Den hellige Johannes av Gud (sp: Juan de Dios) het opprinnelig Johannes Ciudad (port: Xuan) og ble født den 8. mars 1495 i Montemór o Novo i bispedømmet Evora ved Lisboa i Portugal. Hans foreldre var fattige, men han fikk en from kristen oppdragelse. Men allerede som åtteåring fant den eventyrlystne gutten livet hos foreldrene for kjedelig, så han lot seg lokke til Spania av en besøkende prest med uklare motiver. Rundt 14 dager senere døde hans mor, det ble sagt at det var av sorg, og faren ble senere legbror i fransiskanerordenen.
I mellomtiden fant han en ny familie i Oropesa i Castilla, ikke langt fra grensen mellom Spania og Portugal, hvor presten hadde etterlatt ham. Han ble gjeter hos en spansk godseier og greve av Oropesa, som sørget for at Johannes fikk en grunnleggende utdannelse og instruksjon i troen. Johannes var en god og pålitelig gutt, og i en alder av 14 år fikk han ansvaret for flokken. Senere ble han overlatt ansvaret for hele eiendommen.
I 1517 hadde den 22-årige Johannes utviklet seg til en så staselig ung mann at godseieren ville at han skulle gifte seg med hans datter, som han elsket som en søster. I stedet rømte Johannes og sluttet seg til hæren. Hans biograf mener at det var et ønske om frihet og en lengsel etter å se verden som fikk Johannes til å velge den karrieren, uten å forstå hvor mange anledninger for synd det kunne vise seg å bli. Keiser Karl V (1519-56) var i krig med kong Frans I av Frankrike (1515-47) og hadde sendt ut en appell til de lokale adelsmennene om å reise en hær. Greven av Oropesa ba om soldater, og Johannes sluttet seg til hans leietropper i 1522 og sloss for Spania mot franskmennene.