Født: Emmanuel Wamala ble født onsdag den 15. desember 1926 i landsbyen Kamaggwa i sognet Lwaggulwe i jungelen i bispedømmet Masaka i Uganda. Han vokste opp i en katolsk familie som var omvendt av misjonærer. Foreldrene Cosma Kyamcra og Theresa Nnamayanja fikk ti barn, hvorav to døde som spedbarn. Av de fem guttene og tre jentene som var igjen, ble to prester og en legbror, mens de øvrige giftet seg.
Han fikk sin undervisning på grunnskolen i Kalisizo og Bakira i fire år før han begynte på gutteseminaret i Bukalassa som 16-åring i 1942. Etter syv år der fortsatte han på presteseminaret i Katigondo, hvor han studerte mellom 1949 og 1955. Han fikk pastoral erfaring i sognet Kabula i bispedømmet Masaka før han i september 1956 ble sendt til Roma for å studere ved Det pavelige universitetet Urbaniana. Der avsluttet han med lisensiatgraden i teologi.
Prest: Han ble presteviet den 21. desember 1957 i Peterskirken i Roma av pave Pius XII (1939-58). Deretter fortsatte han studiene ved Det pavelige universitetet Gregoriana i Roma, hvor han tok lisensiatgraden i samfunnsvitenskap i 1960.
Han vendte tilbake til Uganda i 1960, og der engasjerte han seg i skolevesenet og underviste i 17 år på ulike katolske skoler i landet. Samtidig arbeidet han i to år i sognet Villa Maria i bispedømmet Masaka og var inspektør for bispedømmets skoler. Fra 1962 til 1964 studerte han pedagogikk ved universitetet i Makerere i Kampala, og etter diplom der ble han sendt for å undervise ved gutteseminaret i Bukalassa.
Der ble han til 1968, da han ble utnevnt til kapellan for Universitetet i Makerere, en stilling han hadde til 1974. Han studerte også ved universitetet Notre Dame i South Bend i USA. I 1974 ble han generalvikar for bispedømmet Masaka, og samtidig var han sogneprest av Nkoni (1975-77) og av Kimaanya (1977-79). Han ble utnevnt til monsignore den 25. mai 1977.
I denne tiden opplevde han landets uavhengighet i 1962, men også Idi Amins terrorstyre fra 1971 til 1979. I 1969 møtte han pave Paul VI (1963-78) da han besøkte landet.
Biskop: Han ble den 17. juli 1981 utnevnt til biskop av Kiyinda-Mityana av pave Johannes Paul II. Han ble konsekrert den 22. november 1981 av kardinal Emmanuel Kiwanuka Nsubuga, erkebiskop av Kampala. Han deltok på den sjette ordinære bispesynoden høsten 1983.
Han ble den 21. juni 1988 utnevnt til koadjutor erkebiskop med etterfølgelsesrett av Kampala, og han overtok som metropolitterkebiskop av Kampala den 8. februar 1990 etter kardinal Nsubuga. Han var president for den ugandiske bispekonferansen (1986-94), og siden 1990 har han også vært president for Ugandas kristne råd. Han ble den første rektor for universitetet "Nuova Uganda Martyrs", som ble offisielt åpnet den 18. oktober 1993. Han deltok på bispesynoden for Afrika våren 1994.
Kardinal: Han ble den 28. juni 1994 kreert til kardinalprest av Sant'Ugo av pave Johannes Paul II. Han ble medlem av Kongregasjonen for folkenes evangelisering (Propaganda Fide) og Det pavelige rådet «Cor unum». I henhold til kirkeretten innleverte han sin avskjedssøknad da han fylte 75 år den 15. desember 2001. Men pavene beholdt ham som erkebiskop av Kampala helt til den 19. august 2006, ikke lenge før han fylte 80 år. Han ble etterfulgt som erkebiskop av Cyprian Kizito Lwanga, til da biskop av Kasana-Luweero.
Neste konklave: Han fylte 80 år den 15. desember 2006 og mistet dermed retten til å delta i fremtidige pavevalg.