Under normale omstendigheter ville novisiatet ha vært i Azpeitia. Men fordi jesuittene ble utvist fra Spania i 1868 ved begynnelsen av en ny periode med uro, hadde det blitt flyttet, og Frans måtte reise til landsbyen Poyanne over grensen i Frankrike. Om morgenen den 16. januar 1874 forlot tre ungdommer og to voksne Azpeitia og gikk til Frankrike til fots. Ungdommene var Frans og to kamerater, som alle skulle tre inn hos jesuittene, mens de voksne var Frans' far og faren til en av de andre guttene.
Krigen raste fortsatt i Nord-Spania, så de dro gjennom fjellene og holdt seg unna områder hvor det kunne være innkvartert soldater. De kom til Poyanne dagen etter, hvor Frans straks begynte på sitt postulat. Han ble novise den 2. februar. Etter to års novisiat avla han løftene om fattigdom, kyskhet og lydighet den 2. februar 1876. Han ble i Poyanne i enda et år, og der utførte han de ulike oppgavene som ble pålagt ham.
I oktober 1877 ble broder Frans utnevnt til sykepasser ved jesuittkollegiet Santiago i La Guardia sør for Vigo i provinsen Pontevedra på kysten av Galicia, helt vest i Spania, ved Atlanterhavet og grensen til Portugal. To mindre institusjoner som også ble drevet av jesuittene, ble knyttet til kollegiet, og han ble sykepasser for dem også og hadde rundt 200 gutter under sin omsorg. Hans dype interesse for de syke og hans ubegrensede vennlighet overfor dem unngikk ingens oppmerksomhet, men disse kvalitetene ble spesielt verdsatt av studentene under hans omsorg. Han synes det var helt naturlig å sitte hele natten ved en syks students seng for så å gjøre et fullt dagsverk neste dag. Den 15. august 1887 avla han sine evige løfter.
I ti år pleide han de syke ved de tre kollegiene. Han viet seg så uforbeholdent til sitt arbeid at hans egen helse til slutt begynte å svikte. Derfor ble han i mars 1888 sendt til det jesuittiske universitetet i Deusto utenfor Bilbao, hvor han arbeidet som portner de resterende 41 år av sitt liv. Han valgte seg det dårligste rommet i huset, som var perfekt for ham, siden det var nært porten. Han ble kjent for den «evangeliserende kraft» hans ydmyke tjeneste hadde.
I likhet med sin skytshelgen, den andre store jesuittiske portneren, den hellige Alfons Rodríguez, var Frans hele tiden opptatt av andre menneskers behov. Studentene ga han oppmuntring og råd, og til tider hjalp han dem med å kopiere notatene deres. Til dem i vanskeligheter tilbød han trøst, til de sultne ga han mat og han sørget for at de fattige fikk klær. Selv var han måteholden med mat og synes at klær som andre kastet, var gode nok for ham. Likevel var han i likhet med Alfons alltid lystig, imøtekommende og tålmodig. En besøkende kardinal spurte ham om hvordan han klarte å holde seg rolig når han hadde så mye å gjøre. Han svarte: «Jeg gjør det jeg kan, og Herren, som kan gjøre alt, sørger for resten». I likhet med Alfons ba han mens han arbeidet og arbeidet mens han ba. En av studentene som regelmessig passerte portneren Frans Gárate, var jesuittenes fremtidige general, p. Arrupe (1965-83).
I 1929 begynte hans helse å svikte. Den 8. september 1929, på festen for Marias fødsel, fikk han sine første sterke magesmerter. Sykepasseren foreslo at han skulle gå til sengs, og det gikk han med på, men først måtte han gjøre ferdig en rekke arbeidsoppgaver. Det var kveld da han endelig gikk til sengs på sykestuen. Om natten skjønte han at han snart kom til å dø og ba om viaticum (vandringsbrødet). Fordi han hadde slike smerter, tilkalte rektoren kommunitetens lege. Han kom rundt midnatt og fant en blokkering i urinrøret. Han foretok et mindre kirurgisk inngrep, og pasientens smerter ble midlertidig lindret, men han kom seg aldri.
Tidlig om morgenen ba han om sykesalvingen, og da klokken nærmet seg 7 den 9. september 1929, døde han i Deusto, 72 år gammel. Det var festen for den hellige Peter Claver. Utallige tidligere studenter kom for å få et siste glimt av ham, og de sørget for at deres rosenkranser og krusifikser berørte hans kiste. Han ble gravlagt på kirkegården i Deusto, men i august 1946 ble hans jordiske rester overført til universitetet. Der ble de først bisatt i det offentlige kapellet, deretter den 23. september 1964 i et kapell ved siden av porten han hadde voktet i så mange år.
Hans saligkåringsprosess ble igangsatt i 1950, og han ble saligkåret den 6. oktober 1985 av pave Johannes Paul II. Hans minnedag er dødsdagen 9. september. Hans brødre i jesuittordenen feirer ham den 10. september.