Den salige pave Pius (It: Pio) IX het opprinnelig Giovanni Maria Mastai-Ferretti og ble født den 13. mai 1792 i Senigállia (Sinigaglia) i provinsen Marche di Ancona. Han var fjerde sønn av grev Girolamo Mastai-Ferretti og hans hustru Caterina Solazzi fra den lokale adelen. Han ble døpt samme dag, og hans fulle døpenavn var Giovanni-Maria Giovanni-Battista Pietro Isidoro. Han hadde en svak helse, men en livlig intelligens, og hans barndom var preget av små frivillige botsøvelser og et intenst religiøst liv. Mellom 1802 og 1809 studerte han ved Piaristkollegiet i Volterra i Toscana. I 1809 dro han til Roma for å studere filosofi og teologi, men han forlot byen i 1812 på grunn av politisk uro og en sykdom som ikke er tilstrekkelig diagnostisert, men som noen kaller epilepsi.
Etter Napoleons abdikasjon i april 1814 vendte pave Pius VII (1800-23) tilbake til Roma i triumf. På veien stoppet han i Senigállia, hvor han med stor ærbødighet ble hilst velkommen av familien Mastai-Ferretti. Giovanni Maria fulgte paven på resten av reisen til Roma. Han bodde hos sin onkel, Paolino Mastai-Ferretti, som var kannik i Peterskirken. Mot sin fars ønske søkte han om å bli opptatt i pavens adelsgarde, men fordi han i sin ungdom var svakelig og led av noe som kan ha vært epileptiske anfall, kunne ikke hans drøm om å bli gardeoffiser la seg gjennomføre. Det var på den tiden at den hellige Vincent Pallotti spådde at han ville bli pave og at Vår Frue av Loreto med tiden ville fri ham fra sykdommen.
I stedet for å bli gardist begynte han etter sin mors ønske å studere teologi ved det romerske kollegiet. Der gikk han fra 1814 til 1818. Etter å ha tjenestegjort en kort tid i barnehjemmet som populært var kjent som «Tata Giovanni» i Roma, deltok han som kateket i 1816 i en minneverdig misjon i Senigállia, og like etter bestemte han seg for å bli prest. Den 5. januar 1817 mottok han de lavere vielser, den 19. desember 1818 ble han viet til subdiakon og den 7. mars 1819 til diakon. I mellomtiden hadde han frisknet til, og selv tilskrev han det Jomfru Marias forbønn etter en valfart til Loreto i 1815. Men på grunn av epilepsien ble det likevel stilt spørsmålstegn ved hans prestevielse i 1819. Da han knelte for paven og ventet på hans endelige avgjørelse, sa Pius VII: «Vi innvilger det du ber om, kjære sønn, fordi det er vår overbevisning at denne sykdommen aldri vil plage deg igjen». Den 10. april 1819 ble han presteviet.
Han var seg bevisst sin adelige rang, men engasjerte seg i å unngå en kirkelig karriere for å kunne forbli utelukkende i Kirkens tjeneste. Han feiret sin første messe den 11. april 1819 i kirken Sant' Anna ved instituttet Tata Giovanni, hvor paven utnevnte ham til åndelig veileder. Samtidig virket han som folkemisjonær og tok seg av de fattige, og han kjente Romas slumstrøk ut og inn. Han ble snart også en ypperlig taler med sans for effekter. En gang helte han sprit over lårbenet av et menneskeskjelett og tente på, for å demonstrere helvetes pine.
Mellom 1823 og 1825 arbeidet han som ambassaderåd (uditore) for pavens søramerikanske apostoliske delegat i Chile, Msgr Giovanni Muzi. (Han ble dermed den første pave som hadde besøkt den nye verden). Da han vendte tilbake til Roma i 1825, utnevnte pave Leo XII (1823-29) ham til kannik ved Santa Maria in Via Lata og direktør for det store sykehuset Ozpizio San Michele i Roma, en stor, men kompleks institusjon som hadde behov for en effektiv reform. Mastai-Ferretti oppnådde meget bra resultater, men uten noensinne å forsømme sine plikter som prest.
