Den hellige Ignatius ble født rundt år 37, sannsynligvis i Syria. Vi vet lite om hans tidlige liv. Han kalte seg selv Theoforos, gudsbæreren, fordi han var så sikker på Kristi tilstedeværelse i sitt hjerte. Legenden identifiserer ham med det barnet som Kristus fremstilte for disiplene: «Så tok han et lite barn og stilte det midt iblant dem, la armene om det og sa til dem: 'Den som tar imot et slikt lite barn i mitt navn, tar imot meg. Og den som tar imot meg, tar ikke imot meg, men ham som har sendt meg'» (Mark 9,36-37).
Mer pålitelige kilder sier at han var en konvertitt til kristendommen og en disippel av apostlene Peter og Paulus eller apostelen Johannes, som rundt 69 viet ham til den andre biskop i det store kristne sentrum i Antiokia ved Orontes i Syria (i dag Antakya i Sørøst-Tyrkia) etter Peter (ifølge Origenes). Andre kilder skriver at Ignatius ble konsekrert til den tredje biskop av Antiokia av Peter, etter at Peter hadde forlatt dødsleiet til Evodius, den andre biskopen av Antiokia og disippel av Johannes.
Antiokia var den gangen den tredje største byen i Romerriket etter Roma og Alexandria med den første og største menigheten av hedningekristne. Det var i Antiokia Kristi etterfølgere for første gang ble kalt kristne (Apg 11,26). Der virket Ignatius i rundt 40 år uten at vi vet noe om hans episkopat. Han overlevde forfølgelsene under keiser Domitian (81-96) og gledet seg over den perioden av fred som fulgte. Det fant ikke sted noen større kristenforfølgelser på denne tiden, men kristendommen var fortsatt en forbudt religion og tilhengerne ble regnet som fiender av Imperium Romanum. Men i keiser Trajans (98-117) niende regjeringsår ga han ordre om at de kristne skulle ofre til gudene i likhet med de andre borgerne, og å nekte dette ble straffet med døden.
Det tok ikke lang tid før Ignatius ble tatt og ført for keiser Trajan, som da var i Antiokia. Keiseren anklaget ham for å bryte ediktet og oppfordre andre til å gjøre det samme, og Ignatius' forsvarstale gjorde ikke inntrykk på ham. Han ga ordre om at biskopen skulle legges i lenker og føres til Roma (han var muligens romersk borger) og der kastes for villdyrene.
Sammen med andre kristne ble Ignatius satt på et skip i Seleukia, en havneby omtrent 25 kilometer fra Antiokia, og av en eller annen ukjent grunn seilte de langs kysten av Lilleasia i stedet for å dra rett til Roma. De dro enten til Tarsus i Kilikia eller Attalia i Pamfylia, og derfra gikk resten av reisen landeveien gjennom Lilleasia. I Laodicea ved elva Lykos, hvor det gikk ulike ruter ut fra, valgte vaktene det nordlige alternativet gjennom Filadelfia og Sardis.
De stanset en tid i Smyrna (i dag Izmir i Tyrkia), hvor Ignatius hadde et møte med den hellige Polykarp, som da var en ung mann. Den hellige Simeon Metafrastes skriver i sin biografi om Ignatius at Polykarp var en «hellig apostel». Hit kom også den hellige biskop Onesimos i spissen for en delegasjon fra Efesos, biskop Damas med utsendinger fra Magnesia og biskop Polybios fra Tralles. En av representantene, Burrhus, var så nyttig at Ignatius spurte efeserne om å la ham være hos seg som ledsager. Her skrev Ignatius også de fire første av de syv brev han særlig minnes for; til menighetene i Efesos, Magnesia, Tralles og Roma.
Vokterne hadde det travelt med å reise videre fra Smyrna for å nå frem til Roma før sirkuslekene var over, for berømte ofre var alltid en stor attraksjon i amfiteatret. Ignatius gikk gladelig med på det. De seilte videre til Troas, der de fikk høre at freden var gjeninnført i kirken i Antiokia. I Troas skrev Ignatius enda tre brev før de seilte til Europa; til menighetene i Filadelfia (i dag Alasehir i Tyrkia) og Smyrna samt et avskjedsbrev med råd og formaninger til Polykarp.
Alle brevene ble diktert til andre kristne, for hans egne hender var lenket. Disse brevene er av den største verdi og interesse ved det lys de kaster over kristen tro og praksis mindre enn ett århundre etter Kristi Himmelfart. Brevene omhandler Kirken, giftemål, treenigheten, inkarnasjonen, forløsningen og eukaristien. Igjen og igjen tilskynder han i brevene mottakerne til å holde fast på enheten seg imellom når de møtes for å feire Eukaristien, presidert av sin biskop. I brevet til Smyrna skriver han: «Der hvor biskopen er, er det kristne fellesskapet, på samme måte som der hvor Kristus er, er Den katolske kirke».
