Men Mechthild levde et liv av bønn og ekstrem askese etter dominikanernes regel, men hun var ikke redd for å kritisere på det skarpeste det hun oppfattet som misforhold både i ordenen og i geistligheten som helhet. I alle disse årene hadde hun hele tiden mystiske erfaringer, og fra rundt 1250 skrev hun dem ned i hymner og vers. Disse nedtegnelsene regnes som den første beretningen på tysk innen mystikken.
Men hun måtte tåle mye bakvaskelse og forfølgelse på grunn av sine opplevelser, så mot slutten av sitt liv, kort etter 1270, ble hun nonne i cistercienserklosteret Helfta i Sachsen. Der var abbedissen Gjertrud av Hackeborn og blant hennes medsøstre var de hellige Mechthild av Hackeborn og Gjertrud den Store. De siste tolv årene av sitt liv fikk hun leve blant forståelsesfulle og velmenende medsøstre, som alle æret henne høyt.
Mechthild av Magdeburg var den første av nonnene fra Helfta som ble kjent for å være benådet med mystiske erfaringer. I Helfta føyde hun til en syvende bok i tillegg til de seks hun tidligere hadde skrevet om sine visjoner. Den platt-tyske originalen til verket Das fließende Licht der Gottheit er gått tapt, men det er bevart i en alemannisk oversettelse fra rundt 1344.
Mechthild døde rundt 1282 (eller 1294) i Helfta. Hennes minnedag er 8. oktober, men 15. august og 26. februar nevnes også. Hun fremstilles i nonnedrakt mens hun skriver i en bok, mens en nådestråle berører hennes hjerte.