Pave Leo XII utnevnte ham den 21. mai 1827 til erkebiskop av Spoleto, bare 35 år gammel. I 1831 spredte revolusjonen, som hadde begynt i Parma og Modena, seg til Spoleto da 4.000 italienske revolusjonære flyktet for den østerrikske hæren og truet med å kaste seg over byen. Men erkebiskopen overtalte dem til å legge ned våpnene og spre seg. Han fikk den østerrikske kommandanten til å gi amnesti for deres forræderi, og han ga dem nok penger til at de kunne komme seg hjem. På grunn av sin vennlige og milde opptreden under opprøret fikk han ufortjent ry for stor liberalitet. Den 17. februar 1832 ble han utnevnt til biskop av det viktigere setet i Imola av pave Gregor XVI (1831-46). Folket i Spoleto sendte en borgerdelegasjon til Roma for å trygle paven om å sende en annen biskop til Imola og la dem få beholde sin høyt elskede hyrde, men til ingen nytte.
I Imola fortsatte han som en veltalende predikant, parat til nestekjærlighet mot alle og ivrig opptatt av sitt bispedømmes både åndelige og materielle velferd. Han var hengiven til sitt presteskap og seminarister og fremmet utdannelse for de unge. Han var følsom overfor behovene til det kontemplative liv, hengiven til Jesu hellige Hjerte og til Jomfru Maria, veldedig mot alle, men fast i sine prinsipper.
Biskop Mastai-Ferretti var patriot og mislikte det østerrikske nærværet i Italia, og han brukte uttrykk som «denne italienske nasjon», og dermed ble han i vide kretser regnet som en tilhenger av Italias samling. Pave Gregor XVI anerkjente hans dyktighet, men stolte ikke på ham. Han erklærte at til og med Mastai-Ferrettis katter var liberalere! På grunn av at Mastai-Ferretti følelsesmessig sympatiserte med de italienske nasjonale aspirasjonene, og på grunn av hans krav om forvaltningsreformer i Kirkestaten, ventet Gregor XVI helt til 1840 med å utnevne ham til kardinal. Den 14. desember 1840 ble han utnevnt til kardinalprest med titularkirke Santi Pietro e Marcellino. Paven hadde utnevnt ham in petto (i hemmelighet) allerede 23. desember 1839. I 1843 ble det lagt et liberalt komplott for å kidnappe tre ledende kirkemenn, blant dem kardinal Mastai-Ferretti. Men det ble avslørt og slått ned av kardinalstatssekretær Luigi Lambruschini, og det endte med at syv ble henrettet og over femti ble dømt til slavearbeid på galeiene.
Etter at Gregor XVI døde den 1. juni 1846, kom 50 av 62 kardinaler til Roma for å delta ved konklavet. De resterende var enten for syke eller var utenlandske kardinaler som bestemte seg for ikke å komme til Roma på grunn av den uavklarte politiske situasjonen i Italia. Dette var det siste konklavet som kunne holdes i Quirinalet, som til 1870 var pavens residens i Roma, men som i våre dager er offisiell residens for Italias president. Den 14. juni gikk de kardinalene som klarte det, i prosesjon fra kirken San Silvestro al Quirinale til Quirinalet.
Konklavet var preget av den dype splittelsen mellom intransigenti, de konservative motstanderne av de nye ideer, tilhengere av Gregor XVI og jesuittene, som støttet kardinal Luigi Lambruschini, som hadde vært Gregor XVIs statssekretær og ønsket å fortsette hans politikk, og liberali, de liberale, som støttet kardinal Gizzi. I første avstemming den 15. juni fikk Lambruschini 15 og Mastai-Ferretti 13 stemmer. I andre runde gikk Mastai-Ferretti opp i ledelsen med 17-13. Da skjønte de liberale at deres kandidat ikke kunne få flertall, så de svingte over til den moderat progressive Mastai-Ferretti.
Selv om han kanskje ikke ventet å bli pave, arbeidet to mektige kardinaler bak kulissene på hans vegne: den romerske kardinal Polidori slo seg sammen med kardinal Micara for å bekjempe Lambruschini. Dette var introduksjonen av konseptet med en grande elettore, en «pavemaker» som ikke selv er kandidat, men som intrigerer på vegne av andre. I tredje avstemming den 16. juni gikk Mastai-Ferretti opp til 27-11, og i fjerde avstemming samme dag ble resultatet 36-10, og dermed var Mastai-Ferretti valgt. Han aksepterte valget noe nølende, siden han alltid hadde skydd hedersbevisninger.
