På keiser Honorius' tid (395-423) i år 415 [417] våknet en hellig prest ved navn Lucian en natt ved at en ærverdig mann kledd i hvitt åpenbarte seg for ham. Han kalte Lucius ved navn og ba ham om å dra til Jerusalem og be biskopen der om å åpne en grav hvor levningene av flere Guds tjenere lå sammen med hans egne. Han sa at gjennom disse relikviene ville Gud åpne portene til sin nåde for mange.
Lucian spurte hvem det var som talte til ham, og skikkelsen sa at han var Gamaliel, som hadde undervist den hellige apostel Paulus i den jødiske loven. Gamaliel var den gode jøde som i de skriftlærdes råd (Sanhedrin) hadde advart mot å forfølge Jesu disipler. Han fortalte Lucius at legemet til den hellige protomartyren Stefan, som ble steinet til døde av jødene, ville bli funnet utenfor byen, bortenfor nordporten. Han sa at Stefans legeme hadde blitt liggende i en dag og en natt uten å bli rørt, men han hadde oppmuntret de troende til å bære det bort i hemmelighet neste natt til hans eget hjem på landet. Videre fortalte Gamaliel til Lucian at legemet til den hellige Nikodemus, som oppsøkte Jesus om natten, også ville bli funnet der.
Lucian fryktet for at han kunne ha blitt narret og at hvis han gjorde disse tingene kjent, ville han bli betraktet som en bedrager. Derfor henga han seg til bønn og ba om at hvis dette budskapet var fra Gud, måtte det bli gjort kjent for ham en andre og tredje gang. Noen dager senere viste Gamaliel seg for ham igjen og kommanderte ham til å lystre. Fortsatt nølte han inntil han fikk budskapet for tredje gang. Da ble han livredd for at han ville få en eller annen form for straff på grunn av den store forsinkelsen, så han dro til Jerusalem. Der la han hele saken fram for biskopen, som bød ham å straks dra for å lete etter relikviene.
Etter en del leting ble relikviene funnet i Kafr Gamala, tre mil vest for Jerusalem. I henhold til Gamaliels beskrivelse markerte en gullkurv med røde roser Stefans grav, to gullkurver med hvite roser markerte gravene til Nikodemus og Gamaliel og en sølvkurv med safran markerte graven til Gamaliels sønn Abibas. Gamaliel og Nikodemus var fariseere og medlemmer av Sanhedrin. Begge skal etter tradisjonen ha gått over til kristendommen før de døde.
Gjenfinningen av relikviene skal ha skjedd den 3. august 415. Da biskopen fikk høre om funnet, skyndte han seg til stedet sammen med en mengde mennesker. Da Stefans kiste ble åpnet, strømmet det ut en søt lukt, og mange mirakler skjedde ved graven. De andres levninger ble værende i Kafr Gamala, mens protomartyren Stefans levninger ble høytidelig ført til Jerusalem av byens biskop Johannes. Der ble de høytidelig skrinlagt i Sionskirken den 26. desember 415.
Noen år deretter døde en senator fra Konstantinopel i Jerusalem, og han hadde bedt om å få bli gravlagt ved siden av Stefan, som han hadde bygd et kapell for. Men da hans hustru ville vende tilbake til Konstantinopel og ville ta med seg mannens kiste, forvekslet hun den med Stefans. På skipet hørte man først englesang, men deretter demonenes raseri, som truet skipet med undergang før de ble tvunget ned i avgrunnen av erkeengelen Mikael. Stefans kiste ble bisatt i en kirke i Konstantinopel.
Flere år senere ble Eudoxia, datteren til den østromerske keiseren Theodosios II (408-50), alvorlig besatt av demoner, som antydet for henne at bare Stefan kunne helbrede henne. Hennes far lot Eudoxia komme til Konstantinopel, og der krevde den onde ånden at Stefans relikvier skulle overføres til Roma, noe som skjedde i 425. Dette førte til hennes helbredelse.
Stefans relikvier ble delt opp og spredt omkring, og dette samt tilføyingen av steinene som skal ha blitt brukt ved hans martyrium, førte til at hans kult ble svært utbredt. Allerede i 424 kom det relikvier til Hippo i Nord-Afrika, og de ble svært berømte da den hellige Augustin fortalte om dem i De Civitate Dei. Det ble skrevet en offisiell beretning om atskillige mirakuløse helbredelser, om mange av dem skriver Augustin selv på en måte som kom til å danne skole for slike mirakelfortellinger gjennom hele middelalderen. En ung mann som var blitt helbredet i påsken, ble anbrakt ved foten av prekestolen, mens Augustin i sin preken forklarte betydningen av det som var skjedd.
I år 560 ble en del av Stefans relikvier i Roma overført til krypten i basilikaen San Lorenzo fuori le mura, gravkirken til diakonen og martyren Laurentius. Legenden forteller at da man åpnet sarkofagen, flyttet Laurentius' relikvier seg gjestfritt til side for å gjøre plass til relikviene av hans store forbilde Stefan, slik at i dag hviler de to diakonene i samme kiste.
Relikviene oppbevares i en antikk sarkofag i krypten. En mosaikk i denne kirken, som ble utvidet rundt 585 under pave Pelagius II (579-90), viser Stefan sammen med de hellige Pelagius og Hippolyt. Stefan og Laurentius er skytshelgener for byen Roma., og derfor blir de to erkediakonene og erkemartyrene ofte fremstilt sammen. De hører til de martyrene som ble høyest æret i middelalderen. Stefans hode skal angivelig være i Pavia.
Festen den 3. august sto i Missale Nidrosiense fra 1519 som minnedag, Inventio Stephani protomartyris. Den sto i den romerske generalkalenderen som semiduplex inntil den ble fjernet ved reformen i 1969 og henvist til lokale eller spesielle kalendere.