I 1046 holdt den handlekraftige tyske kongen Henrik III (1039-56; keiser fra 1046), som fremmet reformideene fra Cluny, en synode i Sutri ved Viterbo nord for Roma, hvor han avsatte de tre pavene Benedikt IX (1032-48), Sylvester III (1045) og Gregor VI (1045-46). I stedet fikk han valgt biskop Suitger av Bamberg som pave under navnet Klemens II (1046-47), som juledag 1046 kronet Henrik til keiser. I 1051 ble Altmann utnevnt til prost for kollegiatstiftet i Aachen og hoffkapellan for keiser Henrik III.
Etter keiserens død i 1056 dro Altmann sammen med den unge enkekeiserinne Agnes, som han var skriftefar og rådgiver for, til Passau ved grensen til Østerrike. I 1064 sluttet han seg en valfart til Det hellige Land, som det hevdes, uten særlig troverdighet, at besto av 7.000 personer. De ble angrepet av sarasenere i Palestina og beleiret i en forlatt landsby. (Sarasenere var middelalderens betegnelse på muslimer; det kommer antakelig av et arabisk ord som betyr «de fra øst».) En vennlig emir reddet dem fra en massakre. De nådde Jerusalem, men ingen andre hellige steder, og bare halvparten av pilegrimene vendte tilbake.
Da Altmann kom tilbake til Passau i 1065, ble han vigslet til byens biskop. Folket jublet og adel og presteskap var svært fornøyde. Helt fra begynnelsen var den nye biskopen opptatt av å høyne presteskapets moral. Derfor sluttet han seg sammen med noen få andre tyske biskoper til den hellige pave Gregor VIIs (1073-85) reformprogram, som gjorde sølibatet forpliktende for alle prester. Men det viktigste med reformen gjaldt det såkalte leginvestitur, det vil si spørsmålet om de åndelige embetene skulle innsettes av paven eller keiseren.
Da pavens reformer truet hele det føydale systemet, der de biskopene som var innsatt av keiseren var medansvarlige for rikets verdslige saker, kom det til den velkjente historiske investiturstriden mellom pave Gregor VII og keiser Henrik IV. Altmann stilte seg på pavens side, da han mente at politiske systemer ikke må bestemme over Kirkens åndelige oppdrag. I 1074 fornyet pave Gregor VII de pontifikale dekretene mot simoni og gifte prester. Det ble opprør da Altmann leste opp brevet i sin katedral, og prosten ledet motstanden mot sølibatet. Augustinerne støttet Altmann, mens opprørerne søkte keiserens hjelp. Altmann ekskommuniserte prosten.
Da paven hadde bannlyst Henrik IV, var Altmann blant de fire sørtyske biskopene som i 1077 krevde at keiseren skulle avsettes og nektet å delta på riksdagen i Worms som avsatte paven. Men i 1078 seiret keiseren ved å foreta sin berømte botsgang til Canossa, og Altmann måtte flykte til den østerrikske delen av sitt bispedømme, hvor han var under beskyttelse av markgreve Leopold II. Han dro til Roma fordi han hadde skrupler med å beholde sitt bispesete, siden han hadde fått det på grunn av keiserinne Agnes' støtte, men pave Gregor stadfestet ham i det. Paven utnevnte ham i 1080 til pavelig delegat for hele Tyskland. Han holdt to regionale konsiler i pavens navn, i Mainz i 1076 og i Quedlinburg i 1085.
Altmann kom tilbake til Passau i 1081, like etter at inntrenger-biskopen Hermann døde. Altmann skal ha vist seg for ham på hans dødsleie, og Hermann tryglet om absolusjon og ba om ikke å bli gravlagt som biskop. Men Altmann ble snart drevet ut igjen, og han kunne aldri vende tilbake til Passau. De gjenværende årene av sitt liv ledet han bispedømmet fra dets østerrikske del. Til tross for at han var uten inntekter, fortsatte han å hjelpe de fattige, og under en hungersnød solgte han sine møbler for å hjelpe de lidende.
I 1083 grunnla Altmann klosteret Göttweig ved østporten i Wachau i Niederösterreich, få kilometer sør for Krems. Opprinnelig var det er kloster for augustinerkorherrer, men i dag er det et benediktinerkloster med sin berømte klosterkirke Maria Himmelfart. Altmann erstattet sekularkanniker med augustinerkorherrer i Sankt Pölten og innførte den cluniacensiske reform i Kremsmünster. Han var viktig i den tidlige historien til de regelbundne kannikene, og han grunnla klosteret for de regelbundne kannikene i Passau mellom 1067 og 1073. Derfra ble utallige kannikklostre senere grunnlagt, som Sankt Florian, Göttweig, St. Pölten og det svært innflytelsesrike Stift Rottenbuch, som foretok en reform av andre kannikklostre og grunnla andre over hele Tyskland. I 1300 var det rundt 200 kannikklostre.
Altmann døde den 8. august 1091 i Zeiselmauer i Østerrike og ble gravlagt i Göttweig. I Altmann-krypten under det opphøyde koret befinner Altmanns grav seg i den nordlige apsis mens relikvieskrinet med hans hodeskalle befinner seg i den sørlige apsis. Kirken er det mest besøkte valfartsstedet i Østerrike.
Flere kilder skriver at hans kult ble stadfestet av pave Leo XIII (1878-1903), men han står ikke i Helligkåringskongregasjonens bok Index ac status causarum. Hans kult skal ha blitt godkjent for bispedømmene Linz og St. Pölten i 1884 og for Passau i 1890. Det varierer også om han kalles hellig eller salig. Hans minnedag er dødsdagen 8. august, men i bispedømmene Passau, Linz, St. Pölten og Wien feires han den 9. august. Han fremstilles vanligvis i bispedrakt med mitra og stav, ofte holder han en bok. Han avbildes også sammen med keiserinne Agnes.