Østerrikes representant, kardinalerkebiskop Gaysruck av Milano, kom til konklavet med veto mot Mastai-Ferretti, men kom for sent, for valget var allerede avgjort. Seieren ble sikret ved en ordning som ble kalt accessus, som nå er strengt forbudt. Da resultatet av en avstemming ble kunngjort, og før kardinalene gikk videre til neste, kunne en kardinal kunngjøre at han endret sin tidligere stemme og sluttet seg til flertallet. Ved denne anledningen gjorde ni kardinaler dette. På denne måten kunne de bli - og ble - beskyldt for å søke innflytelse hos den paven de bidro til å velge. Derfor ble da denne skikken også forbudt.
Den nye paven var relativt ukjent, med liten diplomatisk erfaring og ingen fra kurien. Med sine 55 år var han også uvanlig ung. Han tok navnet Pius IX til ære for pave Pius VII, som hadde oppmuntret hans prestekall til tross for epilepsiplagene og som hadde vært en av hans forgjengere som kardinalbiskop av Imola. Valget skjedde så sent om kvelden at det var for sent å kunngjøre det for det romerske folk. Men tegnet med den hvite røyken var allerede gitt, og mange gikk ut fra at den liberale kardinal Gizzi var valgt. Hans hjemby Ceccano eksploderte i jubel og det ble holdt fakkeltog i gatene. Hans palass i Roma ble plyndret i henhold til eldgammel skikk, og hans tjenere brente med glede alle hans kardinalrøde klær.
Men da den høyest rangerte kardinaldiakonen om morgenen den 17. juni annonserte valget av kardinal Mastai-Ferretti, ble det møtt med bare høflig applaus. Men da den nyvalgte paven viste seg på balkongen i Qurinalpalasset for å gi sin første velsignelse, ble mengden noe mer opplivet. Pius IX ble kronet i Peterskirken den 21. juni og valgte kardinal Gizzi til sin statssekretær. Det liberale Europa applauderte hans valg. Pius hadde gode forutsetninger for sitt nye embete: En uklanderlig livsførsel, pålitelighet, fromhet, nestekjærlighet og en ubetinget hengivenhet til sin oppgave. Han levde også i oppbyggelig fattigdom - han hadde måtte låne penger for å komme seg til konklavet. Derimot var det uheldig for det politiske styret i en så vanskelig tid at hans temperament var nervøst, vekslende, ustadig og uberegnelig, og like uheldig var hans mangel på faste og klare politiske prinsipper.
Den nye paven overtok en Kirkestat som fengslet eller endog henrettet «liberale», skildret blant annet i Giacomo Puccinis Tosca. Pius slo straks inn på en mer liberal kurs, og han inntok en positiv holdning til italiensk nasjonalisme. Den 16. juli 1846 ga han amnesti til de politiske fangene og de landflyktige, og han gjorde noen praktiske reformer i administrasjonen av Kirkestaten. Men disse var mer for å rette på misbruk enn for å endre strukturer. Han satte ned en kommisjon for å innføre jernbaner i Kirkestaten, installerte gassbelysning i Roma, etablerte et landbruksinstitutt for å forbedre produktiviteten og gi råd til bøndene og innførte reformer for å hjelpe handelen. Han ga ordre om at jødene skulle slippe ut av ghettoen i Roma ved at portene inn til den skulle rives ned, og han avskaffet kravet om at jøder måtte være til stede ved kristne prekener hver uke. Han ga også en lov som tillot fri presse. De glade romerne tok bort hestene fra hans vogn for å trekke den selv, mens jenter kastet blomster i veien for ham.
Den 19. april 1847 annonserte han sin intensjon om å etablere et statsråd (Consulta di Stato) sammensatt av legmenn fra de ulike provinsene i Kirkestaten. Dette ble fulgt av en nølende etablering av en sivilgarde (Guardia Civica) den 15. juli, noe som gjorde at den liberale stassekretær Gizzi gikk av, for han innså at å gi våpen til folket på den tiden, var å gi dem til de revolusjonære. Den 29. desember ble det opprettet et kabinettråd. Hver torsdag ga paven offentlige audienser. Til å begynne med ble Pius grenseløst populær som den liberale paven. Han snek seg rundt til fengsler og fattigstrøk i forkledning, og utallige historier verserte om ham i Roma. Han etablerte seg straks om hyrde, prekte, konfirmerte barn, besøkte skoler og sykehus og delte ut kommunion i obskure kirker og kapeller i byen.
