Den hellige Isaak (Isaac) ble født rundt 823 i Córdoba i Spania, som på den tiden var maurernes hovedstad. Maurerne var afrikanske muslimer som hadde erobret Spania på 700-tallet. Midt på 800-tallet drev de kristenforfølgelser under emir Abderrahman (Abd al-Rahman) II (822-52).
Isaak kom fra en fornem og velstående familie og var en from kristen, men i likhet med andre lærde menn var han interessert i maurernes kultur og deres tradisjoner for lærdom. Islamsk lærdom var svært avansert, og den arabiske kulturen må ha vært fengslende for spanske intellektuelle. De visste at islam hadde mye til felles med jødedommen og kristendommen, siden den var basert på Det gamle Testamente og anerkjente Kristus som en profet, og de håpet på en viss grad av felles forståelse.
Han studerte arabisk og ble så dyktig i språket at han ble utnevnt til notar under det mauriske styret. Det var en av de høyeste stillingene i administrasjonen som tok seg av sakene som angikk lokalbefolkningen. Men han ble ikke der lenge, for på nært hold fant han de islamske læresetningene svært fremmede for sin egen tro. Derfor forlot han plutselig alt og trådte inn i dobbeltklosteret Tábanos, rundt en mil fra Córdoba. Der levde han noen år som munk sammen med sin slektning, abbed Martin.
Men etter tre år forlot han klosteret like plutselig for å konfrontere sine tidligere kolleger. Han følte at det var hans plikt å diskutere med den øverste kadien (en muslimsk dommer) i Córdoba om kristendommens sannhet i motsetning til islam. Hans biograf, den hellige Eulogius av Córdoba, understreker at han gjorde dette av egen vilje. Hans invitasjon ble akseptert, og han møtte hovedkadien til en offentlig debatt.
Men under debatten førte en lovtale av Muhammed til at han kom med en direkte fordømmelse av Muhammed som en falsk profet, og da ble han arrestert for å ha fornærmet Profeten. Det var en forbrytelse som medførte dødsdom, og han ble torturert og halshogd. Det skjedde våren 850, få uker etter at den hellige presten Perfectus ble halshogd den 18. april. Han var 27 år gammel.
Hans legeme ble spiddet og hengt opp etter føttene, og det ble utstilt i flere dager på den andre siden av Guadalquivir som en advarsel til andre kristne. Til slutt før ble liket brent og asken kastet i elva, slik at ingen kunne redde den minste lille relikvie. Eulogius, som i sin bok «De helliges minne» (Memorialis Sanctorum) beskriver martyriene mellom 850 og 859, antyder at andre kristne led martyrdøden sammen med Isaak, men nevner ingen navn.
Hans minnedag er 3. juni og hans navn står i Martyrologium Romanum. For bakgrunn samt oversikt over alle martyrene mellom 822 og 859, se Martyrene av Córdoba.