Den hellige Bonifatius ble født rundt 1180 (mellom 1173 og 1188) i Brussel i Nederlandene, nå Belgia. Noen ganger tilskrives han familienavnet Clutinc, men det tilhørte ektemannen til en av hans søstre. Som syttenåring ble han sendt til Paris, hvor han studerte fra 1199. Etter at han var ferdig med studiene, ble han presteviet og var dekan ved kirken St. Gudula i Brussel. Han var alltid takknemlig for den æren det var å være prest, og han feiret aldri det hellige Messeoffer uten å felle en mengde tårer.
Fra 1222 til 1229 underviste han i dogmatikk og ble en av de best kjente foreleserne ved universitetet, men han ser ikke ut til å ha etterlatt seg noen skrifter. I 1229-30 oppsto det konflikter på universitetet mellom lærerne og studentene, som streiket fordi noen av dem var blitt drept av politiet. Siden Bonifatius' studenter ikke lenger ville komme til hans forelesninger, bestemte han seg for å forlate Paris. Han dro til Köln, hvor han fikk en stilling ved katedralskolen, siden det ennå ikke var noe universitet der. Men der fikk han bare være i to år.
For den 11. mars 1231 utnevnte pave Gregor IX (1227-41) ham til biskop av Lausanne i Sveits for å få slutt på to års lokale stridigheter. Han dro til bispedømmet full av nidkjærhet og arbeidet utrettelig med å undervise sitt folk gjennom ord og eksempel. Men hans lange tjeneste som universitetsprofessor i Paris synes å ha gjort ham uegnet til embetet som biskop. Han var ute av stand til å behandle sitt vanskelige folk med takt, og han skal offentlig ha fordømt presteskapets svakheter fra prekestolen.
I hele sitt åtte år lange episkopat møtte han bare motstand og misforståelser, og han kom gjentatte ganger i konflikt med domkapitlet og byen Lausanne. I 1234 la biskopen interdikt over byen, og da måtte han til og med gripe til meglere utenfra. Som tilhenger av den salige Jordan av Sachsen, den hellige Dominikus' etterfølger, fremmet Bonifatius i 1234 etableringen av dominikanerne i Lausanne.
Bonifatius var ikke vennlig innstilt til de keiserlige interessene og avviste spesielt den kontrollen som Den tyske ridderordenen utøvde over Bern på befaling av keiser Fredrik II (1212-50). Dette utløste keiserens vrede, og da Bern og Murten gikk i forbund mot Bonifatius, ble han i 1238 angrepet av keiserens agenter og alvorlig skadet. Overbevist om at han var uegnet til embetet dro han til paven i Roma og tryglet om å få gå av.
I juli 1238 gikk pave Gregor IX hardt ut mot angriperne, men han tillot ikke Bonifatius å fratre sitt embete før den 15. juli 1239. I mellomtiden lå administrasjonen av bispedømmet i hendene på den biskoppelige administrator Peter av Grandson, en viktig tilhenger av huset Savoia. Til tross for alle pavelige anstrengelser kom det til krig og Bonifatius' etterfølgelse, hvor også Bern, Murten og Savoia blandet seg inn.
Paven tilbød Bonifatius to andre bispeseter, men han unnskyldte seg og sa han ikke kunne ta dem på seg. Det er en viss usikkerhet om hva han gjorde de følgende årene. Gallia christiana sier at han dro tilbake til Paris, hvor han ble visekansler ved universitetet, mens de fleste autoriteter mener at han dro tilbake til hjemlandet, hvor han bodde i Cambrai, Liège og Utrecht.
Abbedissen for cistercienserklosteret i La Cambre (Camera Sanctae Mariae) utenfor Brussel, som var grunnlagt i 1201, inviterte ham til å bo hos dem. Han hadde flere slektninger som hadde tatt sløret der, og han slo seg ned like ved klosteret. De siste årene av sitt liv tilbrakte han som kapellan for nonnene og som sjelesørger i området rundt Brussel. Det sies at han utførte flere mirakler. Han hadde en stor andakt for Jomfru Maria, og hun viste seg flere ganger for ham. Noen ganger fikk han den nåde å vite om hendelser som skjedde langt unna, for eksempel i 1250 da han annonserte at den hellige kong Ludvig IX av Frankrike var tatt til fange av de vantro.
Bonifatius ser ut til å ha ikledd seg cisterciensernes drakt, selv om det ikke er bevist – han avla uansett ingen løfter. Han ser ut til å ha opptrådt som omvandrende biskop uten fast bispesete, og det er kjent at han utførte biskoppelige funksjoner som å konsekrere kirker og altere. I 1245 deltok han på det trettende økumeniske konsilet i Lyon (Første Lyonkonsil), som ekskommuniserte keiser Fredrik II. På slutten av sitt liv fikk han en alvorlig sykdom hvor han mistet førligheten i hendene. Det blir sagt at han fortsatt ville feire messen, og at engler assisterte ham.
Han døde den 19. februar 1260 (?) i La Cambre (andre kilder opererer med 1261 eller 1265 som dødsår). Han ble gravlagt i koret i klosterkirken, og et gravmæle i marmor ble reist. Det skal ha skjedd mirakler ved hans grav. Kort etter hans død ble det skrevet en biografi med en oppregning av hans undergjerninger.
I 1581 ble graven brutt opp da klosteret ble plyndret av de fanatiske kalvinistiske «sjøtiggerne» Watergeuzen eller Gueux. Da nonnene kom tilbake atten år senere, bestemte de seg for ikke å reparere graven, men i stedet å stille ut relikviene i kapellet Sainte-Barbe (25. juni 1600). Dette var ikke i samsvar med reglene, så erkebiskopen av Mechelen/Malines foretok en undersøkelse av saken. Det endte med at han godkjente Bonifatius' kult i 1603, og dette regnes som en saligkåring.
Hans kult som hellig skal ha blitt stadfestet for cistercienserordenen i 1702 under pave Klemens XI (1700-21), men dette nevnes ikke i Helligkåringskongregasjonens Index ac status causarum, som er en fortegnelse over alle salig- og helligkåringer fra 1588 til 1999. Hans minnedag er dødsdagen 19. februar. Han æres i Brussel, Köln, Lausanne og Paris, samt i cistercienserordenen.
Hans relikvier ble på 1800-tallet skrinlagt i et nytt skrin av kardinalerkebiskopen av Mechelen/Malines i kirken Notre-Dame-la-Chapelle i Brussel. Relikviene ble i 1935 ført tilbake til La Cambre. I kunsten fremstilles Bonifatius som cisterciensisk biskop med et bilde av Jomfruen og barnet på en bok.