Men de liberale idéene og tiltakene som utløste bifall i Italia, brakte paven snart i konflikt med Østerrike. Der fulgte kansleren, fyrst Metternich, pavens nye kurs med mistro. Han anså Italia bare som «et geografisk begrep» og protesterte mot enhetsideene. Østerrike fikk på grunn av Wieneravtalene holde okkupasjonstropper i Ferrara. Men da de i juli 1847 forsterket dem med 900 mann, protesterte paven og truet Metternich med ekskommunikasjon, og ble feiret som en nasjonalhelt i Italia. Det kom opprop til motstand mot Østerrike, og den italienske samlingsbevegelsen fikk nye impulser. «Vi hadde regnet med alt», sa Metternich, «unntatt en liberal pave». Han trengte ikke å bekymre seg over det så lenge.
Den italienske nasjonalisten Mazzini oppfordret Pius IX til å stille seg i spissen for den nasjonale bevegelse, ellers ville det italienske folket rive seg løs fra Kirken og gå sin egen vei. Folket elsket sin Pio Nono i to år. Men uansett hvor mange konsesjoner Pius ga, var radikalerne ikke fornøyd, og deres krav i Italia ble stadig mer vidtgående, og de prøvde å gjøre paven til et verktøy for sitt nasjonale anliggende. Den 1. januar 1848 ville de overrekke paven 34 krav fra folket, blant annet om pressefrihet, bevæpning av borgervernet og fjerning av jesuittene. Men da paven ikke viste seg, gjorde mengden opprør. Men neste dag våget paven likevel å vise seg for folket og dro via Corsoen til Quirinalet.
Revolusjonens torden hørtes nå over hele Europa, og den revolusjonære bevegelse som omfattet hele kontinentet, nådde også Kirkestaten. I januar 1848 brøt det ut revolusjon i Sicilia og Napoli, hvor kongen måtte tillate en forfatning. I februar brøt opprøret ut i Piemonte og Toscana. Den 8. februar kom det til en demonstrasjon i Roma, hvor det ble krevd at pavens ministre skulle gå av. Paven erklærte seg villig til å bøye av. Nyhetene fra den franske Februarrevolusjonen fremtvang flere innrømmelser, og den 14. mars ble forfatningen for Kirkestatens verdslige regjering offentliggjort. Den innførte et tokammerparlament med et førstekammer (alto consiglio) utnevnt av paven på livstid, og et andrekammer (consiglio dei deputati), som skulle velges av folket. Men spørsmålet om folkets forfatningsmessige rett kom i skyggen av den såkalte nasjonale bevegelse. I det østerrikske Lombardia brøt det i midten av mars 1848 ut revolusjon. Da bestemte kong Karl Albert av Piemonte seg for kamp mot Østerrike og oppfordret hele Italia til å delta i hellig krig mot de fremmede. I hele Italia lød ropet: «Ut med barbarene!»
Pius IXs konsistorialtale den 29. april 1848 betydde et vendepunkt i hans personlige historie. Der nektet han å delta i Italias frigjøringskamp, fordi han som pave måtte møte alle folk med den samme faderlige kjærlighet. Han kunne ikke delta i en krig mot en katolsk nasjon, og han ville ikke sende tropper mot Østerrike. Han fordømte ideen om et føderalt Italia ledet av pavedømmet, og manet italienerne til å være trofaste mot sine fyrster. Dermed mistet han raskt sin popularitet i Italia. Man betegnet ham sågar som «løftebrytende fedrelandsfiende». Da deputertkammeret ble åpnet den 15. november 1848, ble pavens statsminister, grev Pellegrino Rossi, stukket ned og myrdet på trappen til Cancelleria, og neste dag ble paven beleiret i Quirinalet. Opprørerne krevde at paven skulle erklære krig mot Østerrike, proklamere Italias enhet og utnevne en ny regjering. Krisen ble gjort verre av et økonomisk sammenbrudd.
