Barna ble oppdratt hos sin onkel og formynder Girolamo, som var vennlig nok, men barna led mye under strengheten til en fransk guvernante. Magdalena hadde derfor en ulykkelig barndom. Kanskje som et resultat av denne dårlige behandlingen fikk Magdalena som 15-åring en smertefull sykdom. Da den gikk mot slutten, hadde hun bestemt seg for å bli nonne, til familiens sjokk, for de hadde håpet på et fordelaktig ekteskap for den vakre og tiltrekkende Magdalena. Men alle friere fra adelige familier som kom til onkelen Girolamo for å be om hennes hånd, ble avvist. Før hun trådte inn i noe kloster gledet hun seg over å dra til fattigkvarteret i Verona sammen med sin trofaste tjener Stella og gjøre tjenester for de syke, fattige og gamle samt fortelle de uvitende barna om Gud.
Før sin planlagte inntreden i et kloster vurderte hun reglene til ulike ordenshus. Hennes hjerte forlangte et liv i bønn, bot og forening med Gud, men hun kunne ikke forstå hvordan hun skulle kunne forlate de mange fattige, gamle og barna. Da hennes søster Laura i 1791 giftet seg med grev Maffei, fikk Magdalena tillatelse til fra oktober 1791 å leve en tid sammen med karmelittsøstrene i Verona. Hun likte seg godt der, bortsett fra to ting: gitteret og det at hun ikke kunne vie seg til nestekjærlig arbeid. Etter noen måneder i klosteret vendte hun derfor hjem igjen.
Hun gjorde samme forsøk i karmelittklosteret i Cornegliano i bispedømmet Treviso, men etter tre dager vendte hun tilbake til familiepalasset i Verona, til mange gode menneskers glede, men til mange ondsinnede menneskers spott. Magdalena følte seg ikke egnet til et liv i verden, men heller ikke for et liv i streng klausur. Hennes onkel Girolamo ba henne nå om å overta ledelsen av husholdningen i Palazzo Canossa i Verona og samtidig bli i mors sted for sine tre yngste søsken. Magdalena beholdt denne oppgaven da onkelen giftet seg med den svært unge og svakelige Claudia Burri. Magdalena styrte sin avdøde fars husholdning til hun var 33 år.
Samtidig ga hun all tid hun kunne avse til de fattige jentene i byen som var i fare. Hennes slektninger mente at slikt arbeid var under hennes verdighet og forsøkte å stoppe henne fra å utføre det. Men hennes vanlige svar var: «Skulle det faktum at jeg er født som markise hindre meg fra å tjene Jesus Kristus i hans fattige?» Hun var opptatt av å få fjernet all fattigdom, både materielt og moralsk. Etter hvert som dette apostolatet utviklet seg, arbeidet hun med de syke i hospitalene og i deres hjem, kjøpte kopier av katekismen for bruk i de lokale kirkene, organiserte retretter, hjalp bortløpne og forlatte jenter, ga almisser og mat til de som daglig banket på hennes dør og besøkte dem som bodde i falleferdige skur. Brev fra hennes åndelige veileder på den tiden viser at hun var alvorlig plaget av skrupler og frykt for fordømmelse for ikke å følge Guds vilje. Til slutt rådet hennes åndelige veileder henne til å vie seg helhjertet til det praktiske apostolatet hun allerede hadde startet.
I 1796 flyktet familien til Venezia da Napoleon nærmet seg Verona med sine tropper, og der arbeidet Magdalena på sykehusene. Mens de var der, hadde hun en drøm hvor hun så den hellige Jomfru Maria omgitt av seks ordenskvinner i brune kjoler, som hun førte to og to inn i en kirke fylt av jenter og kvinner, inn i et sykehus og så inn i en sal fylt av barn i filler. Hun ba dem arbeide med alle tre gruppene, men spesielt med barna.
