Den hellige Porfyrios ble født i 353 i Thessaloniki i Makedonia i en velstående gresk familie. Han forlot sitt hjem i en alder av 25 år og dro for å leve som munk i ørkenen i Wadi Natrun (Sketis), sørvest for Nil-deltaet. Etter fem år der flyttet han til en hule ved elven Jordan, hvor han også bodde i fem år. Mens han bodde der utviklet han en alvorlig sykdom som gjorde ham til krøpling, og han bestemte seg for å tilbringe resten av sitt liv i Jerusalem. Der besøkte han daglig de hellige steder. Han kjempet seg rundt til dem hver dag ved hjelp av en stokk og nektet å motta noen hjelp, for som han sa: «Jeg har kommet for å be om tilgivelse for mine synder, og ingen må gjøre dette lett for meg».
Her møtte han for første gang Markus, som skulle bli hans diakon og biograf. Markus ble straks imponert over Porfyrios' fromhet. Han tilbød seg å hjelpe ham opp noen trapper, men fikk avslag. Imidlertid vant han Porfyrios' fortrolighet, slik at han ble betrodd oppgaven å reise til Porfyrios' familieeiendommer i Thessaloniki og selge dem slik at pengene kunne gis til de fattige.
Han fullførte oppdraget og kom tilbake til Jerusalem tre måneder senere med betalingen, 4.500 gullstykker. Han fant Porfyrios forvandlet, helbredet og med gjenvunnet førlighet, og lyttet forbløffet til hans fortelling om at han i en visjon ble bedt av Kristus om å bære hans kors, noe han gjorde «et stykke». Da han våknet, var alle smerter borte, og det hadde de vært siden.
Porfyrios hadde vært en rik mann, men han ga bort alt til de fattige og ble selv nesten lutfattig. Da lærte han skomakerfaget for å forsørge seg. Markus var dyktig til å kopiere bøker og tjente mer, men Porfyrios avslo hans tilbud om å dele sin lønn med ham og minnet ham på at den hellige apostelen Paulus tjente til livets opphold som teltmaker.
Porfyrios' religiøse ry gjorde at han som 40-åring i år 393 ble viet til prest av biskopen av Jerusalem, som ga ham den store relikvien av Det hellige kors i sin varetekt. Tre år senere ble han valgt til biskop av Gaza uten at han visste om det. Han ble beordret til Caesarea under påskudd av at biskop Johannes der ønsket å konsultere ham om diverse problemer i Skriften. Han var først motvillig til å reise, men en ny visjon fortalte at Kristus ønsket ham å «gifte seg (...) med en kvinne, visselig fattig og ussel, men from og dydig». Han var usikker på hva dette betydde, men han bestemte seg for å lystre Guds vilje til tross for dette forvarselet om de byrdene som skulle legges på ham.
Han dro av gårde, fulgt av Markus. I Caesarea ble han regelrett kidnappet av folket i Gaza på biskopens forordning, med tvang vigslet til deres biskop og tvunget til å foreta en krevende tredagers reise dit på veier som lokale hedninger hadde brukket opp og strødd med trestykker og torner for å hindre at han kom.
For i Gaza var folket fortsatt hedninger, og hedningene bebreidet de kristne for å bringe denne nye mannen i sin midte og sa at deres gud Marnas hadde spådd at hans ankomst ville føre til katastrofe. Etter hans ankomst regnet det ikke på to måneder, og hedningene samlet seg for å be i Marnas' tempel, som keiser Theodosios I hadde spart fra ødeleggelse på grunn av dets arkitektoniske skjønnhet. De kristne arrangerte en rivaliserende faste og prosesjon til kirken St. Timotheos utenfor bymurene.
De fant seg selv stengt ute og mangedoblet sine bønner om regn. I samme øyeblikk åpnet himmelen seg, og de overbeviste hedningene åpnet portene med ropene «Kristus alene er Gud! Han alene har seiret!» Mange omvendelser fulgte.
Men de som fortsatte å være hedninger, så sin innflytelse minke, og de sørget for tiltak for å utelukke kristne fra handel og offentlige embeter. Porfyrios ba keiseren Arcadius om tillatelse til med tvang å ødelegge gudebildene og de gjenværende hedenske templene. Tillatelse ble gitt, hovedsakelig etter inngripen fra den hellige Johannes Krysostomos og keiserinne Eudoxia, etter at først Porfyrios og senere Markus hadde foretatt reiser til Konstantinopel.
Da de kom tilbake, falt en statue av Venus tilsynelatende ned da velkomstprosesjonen passerte. Rivningsarbeidet ble gjennomført raskt og brutalt av keiserlige tropper som var sendt for formålet. Åtte templer ble brent ned, inkludert Marnas', hvis skjønnhet ikke lenger ble regnet som en god nok grunn til å bevare det av ivrige kristne. Husene ble ransaket for gudebilder, og de ble ødelagt. Resultatet var at Porfyrios' stilling ble forverret. Riktignok ble noen hedninger omvendt, men andre protesterte og satte i gang opptøyer. Biskopens hus ble plyndret og han selv mistet nesten livet.
Der hvor templet til Marnas hadde vært, ble det bygd en stor korsformet kirke. Porfyrios var selv med og bar steiner, og sammen med presteskap og folk hjalp han med å grave ut fundamentene. Porfyrios konsekrerte kirken i 408 og kalte den Eudoxiana etter keiserinnen, som hadde sendt marmor og andre kostbare materialer fra Konstantinopel.
Porfyrios tilbrakte de resterende 13 år av sitt liv i iherdig utførelse av sine pastorale plikter i Gaza, og han var kjent overalt for sin sjenerøsitet overfor de fattige. Folket i Gaza ble brakt til kristendommen ved hjelp av hans tålmodige forkynnelse. Før han døde, hadde han enten utvist eller omvendt nesten alle hedningene i Gaza. I 415 deltok han på konsilet i Diospolis.
Disse detaljene finnes i en biografi om Porfyrios som tilskrives hans diakon Markus, Vita S. Porphyrii, men en annen biograf synes å benekte biskopens bruk av voldelige metoder. Markus' biografi er et verdifullt dokument for sitt bilde av hedendommens siste dager rundt det østlige Middelhavet; den er også et vitnesbyrd om den ærbødighet som den angivelige store biten av Kristi kors var til del på slutten av 300-tallet i Jerusalem.
Porfyrios døde den 26. februar 421 i Gaza. Hans minnedag er dødsdagen 26. februar og hans navn står i Martyrologium Romanum.