Paven reagerte med å slå fast at det var i strid med hans verdighet som overhode for staten og verdenskirken å la seg diktere betingelser av rebeller. Han gjorde det også klart at han aldri kunne gi Kirkestaten en konstitusjonell forfatning, fordi en slik begrensning av pavens verdslige suverenitet ville være en fare for Universalkirkens uavhengighet. Da skjøt opprørerne på Quirinalet, og drepte flere mennesker. Den pavelige prelaten Palma, som sto ved et vindu, ble skutt. For å unngå mer blodsutgytelse erklærte paven seg villig til innrømmelser og godtok den ministerliste til en ny regjering han ble forelagt. Sveitsergarden ble avvæpnet av de nye makthaverne.
Om natten den 24. november flyktet paven fra Roma forkledd som en vanlig prest til Gaeta nord for Napoli med hjelp av de franske og bayerske ambassadørene, grev Karl von Spaur og Duc d'Harcourt. Dette er siste gang en pave har flyktet. Han hadde med seg Det hellige Sakrament i et ciborium som tidligere var brakt i eksil av Pius VI. Kong Ferdinand av Napoli tok hjertelig imot ham, og kardinalene flyttet også til Gaeta. Pavens flukt utløste sterke reaksjoner i den katolske verden. Både Marseille og Avignon tilbød paven opphold i sine byer, den russiske regjeringen lovte sin hjelp og den prøyssiske kongen tilbød paven et tilfluktssted. Men Pius IX bestemte seg for å bli i Gaeta for å være nærmest mulig Roma, som ble overtatt av Mazzini og hans lakeier.
I Roma ble republikken proklamert den 9. februar 1849 og Garibaldi og Mazzini stilte seg i spissen for et sterkt antiklerikalt republikansk regime. Noen uker tidligere, den 4. desember 1848, hadde Pius IX bedt om bistand fra de europeiske stormaktene Frankrike, Østerrike, Spania og Napoli. Den 24. april 1849 kom 10.000 franske soldater under general Oudinot til Civitavecchia og marsjerte den 30. april mot Roma. Der ble de imidlertid slått tilbake av den italienske nasjonalistlederen Giuseppe Garibaldi. Senere ble den franske hæren forsterket, først til 20.000, deretter til 30.000 mann. I slutten av juni rykket de franske troppene mot Roma fra flere kanter. Den 3. juli erobret de byen og gjeninnførte det pavelige herredømmet. Men pavens regjering kunne bare holde seg ved makten med støtte av utenlandske tropper. Franskmennene ble i Roma til 1870 (med et kort avbrekk mellom desember 1866 og oktober 1867), mens østerrikerne ble i Romagna til 1859.
Etter proklamasjonen av republikken flyttet paven til Portici, og den 12. april 1850 vendte Pius tilbake til Roma med de franske troppenes hjelp, og innførte som takk Festum Pretiosissimi Sanguinis, Det dyrebare Blodets fest. Det er et av historiens ironiske trekk at det skulle bli Napoleon Is nevø, Napoleon III, som hjalp paven å vende tilbake. Pius IX kom tilbake som en forandret og skuffet mann, grundig kurert for liberalisme. Men han var fremdeles god, fremdeles et mønster av fromhet, fremdeles interessert i folkets gunst. Men han hadde mistet sin popularitet. Det var beklagelig, men forståelig, at han etter de siste års erfaringer ikke forsatte sin «liberalisme», men snarere slo inn på en skarp anti-liberal kurs. Han fikk også satt opp igjen murene rundt den jødiske ghettoen i Roma og begrenset igjen jødenes grunnleggende rettigheter i Kirkestaten.
Med den reaksjonære Giacomo Antonelli som statssekretær (1848-76) gjeninnførte han det tidligere eneveldige og patriarkalske styret på de fleste områder, som fiendtliggjorde de intellektuelle og fordømte nasjonale aspirasjoner. Forholdene i Kirkestaten tilspisset seg dermed stadig mer. Antonelli var sønn av en napolitansk banditt, hadde bare mottatt de laveste vielser og var beryktet for sine kjærlighetsaffærer, men han hadde en enorm politisk innflytelse helt til sin død den 6. november 1876. Han gjorde mange feil, men han var heldigvis den siste korrupte kardinal, som alltid var opptatt av å samle sammen en formue til den datteren han hadde med sin elskerinne. Verken han eller paven satte noen sinne sin fot utenfor Italia.