Familien vendte tilbake til Verona i oktober 1797, ettersom også Venezia var omfattet av den unge general Napoleons ærgjerrige planer. Men alt oppstyret rundt flukten ble for mye for den sarte grevinne Claudia, og døende ba hun den 23-årige niesen om å ta seg av hennes lille sønn Carolino. Magdalena lovte dette, selv om hun visste at det betydde enda en utsettelse for det hun ble mer og mer overbevist om at var hennes oppgave, nemlig å ta seg av forlatte barn og nødlidende syke.
I 1803 giftet Magdalenas bror Bonifatius seg med grevinne Francesca Castiglioni fra Milano. Magdalena regnet nå med at hun kunne overlate mye av arbeidet i slottsforvaltningen til sin nye svigerinne og selv vie seg helt til barmhjertig arbeid.
Hun hadde allerede begynt å ta seg av de mest vanskjøttede barna, og i 1799 ga hun husrom, mat og undervisning til to av dem i sitt eget hjem. Hun arbeidet også i sykehus, og i 1802 hadde hun opprettet et permanent tilfluktssted og skole nær kirken San Zeno i den fattigste og mest beryktede delen av byen. Magdalena rekrutterte en rekke lærerinner og skisserte et slags religiøst liv for dem, men svært få var villige til å bli særlig lenge. Hun tok seg fortsatt av to eldre onkler hjemme, og da de døde, var hun klar til å gå løs på et større prosjekt.
Napoleon Bonaparte, som den 2. desember 1804 hadde kronet seg selv til keiser i Notre-Dame i Paris i nærvær av pave Pius VII (1800-23), bodde i de neste tre årene tre ganger kortvarig i Palazzo Canossa i Verona. Magdalena ba ham om å få det tomme augustinerinneklosteret St. Josef i Verona for de fattige, og spesielt barna. I hennes nestekjærlige arbeid hadde to kvinner sluttet seg til henne. Sammen åpnet de dørene i sitt nye hus for de fattige jentene i kvartalet San Zeno i Verona den 8. mai 1808. I tiden som fulgte fant mange foreldreløse barn et hjem i klosteret, og andre kom daglig til undervisning. Prosjektet blomstret og dets berømmelse spredte seg.
Magdalena ble invitert til å dra til Venezia sammen med sine «Canossianere», som den lille gruppen først ble kalt, av to prester som hadde startet et lignende arbeid for gutter. Andre grunnleggelser fulgte i Milano (1816), Bergamo (1820), Trento, Brescia og Cremona og deretter andre steder i Nord-Italia, men det var i Venezia at Magdalena skrev regelen for sin nye kongregasjon, som hun kalte «Døtre av nestekjærligheten», ofte kalt Canossa-søstrene (Institutum Filiorum a Caritate vulgo Canossiani - FdCC). Deres formål var å undervise fattige jenter, tjeneste i sykehus og undervisning i katekismen i menigheter. De fikk brune ordensdrakter i henhold til Magdalenas visjon. I 1812 skrev hun den endelige versjonen av ordensregelen.
Magdalenas institutt fikk sin første formelle pavelige godkjennelse i 1816 av pave Pius VII (1800-23) da han passerte gjennom Piacenza på vei tilbake til Roma etter Napoleons fall. Den endelige godkjennelsen ble gitt av pave Leo XII (1823-29) i et apostolisk brev datert 23. desember 1828. Keiser Frans I av Østerrike (1792-1835: keiser fra 1806) støttet Magdalenas arbeid fra begynnelsen og ga henne til og med noen eldre klostre, hvor hun kunne innrette nye hus for sin kongregasjon.
Ingen medlemmer av Magdalenas kongregasjon var mer iherdig i tjenesten for de fattigste og skitneste barna enn grunnleggersken selv. Da pave Pius XI (1922-39) proklamerte hennes heroiske dyder i et dekret den 6. januar 1927, skrev han: «Mange er nestekjærlige nok til å hjelpe og endog tjene de fattige, men få er i stand til å med fullt overlegg bli fattig med de fattige» - noe som er akkurat det Magdalena gjorde. Hennes Døtre av nestekjærligheten tok seg primært av de som var fattige og forsømt. Men hun åpnet også høyskoler og kollegier, sørget spesielt for de døve og stumme og organiserte lukkede retretter for kvinner og jenter. Etter hennes død arbeidet kongregasjonen også på misjonsmarken.
