Den hellige Johannes Berchmanns (Jan) ble født den 13. mars 1599 i Diest i Brabant i Flandern, det nåværende Belgia. I en bestemt hagiografisk æra var det nesten like viktig for en helgen å forutsi sin egen fremtidige hellighet som å utrette den nødvendige mengde mirakler. Johannes skal i så måte i tidlig alder ha kommet med det perfekte, «moderat delfiske» sitatet: «Hvis jeg ikke blir en helgen mens jeg er ung, kommer jeg aldri til å bli en».
Johannes var eldste sønn av en skomakermester. Han vokste opp i et fromt hjem og var av natur vennlig og kjærlig mot sine foreldre. Han var også en favoritt blant lekekameratene, modig og åpen og med en lys og munter personlighet. Samtidig var han også heftig og lunefull. Han var bare ni år gammel da hans mor fikk en langvarig og alvorlig sykdom, og han tilbrakte flere timer hver dag ved sengen hennes.
Johannes begynte som niåring i 1608 på den lokale latinskolen, og der gikk han til 1612. Han bodde senere i presteboligen i sognet Vår Frue sammen med flere unge gutter som var interessert i å bli prester. De fikk for en stor del sin utdannelse av Peter Emmerich, en premonstratenserkannik fra klosteret Tongerloo. Han instruerte dem i bønn og å gjøre tjeneste ved messen, han lærte dem å skive latinske vers og tok dem med på besøk til helligdommer og til andre geistlige. Johannes foretrakk sitt eget eller voksnes selskap, men viste interesse for drama i en tidlig alder, og det betydde omgang med andre gutter. Han var en entusiastisk skuespiller i mysteriespill, og han ble spesielt rost for sin fremstilling av Daniel som forsvarer Susannas uskyld etter at de vellystige gamle anklaget henne for umoral.
Da Johannes var tretten år, fikk han beskjed fra faren om at han måtte slutte på skolen. Forretningen gikk dårlig, så gutten måtte lære seg et håndverk og bidra til husholdningen. Gutten ble svært skuffet, for uten skolegang kunne han ikke bli prest, men faren hadde på ingen måte lenger råd til guttens utdannelse. Men presten i Diest Béguinage Johannes Froymont, som var kannik ved katedralen i Mechelen/Malines, var klar over problemene, så han tilbød seg å ta imot gutten som tjener og til gjengjeld betale for guttens utdannelse på Grande Ecole. Dermed flyttet Johannes dit i 1612. Hans plikter var å servere ved bordet, springe ærend og tjene noen av de andre losjerende som gikk på katedralskolen sammen med ham.
Det var vanskelig å arbeide etter å ha tilbrakt hele dagen på skolen, men siden Johannes ønsket å bli prest, var han villig til hva som helst. Kannik Froymont hadde et videre interessefelt enn Emmerich. Han tok med Johannes på andejakt og lærte ham å lære opp hunder til å hente fuglene.
Johannes ble en av de første studentene på jesuittkollegiet i Mechelen, som ble åpnet i 1615, selv om kannik Froymont var uenig i dette valget. Johannes fortsatte som ivrig skuespiller i religiøse dramaer (ingen andre var tillatt) og var bemerkelsesverdig from. Et år senere, den 24. september 1616, trådte den 17-årige Johannes inn som novise i den unge jesuittordenen (Societas Jesu – SJ). Faren var skuffet, for familien trengte hjelpen Johannes kunne ha gitt som sekularprest, men han gikk til slutt med på det.
Johannes førte detaljerte notater, skrev kommentarer til sin asketiske lesning, og utviklet en filosofi for et fordringsløst fromt liv som synes nærmest å ha foregrepet den hellige Terese av Lisieux' «lille vei». Han uttrykte det i sitt motto: «Lovpris små ting mest av alt», og i slike erklæringer som: «Jeg liker å la meg bli styrt som et daggammelt barn». Ingen ting var for smått eller ydmykende for ham – alt var Guds vilje. Som novise utførte han alle sine foreskrevne plikter med glede og nøyaktighet. Han lærte å beherske seg og ikke handle etter instinkt.
Johannes' mor døde i desember 1616, like etter at han var blitt novise. Faren ga da opp skomakerbutikken, begynte på bispedømmets seminar og ble presteviet i april 1618 og utnevnt til kannik i hjembyen. Den 2. september 1618 skrev Johannes for å fortelle faren at han skulle avlegge sine første løfter etter to år som novise i Mechelen og ba om stoff og lær for å få laget klær. Dessverre døde kannik Berchmans dagen før sønnens løfteavleggelse, som skjedde den 25. september.
Johannes dro til Antwerpen for å studere filosofi, men han hadde bare vært der i tre uker da han fikk beskjed om at han måtte reise til Roma for å studere på Collegium Romanum, jesuittordenens største og beste kollegium med mer enn 2.000 studenter. Han kom dit nyttårsaften 1618 etter å ha gått sammen med en ledsager fra Antwerpen i ti uker. Han var en flittig student på Collegium Romanum, hvor den hellige engelske martyren Henry Morse var en av hans medstudenter.