Etter at drømmen om et italiensk statsforbund under pavens ledelse ikke kunne la seg realisere, og Pius IX hadde sviktet den nasjonale bevegelse, ble de italienske patriotene stadig mer fiendtlige overfor paven. De fleste av pavens 3 millioner undersåtter i Kirkestaten ønsket nå bare å bli kvitt ham. Grev Camillo Benso Cavour, som fra november 1852 var statsminister i Sardinia-Piemonte, var nå i stand til å utnytte stemningen i befolkningen, og Sardinia-Piemonte overtok ledelsen av den italienske samlingsbevegelsen. Under Cavour og kong Viktor Emmanuel II arbeidet landet for å fordrive østerrikerne og samle Italia til en stat. Pius beundret Viktor Emmanuel og fant det vanskelig å skjule sin stolthet og glede over nyhetene om hans seier over østerrikerne. Men Piemontes regjering fremmet en systematisk sekularisert politikk, og på 1850-tallet innførte de en rekke fiendtlige tiltak for å redusere Kirkens innflytelse. I 1854 ble alle klostre på Piemontes territorium stengt, bortsett fra en håndfull ordener som drev sykepleie og undervisning. Denne radikale antiklerikalismen overbeviste Pius om at Risorgimento var håpløst ateistisk og en reinkarnasjon av ånden fra 1789.
I 1856 godkjente Pius IX planene om jernbaner i Kirkestaten, og den 24. april 1859 åpnet han den første linjen mellom Roma og Civitavecchia. Da paven besøkte sine provinser sommeren 1857, ble han ønsket velkommen varmt og lojalt over alt. Men skjebnen til hans politiske makt ble beseglet året etter, da Cavour og Napoleon III møttes i Plombières, la planer om en felles krig mot Østerrike med den påfølgende utvidelsen av kongeriket Sardinia-Piemonte. Østerrikerne ble beseiret ved Magenta den 4. juli 1859, og den påfølgende tilbaketrekkingen av østerrikske tropper fra pavelig territorium startet oppløsningen av Kirkestaten. Opprør i noen av byene i Romagna ble brukt som en unnskyldning for å annektere denne staten av Piemonte i september 1859. Den 6. februar 1860 krevde kong Viktor Emmanuel å få annektere Umbria og Marche di Ancona, og da Pius IX avslo dette urettmessige kravet, gjorde kongen seg klar til å ta provinsene med makt.
Pius hadde i mellomtiden vervet 20.000 soldater til å forsvare Kirkestaten, rekruttert blant fromme katolikker over hele Europa. Han hadde først vært tvilende til de irske frivillige, for han fryktet hvilken effekt tilgjengeligheten på billig italiensk vin ville ha på dem. Men de pavelige soldatene kunne ikke stå mot den italienske hæren, og ble definitivt slått den 18. september 1860 ved Castelfidardo og den 30. september 1860 ved Ancona. Pavens herredømme i Romagna, Marche di Ancona og Umbria opphørte, og områdene ble slått sammen med kongeriket Sardinia-Piemonte. 2/3 av det pavelige territoriet var borte, og Pius IX lyste «røverne av Kirkestaten» i bann, men det fikk ingen politiske virkninger. Pavens herredømme begrenset seg nå til Roma og områdene omkring (Patrimonium Petri), og Kirkestaten var redusert til en smal landstripe i det vestlige Italia (Lazio).
Et all-italiensk parlament trådte sammen i Torino og proklamerte den 17. mars 1861 kongeriket Italia med kong Viktor Emmanuel II (f. 1820) som monark (1861-78). For å unngå konflikt med paven var andre byer foreslått som det nye Italias hovedstad, men Roma var og ble selvfølgelig. Den italienske statsminister grev Cavour tilbød i slutten av 1860 Pius å anerkjenne pavens suverenitet og gi Kirken vidtgående friheter og privilegier, hvis han bare ga avkall på Roma. Men paven avslo disse forslagene. Som «Vikar for den korsfestede Gud» var han villig til å lide, men aldri å overgi seg. Om nødvendig ville han flykte ned i katakombene.
