Den salige Bonaventura Baduario (Badoer) ble født den 22. juni 1332 i Peraga nær Padova i regionen Veneto i Nord-Italia. Han kom fra en av byens ledende familier og var sønn av Marin Zen Badoer og Dalzanella (eller Bolzonella), datter av Pietro Peraga fra en av de betydeligste familiene i Padova. Men heroiske foretak og skinnende rustninger var ikke noe for ham.
Det forsto han da hans eldre bror Bonsembiante (1327-66) ble augustinereremitt (Ordo Fratrum Eremitarum Sancti Augustini – OESA, siden 1969: Ordo Sancti Augustini – OSA) i klosteret Ss Filippo e Giacomo i Padova. Den unge Bonaventura følte seg tiltrukket av hans eksempel, så han trådte også inn i det samme klosteret.
Bonaventura viste tidlig et talent for studier, så i 1358 ble han sendt til Paris av sin overordnede, Gregor av Rimini, for å begynne på universitetet Sorbonne. Der studerte allerede broren Bonsembiante. Bonaventura ser ut til å ha tatt eksamen i 1362.
Den salige pave Urban V (1362-70) tok opp planen fra sin forgjenger Innocent VI (1352-62) om å etablere et teologisk fakultet ved universitetet i Bologna. En bulle fra juni 1364 dokumenterer at Bonaventura var blant de ni magistrene i teologi som fikk ansvaret for å opprette fakultetet og skrive dets statutter. Bonaventura ble en fremtredende professor og forsker der. Han skrev en rekke teologiske avhandlinger og kommentarer og hadde et bredt kjennskap til litteratur. Det er usikkert hvor lenge Bonaventura ble værende i Bologna, for i 1368 og 1373 er det dokumentert at han var i Padova som professor og bodde i augustinereremittenes kloster.
Brødrenes ry spredte seg langt utenfor Padova, og poeten Francesco Petrarca ble en av deres venner. Det er bevart et rørende brev som Petrarca skrev til Bonaventura ved Bonsembiantes uventede død i Venezia i 1366. Bonaventura holdt prekenen i Petrarcas begravelse i 1374.
Pave Gregor XI (1370-78), som residerte i Avignon, sendte med en pavelig bulle av 16. oktober 1375 Bonaventura på et diplomatisk oppdrag til kong Ludvig av Ungarn. Bakgrunnen var appellene fra den bysantinske keiseren Johannes V Palaiologos (1354-91) til ulike kristne konger og fyrster om hjelp til å gjenerobre Romania, Valakia, Bulgaria, Serbia og Trakia fra sultan Murad (Amurat) I. Bonaventura skulle overbevise kong Ludvig om å gå til krig mot de vantro, men han mottok bare løfter.
I 1377 holdt augustinereremittene generalkapittel i Verona. Det deltok ordensbrødre fra hele Europa, og den 17. mai 1377 valgte de enstemmig Bonaventura til ordensgeneral (generalprior). I 1377 var han i Roma da pave Gregor XI gjorde sitt inntog i Peterskirken, men etter bare femten måneder i Roma døde paven den 27. mars 1378. Den 8. april 1378 ble biskop Bartolomeo Prignano av Bari valgt til pave og tok navnet Urban VI (1378-89). Dette var det første pavevalget på 75 år (siden 1303) som igjen fant sted i Roma, og konklavet var det første som ble holdt i Vatikanet.
Ved første øyekast var Urban en utmerket kompromisskandidat, men etter valget kom hans ekstremt vanskelige temperament for en dag, og han kom raskt i konflikt med de selvbevisste kardinalene. Hans reformplaner var utmerkede, men hans gjennomføring av dem var elendig. Det ser ut til at hans uventede opphøyelse til Kirkens øverste embete hadde gjort noe med balansen i hans sinn.
Dermed løsrev de franske kardinalene seg fra Urban VI og erklærte at valget av ham hadde skjedd i strid med de kanoniske regler. Da Urban nektet å abdisere, valgte de kardinal Robert av Genève til pave. Han tok navnet Klemens (VII), og dermed startet Det store vestlige Skisma (1378-1417), som man kaller den nesten førti år lange kirkesplittelsen.
Bonaventura støttet i likhet med den hellige Katarina av Siena Urban VI som rettmessig pave, og den 18. september 1378 utnevnte Urban VI Bonaventura til kardinalprest av Santa Cecilia. Han var den første fra sin orden som ble kardinal. Dette førte til at tilhengerne av motpaven satte opp en annen generalprior ved navn Johannes Iltalinger, men hele ordenen forble trofaste mot Urban VI og Bonaventura fortsatte å lede ordenen gjennom sine trofaste vikarer Filip av Mantova og Nikolas dell'Amatrice.
Ved flere anledninger opptrådte han på vegne av pave Urban VI. Historikerne diskuterer hans angivelige reise i 1386 som pavelig legat til Litauen, hvor han brakte den pavelige velsignelse til den hedenske storhertug Jogaila (pl: Jagiello) av Litauen og Rutenia, som giftet seg med den hellige Hedvig av Polen. Jagiello, hans brødre og de ledende litauiske adelsmennene ble døpt den 15. februar 1386 i katedralen i Kraków, og det kongelige bryllupet fant sted den 18. februar.
Bonaventura forsvarte alltid Kirkens rettigheter, og dette brakte ham i konflikt med sin slektning Frans av Carrara, som var herskeren i Padova. Da kardinalen kom tilbake til Roma den 10. juni 1386 (flere kilder opererer med årstallet 1389), krysset han Tiberen for å besøke Vatikanet. På Ponte Sant'Angelo ble han truffet av en pil som drepte ham. Selv om hans morder aldri ble identifisert, ble det generelt antatt at Frans av Carrara var ansvarlig.
Augustinereremittene æret kardinal Bonaventura som martyr i en tid etter hans død, men faktaene i saken har aldri blitt helt klarlagt. Han ble regnet som salig fra 1440. Hans minnedag er dødsdagen 10. juni. I bispedømmet Padova minnes han den 5. november.