglas av øyene, som satt der med en dødsdom. Han gjenkalte i erindringen sin ministrering selv etter alle årene som var gått.
I sommermånedene i 1614 fikk John noen få konvertitter, og Sinclair holdt senere frem at antallet var stort med hensyn til den korte tiden. I slutten av august reiste han til Glasgow, hvor han fikk husly hos en enke ved navn Marion Walker, som endte sine dager i fengsel for sin tro. I Glasgow lyktes han å komme i forbindelse med Sir John Cleland og Lady Maxwell, som begge var hemmelige katolikker, og han klarte også å gjenforsone flere medlemmer av lavadelen i Renfrewshire med Kirken. Samtidig bygde han opp en menighet blant borgerskapet.
Kort etter at John var kommet tilbake til Edinburgh, kom det nyheter om at fem andre personer i Glasgow ønsket å bli gjenforsont med Kirken, og han skyndte seg tilbake til Glasgow. Dit kom han den 3. oktober 1614, og dagen etter feiret han messe, og en av de fem som ønsket å konvertere, Adam Boyd, var til stede. Han var en tvilsom person som alltid var i pengenød. Etter messen sa han at han ønsket instruksjon i troen, og ba presten om å komme klokken fire om ettermiddagen til korset på markedsplassen, hvor en budbringer ville møte ham og bringe ham til et trygt sted. John gikk med på det.
Men Boyd gikk direkte til den protestantiske episkopale erkebiskopen Spottiswood, som hadde vært presbyteriansk prest, men som nå gjennomførte den kirkelige politikken til kong Jakob I (VI) i Skottland. Fra sin residens i Glasgow holdt han øye med både katolikker og presbyterianere. Det ble bestemt at en av erkebiskopens mest muskuløse tjenere, Andrew Hay, skulle møte Adam Boyd og John Ogilvie på markedsplassen. Samtidig fortalte Boyd om alle han mistenkte for å stå i forbindelse med Ogilvie.
Avtalen ble holdt, og jesuittpresten kom til markedsplassen litt før klokken fire. Han møtte James Stewart, en katolikk og sønn av den tidligere borgermesteren. De sto og snakket sammen da Boyd ga et tegn til Hay om å nærme seg den umistenksomme presten. Stewart kjente igjen Hay og prøvde å få Ogilvie til å vende hjem. Stewart og Hay havnet i en krangel som endte med en nevekamp hvor også utenforstående deltok, og til slutt ble Ogilvie båret av mengden til borgermesterens hus, selv om han protesterte og sa at slåsskampen ikke angikk ham. I huset ventet erkebiskopen på ham og slo jesuittpresten i ansiktet og sa: «Du er frekk nok til å lese messer i en reformert by». Til dette svarte John: «Du oppfører deg som en bøddel og ikke som en erkebiskop ved å slå meg». Deretter ble han brakt til fengslet i bispepalasset.
Morgenen etter ble han brakt for erkebiskopen og byretten i Glasgow, og han ble spurt: «Har du feiret messe i kongens riker?» Fangen visste at dette kom inn under straffeloven, så han svarte: «Hvis dette er en forbrytelse, må den bevises av vitner, ikke av mine ord». Han nektet å svare på alle spørsmål som kunne diskreditere ham selv eller sette andres liv i fare. Rettssaken trakk ut til han hadde vært uten mat i 26 timer og skalv av feber.
Da myndighetene fant ut at verken tortur eller løfter om kongens gunst kunne få fangen til å forråde de ukjente katolikkene i Skottland, ble det bestemt å hindre ham i å sove for dermed å svekke hans motstandsvilje. Han ble tvunget til å være våken i åtte dager og netter på rad ved å bli stukket med spisse pinner, ved å bli dratt ut av sengen, ved rop i øret på ham, ved å få håret revet ut og ved stadig å bli kastet i gulvet. Han ble også utsatt for den franske torturen som ble kalt «støvelen». Torturen fortsatte til legene påpekte at han ikke ville tåle stort mer, og hvis de fortsatte i tre timer til, ville det bli fatalt. Dermed fikk han en dags og en natts søvn.
