Hans far døde da han var tolv år gammel, og det var bare Kirken som ga ham en utdannelse. Han måtte to ganger avbryte grunnskoleutdannelsen for lengre tid for å tjene penger til familiens underhold. Rektoren av San Lorenzo, p. Pietro Scapini, merket seg guttens evner og forberedte ham privat for opptaksprøven til gymnasstudiene på seminaret. Han kom inn og studerte som dagelev.
Hans studier ble avbrutt av to års verneplikt, og ettersom han ikke hadde noen sans for krig, meldte han seg frivillig til den farligste jobben som fantes: å pleie pasienter med tyfus på militærsykehuset. Han hjalp også mange soldater tilbake til Kirken og til å praktisere sin tro. Etter militærtjenesten fortsatte han utdannelsen på seminaret.
En spesielt kald natt i november 1897, da Johannes var i sitt første år med teologistudentene, kom han hjem etter et besøk hos de syke på hospitalet. Da fant han en gutt som krøkte seg sammen foran døren hans, han hadde rømt fra sigøynerne. Johannes tok ham med inn og delte rommet sitt med ham. Dette var begynnelsen på hans arbeid for de foreldreløse og forlatte barna. Få måneder senere grunnla han en «From forening for hjelp til syke» (Pia Unione per l'assistenza agli amalatti poveri).
Den 11. august 1901 ble han viet til sekularprest, 28 år gammel, og siden viet han sitt liv til de fattige i sine sogn. Han ble utnevnt til hjelpeprest i sognet San Stefano i Verona og skriftefar for seminaret. Etter syv år ble han rektor ved kirken San Benedetto al Monte. Der begynte han å samle forlatte unge gutter rundt seg. Den 26. november 1907 grunnla han «Huset for gode barn» (Casa Buoni Fanciulli) ble begynnelsen på den ordenskongregasjonen som Don Calabria ville grunnlegge, fremfor alt for å fremme prestekall. Året etter flyttet de til Via San Zeno in Monte, som i dag er deres moderhus.
I tillegg til barnehjemmet for forsømte og forlatte barn grunnla han også hjem for de gamle og de syke. Det oppsto snart behov for å knytte til seg prester og legfolk som hjelpere i arbeidet. Det ble åpnet flere hus i ulike deler av Italia, og det kom også kvinnelige medarbeidere til. Dermed oppsto en manns- og en kvinneorden for omsorgen for fattige barn - «Det guddommelige forsyns fattige tjenere/tjenerinner» (Congregatio Pauperum Servorum et Servarum Divinae Providentiae - PSDP). Den ble godkjent på bispedømmenivå av biskopen av Verona den 11. februar 1932 og fikk pavelig approbasjon den 25. april 1949.
Mannsordenen var for prester og legbrødre. Etter at biskopen av Verona hadde godkjent kongregasjonen, spredte den seg til hele Italia. Johannes sendte også fire brødre til Vijayavada i India. De har nå hus i Italia, Afrika og Latin-Amerika. Den kvinnelige grenen, «Le Sorelle», ble grunnlagt i 1910 og ble godkjent på bispedømmenivå den 25. mars 1952, og den fikk pavelig approbasjon den 25. desember 1981. I 1944 grunnla han en legorden, «Familien av eksterne brødre» (Famiglia dei Fratelli Esterni), for å arbeide i fattigkvarterer.
Han døde den 4. desember 1954 i Verona, 81 år gammel. Kvelden før hadde han ofret sitt liv for den døende pave Pius XII (1939-58). Paven kom seg på mystisk og uventet vis og levde i enda fire år. Johannes ble saligkåret den 17. april 1988 i Verona og helligkåret den 18. april 1999 på Petersplassen i Roma av pave Johannes Paul II. Hans minnedag er dødsdagen 4. desember. Johannes brevvekslet ofte med forfatteren C.S. Lewis på latin.