Johannes ble et forbilde for sine medbrødre gjennom sine dyder og sin munterhet. Hans omgang med de andre var preget av stor hjertelighet, men han fulgte strengt alle ordenens regler. Mange vitnesbyrd om perfeksjonen i hans liv eksisterer fortsatt, og p. Massucci, som hadde vært sammen med den hellige Aloisius Gonzaga på Collegium Romanum i dennes siste år, satte bare denne hellige novisen foran Johannes.
Johannes gjorde det godt ved eksamen i mai 1621 og ble valgt til å forsvare en tese i en offentlig debatt. Men flittige studier i den varme romerske sommeren ble for mye for ham, og hans helse begynte å svikte. Den 8. juli ble debatten holdt, og Johannes håpet å kunne komme seg etterpå. Men den 6. august måtte han som den beste jesuittstudenten spille en fremstående rolle i en offentlig disputt på det greske kollegiet, som da ble drevet av dominikanerne. Dagen etter måtte han sendes til sykesalen, da han fikk sitt første anfall av dysenteri. Deretter satte det inn med feber, og han fikk lungebetennelse. Han viste et uvanlig godt humør, som da han etter en motbydelig dose medisin ba presten som var der om å be etter maten. Da legen beordret at hans tinninger skulle bades med gammel vin, sa Johannes at en slik dyr sykdom ikke ville vare lenge. Da medlemmer av kommuniteten besøkte ham, snakket han om Paradiset som om han snart skulle være der.
Medbroren som drev sykestuen, så hvordan pasienten raskt ble verre, så han foreslo at han mottok kommunionen morgenen etter, selv om det ikke var søndag. Neste morgen kom jesuittenes kommunitet i prosesjon med Viaticum til sin døende medbror. Etter å ha mottatt Herrens legeme, ba Johannes om å bli salvet. Alle gråt, bare Johannes var rolig. Nå når han forberedte seg til å møte sin Gud, ba han om krusifikset sitt, rosenkransen og ordenens regelbok og sa: «Dette er de tre tingene som er meg kjærest; med dem dør jeg gjerne», Cum his libenter moriar.
Neste dag var det en strøm av jesuitter og klassekamerater som kom for å treffe ham en siste gang. Ordensgeneralen besøkte ham også. Johannes siste kveld ble tilbrakt i bønn. Han døde fredelig om morgenen den 13. august 1621, bare 22 år gammel. Da jesuittkommuniteten hørte kirkeklokken klokken 8.30, visste de at Johannes var i Paradis. Den ondartede sykdommen ble aldri diagnostisert.
Allerede ved begravelsen oppførte menneskene seg som om han var en helgen, og hans berømmelse spredte seg. Talløse mirakler ble tilskrevet hans forbønn, og hans kult spredte seg til hans hjemland, for katolikker i Nederlandene (Nederland og Belgia) trengte sin egen helgen. Innen få år skrev jesuittpateren Bauters fra Flandern: «Selv om han døde i Roma, og få av hans landsmenn kjente ham av utseende, har allerede ti av våre beste gravører laget hans portrett og minst 24.000 kopier er produsert. Dette inkluderer ikke arbeider av mindre betydelige kunstnere samt flere malerier».
Samme året som Johannes døde, ba hertug Filip av Aerschot pave Gregor XV (1621-23) om å åpne en informasjonsprosess med tanke på saligkåring. Selv om hans prosess ble innledet allerede året etter, ble ikke Johannes saligkåret før den 28. mai 1865 (dokumentet (Breve) var datert den 9. mai) av den salige pave Pius IX (1846-78) og helligkåret den 15. januar 1888 (bullen var datert den 22. januar) av pave Leo XIII (1878-1903), som gjorde ham til skytshelgen for studentene.
På slutten av 1800-tallet var det en på moten med hellige men ikke spesielt intellektuelle ordensmenn som hadde dødd unge. Men Johannes eksempel konkurrerte ikke med de to andre hellige jesuittene Aloisius Gonzaga og Stanislas Kostka. Hans bakgrunn var grå og borgerlig, mens de to andre var aristokrater. Deres usedvanlige oppførsel og unormalt samvittighetsfulle oppmerksomhet på hva de så på som renhet, gjorde dem til mye mer nyttige skikkelser for predikanter og lærere og skygget for deres reelle dyder. Johannes har havnet i nesten fullstendig glemsel, og dermed eksemplifisert et annet av sine utsagn om seg selv: «Min bot er å leve et ordinært liv». Likevel, ettersom periodens overdrivelser viskes ut, synes han mer menneskelig og verdig å minnes enn de andre to medlemmene av trioen. Sammen med dem er Johannes Berchmanns også skytshelgen for ungdommen. Han æres også som ministrantenes vernehelgen.
Hans minnedag er 26. november, men dødsdagen 13. august nevnes også. Hans navn står i Martyrologium Romanum. Han avbildes som jesuitt med et krusifiks, en rosenkrans og sin ordens regel, og han står gjerne overfor døden symbolisert av en hodeskalle eller en knokkel. Han avbildes også ofte knelende i bønn foran et Mariabilde. Benediktinerinnene i det romerske klosteret Via di Tor de'Specchi er i besittelse av et portrett som ble gjort ferdig på hans dødsleie. Han er gravlagt i jesuittkirken Sant'Ignazio i Roma rett overfor graven til Aloisius Gonzaga. Hans hjerte oppbevares som en dyrebar relikvie i kirken i jesuittkollegiet i Leuven/Louvain (Löwen).