Etter tyskernes invasjon av Polen i 1939 ble biskop Nowowiejski arrestert i 1940 sammen med en gruppe geistlige fra Plock. Senere ble han plassert i en konsentrasjonsleir tyskerne bygde i Dzialdowo (Soldau) i Øst-Prøyssen (nå Polen). Det virket som om vokterne i leiren konkurrerte seg imellom om å ydmyke den 83-årige biskopen mest mulig. Han fikk revet av seg hatten, som deretter ble fylt av leire for så å bli trykket ned på hodet hans igjen. En enda større ydmykelse var da han ble revet av alle klærne og med stokker tvunget til å løpe. Da han nektet å tråkke på sitt kors som var blitt kastet ned i leiren av SS-mennene, ble han torturert. Under lidelsene velsignet han diskret andre som led, mens han oppmuntret dem til å ta alt imot som Guds vilje.
Han døde den 28. mai 1941 i leiren som et resultat av sult og raffinert, vedvarende mishandling. Erkebiskop Nowowiejski sa: «Kristus ga sitt liv for sine lam; det samme krever han fra hyrdene. La disse martyrene fra de første århundrene være vårt eksempel, de som i de vanskeligste stundene glemte seg selv, de ville bare vite hva de kunne gjøre for Gud».
Han ble saligkåret den 13. juni 1999 av pave Johannes Paul II (1978-2005) i Warszawa som en av de 108 polske martyrer for nazismen. Gruppen har offisielt navnet «De salige Antonius Julian Nowowiejski, Henrik Kaczorowski, Anicetus Koplinski og Maria Anna Biernacka og deres 104 ledsagere». Han er nr 1 på listen. Hans minnedag er dødsdagen 28. mai, mens hele gruppens minnedag er 12. juni.