Neste dag, den 12. desember, ble han brakt til sitt andre forhør. Det fant sted i Edinburgh for en kommisjon av lorder som kongen i et brev hadde utnevnt for forhøret og rettssaken. Anklagene mot ham ble nå fullstendig endret. Myndighetene erklærte nå at han var skyldig i høyforræderi ved å anerkjenne kongens jurisdiksjon i åndelige spørsmål. I virkeligheten var formålet med rettssaken ikke å dømme ham for å ha feiret messe, og ikke en gang dømme ham for å hevde den pavelige jurisdiksjon over Skottland, men gjennom ham å oppdage hvilke skotter som var forberedt på vende tilbake til den katolske tro.
Etter den andre rettssaken ble Ogilvie den 24. desember tatt med tilbake til Glasgow, hvor han ser ut til å ha blitt vennlig behandlet i begynnelsen. Rapporter om hans heroisme hadde gått over hele Skottland, og til og med hans voktere, inkludert erkebiskopen, ønsket ikke noe høyere enn at han skulle gi etter og akseptere kongens overhøyhet. Men snart kom det brev fra kongen selv med spørsmål John skulle stilles. Til disse fem spørsmålene, som utelukkende dreide seg om forholdet mellom kirke og stat, kunne han i det neste forhøret den 18. januar 1615 bare gi svar som i praksis beseglet hans skjebne. Hele tiden holdt han fast på sin lojalitet til kronen i verdslige spørsmål og anerkjente eksplisitt Jakob som konge av Skottland og tok avstand på drapsforsøket på ham («Kruttkomplottet»), men han nektet å underlegge seg kronen i stedet for paven i åndelige spørsmål.
Nå ble hans behandling i fengselet mye hardere. Likevel fortsatte han å skrive en beretning på latin om sin arrestasjon og tortur. Han klarte å skyve arkene ut i en sprekk mellom døren og gulvet til personer som gikk forbi på utsiden, øyensynlig for å besøke andre fanger. De smuglet beretningen ut av fengslet. Det rystende verket ble fullført av noen øyenvitner og har tittelen Relatio incarcerationis, «Beretning fra fengselet».
Selv om galgen allerede var reist, måtte man først gå gjennom en slags rettssak. For siste gang ble p. John Ogilvie ført frem for sine dommere. Han ble fortalt at han ikke var stilt for retten for å feire messe, men for de svarene han hadde gitt på kongens spørsmål. I henhold til dette ble han kl 11 den 10. mars 1615 etter den nye kalenderen (28. februar etter den gamle) kjent skyldig i høyforræderi og dømt til døden ved hengning.
Samme ettermiddag ble han brakt til galgen for å bli hengt, buksprettet og partert («hanged, drawn and quartered»), en forræders død, ved en offentlig henrettelse på Glasgows store torg. Hans venn John Browne, som var hos ham helt til slutten, fortalte at han til og med på skafottet enda en gang fikk tilbud om frihet og velstand hvis han bare ville avsverge sin katolske tro. Dette var et klart bevis på at han ble dømt for sin tro og ikke av politiske grunner. Men John nektet å avsverge troen, og ble derfor hengt. Men sympatien for ham i den enorme folkemengden var så stor at han ikke ble partert. John ble straks gravlagt på en kirkegård for forbrytere utenfor byen, og det sies at katolske troende senere gravde opp hans levninger. Men ingen relikvier er bevart.
Martyren John Ogilvie ble erklært Venerabilis («ærverdig») på 1600-tallet, saligkåret den 22. desember 1929 av pave Pius XI (1922-39) og helligkåret den 17. oktober 1976 av pave Paul VI (1963-78) – den første skotske helgen på fem hundre år. Hans minnedag er dødsdagen 10. mars. I Graz feires han den 7. september sammen med fire andre martyrer fra jesuittkollegiet i Graz: de hellige Johannes Sarkander og Kosice-martyrene Markus Stefan Krizin, Stefan Pongrácz og Melkior Grodziecki. I jesuittordenen feirer de sin hellige medbror den 14. oktober.