Magdalena hadde lenge ønsket å etablere en kongregasjon for prester og legbrødre for å delta i hennes arbeid, og en tid samarbeidet hun med den edle presten Antonio Rosmini, og det var hun som ga ham ideen om «Instituttet for Kjærlighetens sønner» (rosminianerne). Men til slutt grunnla hun selv i Venezia i 1831 en liten kongregasjon for menn, «Instituttet Sønner av Nestekjærligheten», som utførte lignende arbeid blant gutter.
Magdalena var en sterk personlighet som fikk stor innflytelse på grunnleggerne av andre ordensfellesskap. Hun hjalp de to grevene Antonio Angelo og Marcantonio Cavanis, som i Venezia hadde begynt å hente inn forlatte unggutter fra gatene, slik at det samme kunne gjøres med jenter. Magdalena støttet også Leopoldina Naudet på alle vis ved grunnleggelsen av «Instituttet for Den hellige Familie», og hun hjalp også grunnleggersken av «De små søstre av Den smertefulle mor». Det var også fremfor alt henne som fikk presten Antonio Provolo til å grunnlegge et «Institutt for døvstumme».
Et av Magdalenas mest fremsynte initiativ var å etablere en utdannelse for landsens lærerinner. Yngre kvinner fra landsbygda kunne oppnå et diplom som ga dem autorisasjon til å undervise i grunnskolen etter et syv måneders kurs tilbrakt i et av kongregasjonens hus. I løpet av dette kurset lærte de å undervise, og de mottok også en åndelig og apostolisk formasjon etter kanossianske linjer.
Til tross for sitt travle liv og mange bekymringer - eller kanskje på grunn av dem - kombinerte Moder Magdalena sitt aktive arbeid med det kontemplative livet til en monastisk orden. Hun nådde et bemerkelsesverdig nivå av kontemplasjon. Ved flere anledninger ble hun rykket bort i ekstase, og i det minste en gang ble hun sett da hun hevet seg fra bakken (levitasjon).
Mot slutten av livet var Magdalena bøyd nesten dobbelt, og hun kunne bare sove i sittende stilling. I slutten av 1834, mens hun var i Bergamo, ble hun syk. Hun foretok en smertefull reise tilbake til fødebyen og til moderhuset for kongregasjonen. I pasjonsuken året etter visste hun at hun var døende, selv om ingen av hennes religiøse eller medisinske rådgivere mente det. Hun ba om de siste sakramentene, og etter at hun hadde mottatt dem, kom slutten brått. Hun døde om kvelden den 10. april 1835 på kne i sin celle, 61 år gammel. Hun ble gravlagt i en praktfull marmorgrav i kapellet i klosteret San Giuseppe i Verona, og der befinner hennes jordiske rester seg fortsatt i en urne.
Da grunnleggersken døde, etterlot hun seg flere hus i Nord-Italia. Siden ble det gjort grunnleggelser også i Kina, India og England, og i dag har kongregasjonen rundt 4.000 søstre i 21 land. Fordi hennes hellighet var så allment kjent, er det kanskje en overraskelse at prosessen for hennes saligkåring ikke ble innledet før i 1877 og at den tok så lang tid. Hun ble saligkåret først den 7. desember 1941 av pave Pius XII (1939-58) og helligkåret den 2. oktober 1988 av pave Johannes Paul II på Petersplassen i Roma. Hennes minnedag er 8. mai (noen kilder angir 14. mai; andre dødsdagen 10. april).
Det mannlige instituttet blomstret ikke på mange år etter grunnleggerskens død og spredte seg aldri ut over huset i Venezia. Det har nå rundt 200 prester og legbrødre som arbeider i Italia, Brasil og Filippinene. Det eksisterer et slående samtidig portrett av den 15-årige Magdalena som en fasjonabel skjønnhet i selskapslivet, malt av Dalla Rosa fra Verona.