Den hellige Stefan Pongrácz (ung: István) ble født i 1582 på slottet Alvincz i Transilvania (Erdély/Siebenbürgen) i Ungarn, nå Romania. Han tilhørte en ungarsk adelsfamilie fra dette området som i århundrer har hatt en blandet ungarsk/rumensk/tysk befolkning. Etter klassiske studier på hjemstedet og ved jesuittkollegiet i Kolozsvár/Klausenburg (i dag Cluj i Romania) trådte han den 8. juli 1602 inn i jesuittordenen (Societas Jesu – SJ) i deres novisiat i Brno i Morava (nå Tsjekkia). I novisiatet i Brno møtte han for første gang den hellige tsjekkeren Melkior Grodziecki, men ingen av dem kunne forutse at de skulle lide martyrdøden sammen. Stefan studerte en rekke steder, blant annet Klagenfurt, Praha (filosofi) og Graz (teologi) før han ble presteviet i 1615. Deretter ble han stasjonert ved jesuittkollegiet i Humenné i Ungarn (i dag helt øst i Slovakia).
Tidlig i 1619 ble han og medbroren Melkior sendt til Kossa, i dag Kosice i det østlige Slovakia, etter invitasjon fra kongens løytnant, Andras Dóczy, for å oppmuntre de få katolikkene i området. Kosice var den gangen nesten fullstendig protestantisk (ungarske reformerte kalvinister), bare rundt 200 familier utgjorde den katolske minoriteten, og i 1604 ble de fratatt sine kirker. I dag har vi vanskelig for å forestille oss det fanatiske hatet som kunne herske mellom de kristne konfesjonene under 30-årskrigen. De to jesuittene skulle også være kapellaner for de polske og bøhmiske leiesoldatene i keiserens tjeneste. Ungareren Stefan arbeidet blant sitt eget folk, mens tsjekkeren Melkior arbeidet blant de slavisk- og tyskspråklige.
Da den kalvinistiske hertug Gabor (Gabriel) Bethlén av Transilvania innledet sin krig mot keiseren i 1619, måtte jesuittene, som allerede var forvist fra Bøhmen og Morava av lutheranerne der, ta sin tilflukt i Østerrike, Polen og Ungarn. Kosice ble beleiret av general Georg (György) I Rákoczy, den senere prinsen av Transilvania. Han ville erobre hele Slovakia, som da ble kalt Øvre Ungarn og gjøre Bethlén til konge av Ungarn, og Kosice var den første befestede byen i hans vei. Da de to jesuittene hørte at generalen nærmet seg, forlot de småbyene hvor de misjonerte og dro for å være hos katolikkene i Kosice. Der fikk de selskap av den hellige Markus Krizin, som var administrator av det nærliggende klosteret i Széplak (nå Krasna). Han var utdannet av jesuittene i Wien og Roma og kjente patrene Stefan og Melkior.
Hæren nådde byen i begynnelsen av september 1619. Borgerrådet tilbød ham fritt å komme inn i byen, hvis de bare slapp plyndring. Rákoczy gikk med på det, men krevde at de «papistiske» prestene skulle overleveres i hans hender. Den katolske guvernøren av Kosice ble forrådt av sine egne leiesoldater, og den kalvinistiske befolkningen utleverte ham til general Rákoczy sammen med de tre prestene. Den kalvinistiske predikanten Alvinczi forsøkte å få dem til å forlate «pavekirken» og å «følge det rene evangeliet». Men de nektet å svikte Kirken. De ble sperret inne i jesuittenes residens og ble nektet både mat og drikke. Om kvelden den 6. september hørte de hverandres skriftemål og tilbrakte natten i bønn.
Etter anmodning fra Alvinczi krevde byrådslederen Reyner i Kosice at alle byens katolikker måtte henrettes. De fleste kalvinistene var motstandere av et så drastisk tiltak, men alle fant det akseptabelt at de tre prestene ble henrettet. Om kvelden den 7. september begynte de å torturere dem. Målet var å få dem til å avsverge sin katolske tro. De ble til slutt henrettet av Rákoczys soldater. Første offer ble p. Markus. De rev av ham soutanen, knivstakk ham mange ganger, knuste hans fingre og holdt brennende fakler inntil siden hans til ribbeina var synlige. Da han besvimte, halshogde de ham i nærvær av p. Melkior og byrådslederen Reyner.
Den neste de gikk løs på, var Stefan Pongrácz. Først gjennomgikk han samme tortur som Markus, men i tillegg fikk han et tau bundet rundt hode så stramt at skallen nesten revnet. Deretter skar de av ham nese og ører, bandt hendene bak på ryggen hans, hengte ham opp ned fra en bjelke i taket, kastrerte ham og brente ham med fakler til hans indre organer brast. Deretter lot de ham ligge og gikk løs på Melkior, som fikk samme behandling som p. Markus, inkludert halshoggingen.
Deretter ga de p. Stefans hode flere slag, og det ble antatt at han var død. Soldatene kastet alle tre i en grøft som brakte vann til kloakken. Men Stefan var fortsatt i live, og han levde videre i tyve timer i bønn. Stefan Pongrácz var 37 år da han led martyrdøden. De brutale mordene vekket avsky også hos de protestanter som fikk høre om dem. Men de tre ble nektet en kristen begravelse, og det tok seks måneder før Gabor Bethlén endelig ga tillatelse til at de ble gravlagt. Først ble de gravlagt i et lokalt kapell, men i 1635 berget grevinne Katarina Palffy likene og gravla dem i den daværende jesuittkirken i Trnava i Slovakia. Deres relikvier befinner seg fortsatt i kirken, som nå tilhører ursulinnene.
Tyve år etter deres død søkte erkebiskopen av Esztergom, kardinal Pázmány, pave Urban VIII (1623-44) om deres saligkåring. Men politiske forviklinger gjorde at prosessen skulle ta nesten 300 år. De tre ble saligkåret den 15. januar 1905 (dokumentet (Breve) var datert den 1. november 1904) av den hellige pave Pius X (1903-14) og helligkåret den 2. juli 1995 av pave Johannes Paul II (1978-2005) i Kosice i Slovakia. Ved denne seremonien uttrykte paven også respekt for de protestantiske martyrene fra Trettiårskrigen.
Deres minnedag er dødsdagen 7. september. I det østerrikske bispedømmet Graz-Seckau feires på denne dagen det felles minnet om fem hellige som hadde vært kostskoleelever ved jesuittkollegiet i Graz og mellom 1615 og 1620 hadde lidd martyrdøden på ulike steder. Tre av dem er Kosice-martyrene, de to andre er tsjekkeren Johannes Sarkander (d. 1620), som pave Johannes Paul II helligkåret halvannen måned tidligere, og skotten John Ogilvie (d. 1615), som var blitt helligkåret i 1976 av pave Paul VI (1963-78). I alt elleve studenter fra Graz led martyrdøden.