Den salige Viktor III het opprinnelig Daufari (Dauferius), var født i en adelsfamilie i Benevento og var i slekt med det langobardiske hertughuset der. Selv om hans familie planla et ekteskap for ham, var han bestemt på å bli munk. Da hans far døde i kamp mot normannerne, slapp han unna slektningenes bevoktning og gikk i kloster. Men de rasende slektningene oppsporet ham, rev av ham munkedrakten og tok ham med hjem. Men Daufari sto på sitt, og snart tømte han igjen. Denne gangen gikk slektningene med på å la ham bli munk.
Han prøvde ut livet som eremitt, men gikk så inn i benediktinerordenen og trådte i 1048/49 inn i St. Sofia-klosteret i Benevento, hvor han tok navnet Desiderius. Etter enda en periode som eremitt vendte han etter ordre fra pave Leo IX i 1055 tilbake til klosteret. Viktor II tillot at Desiderius flyttet over til Monte Cassino, og etter en tid som leder for klosteret S. Benedetto i Capua, ble den 19. april 1058 utnevnt til abbed av Monte Cassino.
Selv om Daufari hadde aversjon mot ære og makt, skulle han vise seg å bli en av de største i en lang rekke av abbeder av Monte Cassino. Han fant et kloster i ruiner, men under hans ledelse ble Monte Cassino et reformkloster som opplevde en ny blomstring. Han foretok en fullstendig gjenoppbygging av abbediet, og bygde et kapittelhus, et hus for abbeden, bibliotek, dormitorium og en stor kirke. Han oppmuntret kunst og litteratur, og fra det fjerne Konstantinopel hentet han kunstnere som brukte mosaikker og marmor for å forskjønne hans kirke. Pave Alexander II konsekrerte kirken i 1071. Klosterbiblioteket ble utvidet med ca 70 bind, og dessuten ble klosteret til et samlingssted for pavelige registeroverleveringer. Desiderius skrev selv Dialogi de miraculis S. Benedicti (1076-79). Abbeden gjorde også mye for å hjelpe sine munker til vekst i sitt åndelige liv.
Desiderius inspirerte åpenbart nyorienteringen av pavens normannerpolitikk, og derfor utnevnte pave Nikolas II i 1059 ham til kardinalprest av Sta Cecilia in Trastevere og pavelig vikar for klostrene i Sør-Italia. Samme sommer forhandlet han frem alliansen mellom pavedømmet og normannerne, som han hadde dyrket gode forbindelser med, og i juni 1080 forsonte han Gregor VII og normanneren Robert Guiscard, hertug av Apulia (ca 1015-85).
I 1082 vakte han pavens vrede, men ble trolig ikke ekskommunisert, da han i klosterets interesse hadde sluttet seg til Henrik IVs (1056-1106) følge til Roma i 1082, og ved å prøve å megle mellom paven og kong Henrik IV og lovte kongen å gjøre hva han på hederlig måte kunne for å hjelpe ham til å motta keiserkronen. Men senest våren 1084 forsonte Desiderius seg med Gregor VII, da paven flyktet fra Roma til Salerno og abbeden ga ham tilflukt på veien i Monte Cassino og var med ham på dødsleiet. Likevel var han ikke på listen over de tre som Gregor på dødsleiet foreslo som kandidater til å etterfølge ham. De var Anselm II av Lucca (en nevø av pave Alexander II), kardinalbiskop Odo av Ostia og erkebiskop Hugo av Lyon (Gregor VIIs legat i Frankrike). Men ingen av de tre kandidatene skulle bli valgt.
Gregor VIIs død i eksil den 25. mai 1085 betydde et stort tap for de romerske reformkretsene, og svekket av desertering til Klemens (III) ble reformpartiet kastet ut i forvirring. I Roma satt ennå motpaven, og først etter ett år kunne man forhandle om en etterfølger til Gregor med sjanse til å lykkes.
