Den salige Liborius Wagner ble født den 5. desember 1593 i Mühlhausen i Thüringen i det sørvestre Tyskland. Han kom fra en praktiserende luthersk familie. Faren var skreddermester og tidvis rådsherre. På denne tiden var området herjet av religiøse konflikter. Lutheranismen hadde hatt stor fremgang, men katolikker som den hellige Peter Canisius hadde samlet sine trosfeller med nye skrifter og kraftfull forkynnelse.
Liborius studerte fra 1613 de frie kunster i Leipzig, fra 1614 i Gotha og fra 1619 i Strasbourg, hvor han tok magistergraden. Han søkte en lærerstilling i hjembyen, men fikk den ikke. Derfor bestemte han seg i 1622 for å begynne å studere teologi på universitetet i Würzburg, som var grunnlagt av motreformatoren Julius Echter. Under innflytelse fra jesuittene konverterte han til katolisismen rundt 1622.
Allerede den 29. mars 1625 ble han presteviet i Würzburg, 32 år gammel, og ble utnevnt til kapellan i Hardheim i Odenwald. Året etter ble han utnevnt til sogneprest i Altenmünster ved Schweinfurt i bispedømmet Würzburg med filialen Sulzfeld. Philipp Albert Truchseß von Wetzhausen på Sternberg bestemte som Dorfherr at innbyggerne i Altenmünster skulle være protestanter. Bare noen tjenestefolk fikk lov til å være katolikker. I Sulzfeld levde derimot nesten bare katolikker.
Etter verdslig rett måtte Liborius også døpe, vie og gravlegge protestantiske landsbyboere, og dette førte naturlig nok til konflikter. På den ene siden var det i strid med katolsk kirkerett, og på den andre siden gjorde det de protestantiske bøndene stadig mer fiendtlig innstilt til ham.
Dette var midt under Trettiårskrigen, og i 1631 rykket den svenske lutherske hæren under kong Gustav Adolf inn i Franken. Liborius flyktet til Reichmannhausen, fem kilometer unna, men der ble han arrestert etter å ha blitt angitt av noen lutheranere i sitt sogn. Han ble tatt med til slottet Mainberg i Schonungen i Bayern, hvor han ble fryktelig torturert, men han nektet å avsverge sin tro og bli lutheraner. Hele tiden erklærte han: «Jeg lever, lider og dør som katolikk, lojal mot paven».
Etter fem dagers grusom tortur døde han som martyr den 9. desember 1631 i Mainberg. Ifølge en versjon ble han korsfestet og brent til døde på et kors, men andre sier at han ble myrdet av G. Keller, sønnen til en luthersk predikant. Han var 39 år gammel. Svenskene kastet liket i elva Main, og først etter noen måneder ble det berget av fiskere. De gravla ham først ved elvebredden, deretter ble legemet overført til en landsby i nærheten.
Etter at svenskene led nederlag i 1634, styrket katolisismen seg igjen i Franken, og Liborius' ry som martyr bredte seg raskt. Biskopen av Würzburg ga ordre om at hans levninger skulle flyttes, og de ble midlertidig oppbevart i kapellet i slottet Mainberg. Den 15. desember 1637 ble hans jordiske rester flyttet til sognekirken St. Laurentius i Heidenfeld. Levningene av den modige presten har siden 1804 hvilt i den nåværende sognekirken i Heidenfeld, etter at den tidligere gravkirken i klosteret Heidenfeld ble sekularisert og deretter revet.
Liborius ble saligkåret den 24. mars 1974 av pave Paul VI (1963-78), som fremhevet ham som et forbilde for dem som arbeider for økumenikk og kirkens enhet. Hans minnedag er dødsdagen 9. desember. Han blir fremstilt som prest med attributtene palme og dolk eller sverd.