I brevet til de kristne i Roma ba han dem om ikke å prøve å få ham benådet – han ville dø martyrdøden for Kristus. «La meg følge min Guds eksempel på lidelse». «Jeg er Guds hvete. De ville dyrene skal male den i stykker med sine tenner, slik at jeg blir Kristi rene brød». I hans brev brukes også for første gang begrepet «den katolske kirke» om de troendes fellesskap, og han understreker biskopen av Romas (altså pavens) forrang. I et av brevene skriver han at han var i en gruppe soldaters vold: «Ti leoparder, hvis oppførsel blir verre jo bedre de blir behandlet». En detaljert beskrivelse av reisen til Roma ble skrevet av Agathopus og en diakon ved navn Philo, som var sammen med ham, og som også skrev de syv brevene etter diktat.
Fra Troas seilte følget til Neapolis, og derfra dro de landeveien gjennom Makedonia og Illyria. De seilte fra Dyrrachium (Durazzo). Om de seilte helt til Roma eller om de bare seilte over Adriaterhavet og tok landeveien til Roma, er umulig å avgjøre. Etter en reise på minst seks, kanskje tolv uker, kom følget frem til Roma, hvor det sies at de troende kom ut for å møte Ignatius. De gledet seg over hans nærvær blant dem, men sørget over at de skulle miste ham så snart. Det virker som om de fortsatt håpet på å få ham løslatt, men han gjentok det han hadde sagt i brevet til dem at han ville lide martyrdøden.
I følge legenden kom han til Roma den 20. desember, på sirkuslekenes siste dag. I Roma ble forhørene i følge en upålitelig legende ledet av keiser Trajan selv, og først etter at alle overtalelsesforsøk var forgjeves, ble Ignatius dømt til døden ved å kastes for de ville dyr i et offentlig sirkus, sannsynligvis Det flaviske Amfiteater, bedre kjent som Colosseum.
De to løvene drepte ham raskt. Dette skjedde rundt 107. Noen forskere mener han døde mellom 110 og 117. Han er den enste martyren vi vet om som døde i Det flaviske amfiteater, i dag kjent som Colosseum. De andre som ble dømt ad bestias, det vil si å kastes for villdyrene, døde i Circus Maximus ved foten av Aventin-høyden. De restene som villdyrene lot være igjen av martyren, samlet de kristne sammen. De dyrebare relikviene ble brakt tilbake til Antiokia av diakonen Philo av Kilikia og syreren Rheus Agathopus, hvor de ble oppbevart og æret som den største skatt ved byporten, i følge de hellige Hieronymus og Johannes Krysostomos.
Senere kom en del av dem tilbake til Roma da Antiokia på 500/600-tallet ble angrepet av sarasenerne (middelalderens betegnelse på muslimer; det kommer antakelig av et arabisk ord som betyr «de fra øst»), hvor de hviler i kirken San Clemente. Relikvier av Ignatius kom senere til Napoli, Sicilia, Frankrike, Belgia og Tyskland. Hans hode er i Ignatius-kapellet i jesuittenes hovedkirke Il Gesù i Roma. Ifølge en legende skar hedningene hjertet ut av Ignatius' legeme og oppdaget på det i gullskrift ordet «Jesus» og Kristus-monogrammet IHS (Iesus hominum salvator).
Ignatius' skrifter ble snart oversatt til latin og noen orientalske språk. Hans angivelige dødsdag 17. oktober ble feiret i Syria allerede fra 300-tallet og er i 360 avmerket i kalenderen fra Nikomedia i Bitynia i Lilleasia (i dag Izmit i Tyrkia). I Roma ble han ikke feiret før på 1100-tallet. I den romerske kalenderen ble han til 1969 feiret den 1. februar, men nå altså den 17. oktober. Den syriske kirken feirer ham også den 17. oktober, mens kopterne minnes ham den 3. januar. I Martyrologium Romanum og Beda den Ærverdiges martyrologium (og den engelske Book of Common Prayer) er han oppført under translasjonsdagen 17. desember. En annen translasjonsdag er 29. januar.
Østkirken feirer ham 20. desember, som skal være datoen for overføringen av den helliges relikvier til basilikaen i Antiokia som ble bygd over et hedensk tempel. Denne datoen ble også overtatt i vest, i følge Hieronymus' kalender. Den store variasjonen i festdager skyldes hovedsakelig de mange translasjonene av martyrenes relikvier. Den tredje translasjonen var fra Antiokia til Roma.
Ignatius har aldri vært regnet blant Jesu 70 (72) disipler, men i Østkirken står han på en liste over andre tidlige «apostler». I øst æres han som en av «Ortodoksiens fedre». Han var en av De apostoliske fedre, en gruppe hellige som levde mellom år 60 og 150 og var blant apostlenes disipler.
Hans navn nevnes etter forvandlingen i Canon Romanus eller Den romerske kanon (Eukaristisk bønn I). Han er skytshelgen mot sår hals, fordi han midt i alle lidelsene aldri stoppet å rope ut navnet Jesus. Han fremstilles som en gammel mann i bispeornat. Hans attributter i kunsten er løver og lenker.