Etter press fra den normanniske prinsen Jordan av Capua valgte kardinalene abbed Desiderius av Monte Cassino til ny pave. Selv om han ikke var en av Gregors kandidater, virket han som det riktige valget på grunn av sin innflytelse på normannerne, hvis støtte nå var av større betydning enn noen sinne, og fordi hans tidligere meritter antydet at han kunne oppnå en tilnærming til keiser Henrik IV (1056-1106). Desiderius nektet bestemt, men til slutt tok de irriterte kardinalene og klerus den 24. mai (pinsedag) 1086 ham med til kirken Sta Lucia, tvang på ham pavekappen og kalte ham Viktor III etter Viktor II, Henrik IIIs (1039-56) utvalgte og verge for Henrik IV, som et forsoningens tegn.
Men fire dager etter sitt valg, før han kunne bli konsekrert, var Viktor tvunget av opptøyer og andre forstyrrelser til å forlate Roma. På grunn av hans vankelmodige holdning syntes han for mange ikke egnet som Gregor VIIs etterfølger. Oppstanden var satt i verk av Roger, sønn av Robert Guiscard. Motløs, og kanskje også klar over indignasjonen hans opphøyelse hadde forårsaket blant de mer fanatiske gregorianerne, tok han av de pontifikale klær, trakk seg tilbake til Monte Cassino og tok opp igjen sine funksjoner som abbed.
Men i mars 1087, etter tilskyndelse av Jordan av Capua, innkalte han en synode i Capua, ikke som pave, men som ex officio pavelig vikar i Sør-Italia. På synoden ble hans valg fra året før igjen satt i kraft, og han ble overtalt, mot bitter opposisjon fra en minoritet ledet av erkebiskop Hugo av Lyon (ca 1040-1106), endelig å akseptere embetet. Den 9. mai, etter at normanniske tropper hadde fravristet Leobyen (Vatikanet) fra motpave Klemens, ble han til slutt konsekrert i Peterskirken. I det hele tatt var Viktors korte pontifikat preget av kamper med motpave Klemens (III).
Til tross for anstrengelsene som ble gjort av hans mektige venner, Jordan av Capua og grevinne Mathilde av Toscana (1046-1115), fant Viktor det umulig å etablere seg i Roma, stort sett okkupert som byen var av Klemens (III)s tropper, og etter ca en uke vendte han tilbake til Monte Cassino. Men tidlig i juni, etter grevinnens bønnfallelser, dro han tilbake til Roma sjøveien til tross for dårlig helse, og den 1. juli lyktes han i å ta full kontroll over byen fra motpavens styrker.
I midten av juli, stilt overfor rykter om Henrik IVs ankomst til Italia, vendte han tilbake til Monte Cassino. Sent i august holdt han en synode i Benevento, selv om han var alvorlig syk på den tiden. Viktor III synes å ha fortsatt uopphørlig aktiv både i Monte Cassino, hvor han forble abbed inntil tre dager før sin død, og i Kirken som helhet, hvor det er bevis på at han gjorde et inntrykk ikke bare i Nord-Italia, men i Frankrike og Tyskland. Selv om hans avgjørelser er vanskelig å vurdere, synes synoden i Benevento å ha gjentatt Gregor VIIs forbud mot leginvestitur, erklærte simonistiske ordinasjoner ugyldige og bannlyste ikke bare Klemens (III), men også de ytterliggående gregorianerne, inkludert Hugo av Lyon. Rapporten om at synoden fornyet bannet mot Henrik IV, er ikke troverdig. Keiseren på sin side forholdt seg forsonlig til Viktor III, noe som vel også var hensikten med hans valg.
I Viktors pontifikat så man også en betydningsfull flåteekspedisjon fra Pisa og Genova mot sarasenerne ved Mahdia (Øst-Tunis), som plyndret byen i august 1087 og ga deler av byttet til St. Peter.
Viktor III var en klok og forsiktig pave. Han betraktet seg selv som en som ivaretok den gregorianske sak, og som sådan var han betraktet av motpavens parti som en inntrenger på Den hellige Stol.
Under synoden i Benevento forverret Viktors helse seg. Han hastet tilbake til Monte Cassino og døde der den 16. september 1087. Han ble gravlagt i sitt elskede kloster.
Hans kult begynte snart etter hans død, men hans saligkåring ble ikke bekreftet før av pave Leo XIII i 1887. Hans minnedag er 16. september.