Legenden forteller at Krysogonus var en tjenestemann i Roma som ble omvendt til kristendommen og som deretter i sin tur omvendte mange andre til sin nye tro. Han skal ha stått den hellige Anastasia av Sirmium svært nær og ble hennes veileder i den kristne tro og hennes åndelige far.
Myndighetene mislikte Krysogonus' suksess som kristen misjonær og fengslet ham. Fra fangehullet fortsatte han å brevveksle med Anastasia. Etter å ha råtnet i mange måneder i usle kår, ble han halshogd under keiser Diokletians forfølgelser. Hans lik ble kastet i sjøen, men det ble reddet av en prest ved navn Zoilus. Den hellige pave Sylvester I bygde en kirke over hans grav i første halvdel av 300-tallet, og den ble utgravd på begynnelsen av 1900-tallet, seks meter under gulvnivået på dagens kirke i Roma.
Hans relikvier kom på 1000-tallet til Verona. Hans kult spredte seg raskt til Roma, og der blir han regnet som en romersk helgen. En av de eldste kirkene i Roma er viet til ham, San Crisògono ved Piazza Sonnino i Trastevere. Den ble første gang nevnt i 499, men flere ganger ombygd. Den omtales i 521 som titulus Sancti Crisogoni. Det første kirkebygget under dagens kirke ble bygd like etter henrettelsen. Noen mener at kirken kan ha blitt grunnlagt av en annen Krysogonus, og at dette på et eller annet tidspunkt ble mistolket som en dedikasjon til den hellige, og at det i den forbindelse ble laget en legende for å identifisere ham med den virkelige martyren som led martyrdøden i Aquileia.
Martyrens minnedag er 24. november og hans navn står i Martyrologium Romanum. Dette er vigselsdagen for kirken i Roma. Grekerne feirer ham den 16. april. Hans minnedag ble i 1969 fjernet fra Kirkens universalkalender og henvist til lokale og spesielle kalendere. Hovedsakelig feires han i kirken i Roma. Der oppbevares hans hode og en av hans armer, som nå med stolthet er utstilt over høyalteret. I det praktfulle forgylte og dekorerte taket, som ble skapt på 1600-tallet, malte Giovanni Guercino «St. Krysogonus' triumf». I kunsten avbildes han ellers som ung ridder med lanse og skjold med innskriften IHS (Iesus Hominum Salvator = Jesus, menneskenes frelser).