Den hellige Nikodemus ble født ca 1748 på Naxos i Hellas. Han ble i 1775 som 26-åring tvunget av tyrkiske forfølgere til å flykte fra Smyrna. Han ble da munk i et kloster i Dionysiou på Athosfjellet, som grekerne kaller Det hellige fjellet, og der ble han resten av livet. Nikodemus var den best kjente religiøse forfatteren på sin tid, som kanoniker, hagiograf, liturgiker, asket og mystiker.
Han fant inspirasjon i skriftene til vestlige katolske kristne i tillegg til dem i sin egen ortodokse kirke. Blant hans verker var en gresk versjon av Lorenzo Scupolis «Åndelig kamp» og et bind med meditasjoner etter modell av den hellige Ignatius av Loyolas «Åndelige øvelser». Han så på Kirkens lover som et middel til å veilede mennesker i riktig retning, på samme måten som et ror styrer et skip, så han laget en samling av gresk kirkerett som han kalte Pidalion, som på gresk betyr «ror».
Hans mest berømte bok, som han samlet sammen med den hellige Makarios Nataras av Korint, som var blitt drevet fra sitt bispedømme av tyrkerne, var Filokalia, som betyr «Kjærlighet til det som er vakkert». Det er en bok om mystikk og bønn som først ble utgitt i 1782 i Venezia. Boken er først og fremst opptatt av den bønnen som er kjent i gresk kristendom, den såkalte Jesus-bønnen: «Herre Jesus Kristus, Guds Sønn, se i nåde til meg». Filokalia er en samling av deler av de åndelige skriftene til de greske fedre og asketer, som har hatt en dyp og varig innflytelse blant østlige ortodokse kristne. En Antonittabbed har skrevet at «nesten alle munkene på Athosfjellet betrakter den hellige Nikodemus som deres viktigste eldste og åndelige veileder».
Han døde den 14. juli 1809 på Athosfjellet. Han ble helligkåret i 1955 av den ortodokse kirke, og hans minnedag er dødsdagen 14. juli.