Etter Cavours død den 6. juni 1861 kom hans etterfølger Ricasoli i september med et nytt meglingsforslag: Han tilbød paven suverenitet og en fast inntekt, Kirkens frihet og kongens avkall på å utnevne biskoper. Men kurien holdt fast ved oppfatningen at pavedømmet ikke kunne gi avkall på Kirkestaten. Selv om den økonomisk knapt var levedyktig, lød svaret til alle disse forslagene fra paven og statssekretær Antonelli: Non possumus. Roma var beskyttet av franske tropper, og i 1864 forpliktet den italienske regjering seg overfor Frankrike til ikke å angripe pavens områder. Likevel gikk den italienske nasjonalistføreren Giuseppe Garibaldi i 1867 med sine frihetskjempere inn i Kirkestaten, men ble slått av pavelige og franske tropper ved Mentana den 3. november 1867.
Det skulle bli utbruddet av den tysk-franske krig den 19. juli 1870 som førte til slutten for Kirkestaten. Den 10. august ble de franske beskyttelsestroppene kalt tilbake for å forsvare fedrelandet mot Prøyssen, og Roma lå forsvarsløs. Kong Viktor Emmanuel IIs hær, som hadde hele folket bak seg, var klar til å marsjere inn og proklamere Roma som det nye Italias hovedstad. Pio Nono var nå 78 år, og helt til det siste nektet han å tro at Den hellige Jomfru, hvis uplettede unnfangelse han utrettelig hadde forkynt, skulle tillate at paven mistet sin trone. Men til slutt forlot han Quirinalet, og den 20. september 1870 marsjerte Viktor Emmanuel IIs tropper inn uten at blod ble spilt. Det eneste land som løftet sin stemme til protest mot erobringen av Roma og Den hellige Stols opphør, var republikken Ecuador.
Pavens høytidelige protest mot røvingen av Den hellige Stol ble uten virkning. Gjennom en folkeavstemming den 2. oktober ble Roma innlemmet i den italienske staten. I en encyklika av 1. november 1870 ekskommuniserte Pius IX alle «opphavsmenn til og deltakere i Romas usurpasjon», med kong Viktor Emmanuel i spissen. Men i juni 1871 ble Roma utropt til hovedstad i det italienske kongeriket (siden revolusjonen i 1858 hadde Firenze vært hovedstad). «Fedrelandets alter» ble senere bygget kloss på Kapitol-høyden. Quirinalet ble kongelig residens, mens paven ble «fangen i Vatikanet».
Da paven ikke var villig til forhandlinger med kongeriket Italia, forsøkte landet på egen hånd å regulere Den hellige Stols stilling og rettigheter. I den såkalte garantiloven av 13. mars 1871 anerkjente Italia pavens suverenitet og ukrenkelighet, tildelte ham en årsinntekt på 3.250.000 lire og overlot ham bruksretten til palassene Vatikanet og Lateranet og villa Castelgandolfo. Kongeriket garanterte paven fri kommunikasjon med all verdens biskoper og fri utøvelse av hans geistlige embete. De italienske biskopene skulle fritt bli utnevnt av paven, og staten ga avkall på enhver troskapsed.
Men allerede den 15. mai forkastet Pius garantiloven. Han ville ikke akseptere det fait accompli han var blitt forelagt, når prisen var å oppgi den hellige arv fra sine forgjengere. Han nektet å sanksjonere den ulovlige erobringen av Kirkestaten, og dermed forble det romerske spørsmål uløst. Han avviste dessuten å motta noen inntekt fra Italia, for han anså også dette som en indirekte anerkjennelse av usurpasjonen. Dette gjorde han i forventning om at de troendes Peterspenger skulle erstatte Den apostoliske Stols frafall i inntekter. Siden satte paven aldri sin fot utenfor Vatikanet. Han hadde allerede, i dekretet av 29. februar 1868 som åpnet med ordene Non expedit («det er ikke hensiktsmessig»), forbudt katolikker å delta i det politiske liv i det «usurperende» kongeriket Italia. Han så rolig og standhaftig på begivenhetene som et uttrykk for den alltid pågående striden mellom Gud og Satan, og i den striden var Satans nederlag uunngåelig.
