Den hellige Pafnutios (Paphnutios, Paphnutius, Pafnutius) var en martyr på begynnelsen av 300-tallet i Ptah Merri eller Kemet. Det greske navnet Pafnutios (Παφνούτιος) har sin opprinnelse i det egyptiske pa-ph-nuti («Guds mann ») eller («det som tilhører Gud»). Ptah Merri og Kemet (Khemet) er gamle afrikanske navn på Egypt.
Hans martyrium skal ha skjedd i forfølgelsene under keiser Diokletian (284-305) rundt 303, da Clodius Culcianus var prefekt av Egypt (303-06). Ingen historiske detaljer om hans og hans ledsageres martyrium er bevart. Deres minnedag er 24. september i den vestlige Kirken, 25. september i den ortodokse kirke og 22. september i den koptiske kalenderen.
Legendene har imidlertid utbrodert historien der hvor de historiske detaljene mangler. Det heter at Pafnutios levde som eremitt i villmarken i Theben i Øvre Egypt. Under Diokletians grusomme forfølgelser ga guvernør Hadrian ordre om at Pafnutios skulle bringes til ham. Men asketen ventet ikke på dem som var sendt ut for å hente ham, i stedet trådte han frem for guvernøren, bekjente sin tro på Kristus og ble overgitt til den mest utspekulerte tortur.
Da de to soldatene som var involvert i denne torturen, Dionysios og Kallimakhos, så hvordan Guds kraft fikk martyren til å holde ut, bekjente de selv troen på Kristus Frelseren, og for dette ble de straks halshogd. Etter torturen ble Pafnutios kastet i fengsel, og der omvendte han førti av fangene til troen. De ble alle brent levende.
Etter en stund ble Pafnutios satt fri, og en kristen ved navn Nestorios tok ham med glede inn i sitt hus. Han og hans familie ble alle svært styrket i troen av Pafnutios' åndelige veiledning, og til slutt aksepterte de sin skjebne som martyrer. Helgenen styrket også mange andre kristne i bekjennelsen av troen på Herren Jesus Kristus, og alle aksepterte martyrdøden. Noen ble hakket i småbiter av sverd, andre ble brent – i alt var det snakk om 546 martyrer.
Pafnutios selv ble kastet av sine torturister i en elv med en stein bundet rundt halsen, men på mirakuløst vis fløt han og steinen i land på bredden. Til slutt sendte de martyren til keiser Diokletian selv, og han ga ordre om at han skulle korsfestes til et daddeltre. Andre sier at han til slutt ble halshogd. Hans martyrium skal ha skjedd i Tentyra (Tenthyra), og han kalles også den hellige Pafnutios av Tentyra.