Det nye Italias konge, Viktor Emmanuel II, var en enkel soldat og en god katolikk. Til sin dødsdag sørget han for at ingenting ble rørt i pavens rom i Quirinalet. Det verste for ham var sikkert å bli sammenlignet med Antikrist og være nødt til å bøye hodet under den strøm av tilintetgjørende bannlysninger som paven lot hagle over «røverkongen». Da kongen ble dødssyk, ble paven anmodet om å heve bannet så kongen kunne motta Kirkens trøst gjennom sakramentene før han døde. Pius, eller snarere hans rådgivere, gikk med på det hvis kongen først ville undertegne en erklæring om at han underkastet seg Den hellige Stol. Viktor Emmanuel nektet. Paven sendte sin personlige kapellan til Quirinalet med fullmakt til å gi kongen den siste olje og absolusjon hvis han ville gi den ønskede uttalelse, gjerne muntlig. Men ministrene nektet å la budet slippe inn til kongen, kanskje av engstelse for at han skulle bli svak i siste øyeblikk. Men det endte med at paven til slutt den 9. januar 1878 hevet interdiktet og ga ham sin velsignelse, og kongen fikk pavens helt spesielle tillatelse til å motta sakramentet før han trakk sitt siste åndedrag samme dag, uten å betale med noen erklæring. Da kongen døde, var pavens eneste kommentar: «Stakkars mann. Ikke bare ønsket han å ta mine stater her på jorden, men han ønsker også å ta min plass i himmelen!»
Pius IX overlevde kongen bare så vidt. I sin siste regjeringshandling før sin død protesterte han den 17. januar 1878 mot at kongens eldste sønn etter farens død forsøkte å sanksjonere røvingen av Kirkestaten gjennom å ta tittelen «Konge av Italia». Først i 1929 skulle det komme til en endelig løsning av det romerske spørsmål.
En av de hendelsene som skadet pavens omdømme mest, og som også ble trukket frem av svært mange i forbindelse med saligkåringen i september 2000, var den såkalte Mortara-saken.
Edgardo Mortara var en jødisk gutt som ble født i 1851 i Bologna i Italia. Hans far Momolo eide en butikk og hadde 8 barn sammen med hustruen Marianna. Familien hadde en kristen hushjelp, Anna Morisi, som var analfabet. En gang i 1853 da Edgardo var alvorlig syk, foretok hun i hemmelighet nøddåp av gutten, slik at han ikke skulle gå fortapt hvis han døde. I 1858 fortalte hun byens inkvisitor, dominikanerpateren Pier Gaetano Feletti, om dette. Bologna lå i Kirkestaten, hvor kirkeretten var lov, og der sto det at intet kristent barn kunne oppdras av jøder, selv om de var hans foreldre. Og siden Edgardo var døpt, var han et kristent barn.
Den 23. juni 1858 kom politiet til familien Mortaras hus med ordre fra inkvisitoren om å hente Edgardo. De fortvilte foreldrene visste ikke en gang at gutten var blitt døpt i hemmelighet, men til tross for deres bønner og til tross for anmodninger fra de ledende jødene i Bologna, ble 6-årige Edgardo tatt fra foreldrene og tatt med til Roma. Hans nye hjem ble først Katekumenatenes Hus, hvor jøder fikk opplæring i Den katolske kirkes katekisme. Edgardos foreldre prøvde alt for å overtale inkvisitoren, og siden pave Pius IX, men til ingen nytte.
Men de fant mektige og innflytelsesrike allierte. Den internasjonale pressen kunne ikke få nok om historien, og ledende europeiske jøder med omfattende internasjonale forbindelser gjorde sitt beste for å hjelpe. Den franske keiseren Napoleon III, som da hadde en av sine anti-pavelige perioder, var rasende, men heller ikke han klarte å overtale paven, som nå hadde engasjert seg aktivt i saken. Edgardo var nå ferdig med katekumenatet, og paven bestemte at gutten skulle studere ved kirken San Pietro in Vincoli i Roma.
Der var han fortsatt som 19-åring da Roma ble erobret av den italienske hæren hø