Angelo Scola ble født den 7. november 1941 i Malgrate ved Comosjøen i provinsen Lecco og erkebispedømmet Milano i regionen Lombardia i Nord-Italia. Han var den yngste av to sønner av en lastebilsjåfør. Han fikk sin utdannelse ved det katolske universitet Sacro Cuore i Milano, hvor han i 1967 tok doktorgraden i filosofi med en avhandling om kristen filosofi. Han begynte i 1967 på seminaret i Saronno, og deretter fortsatte han teologistudiene ved seminaret i Venegono i Milano. Han ble presteviet den 18. juli 1970. Han avsluttet studiene på universitetet i Fribourg i Sveits med doktorgraden i teologi med en avhandling om den hellige Thomas Aquinas.
Mellom 1970 og 1991 var han en aktiv deltaker i bevegelsen Comunione e Liberazione, han var direktør for Istituto Studi per la Transizione (ISTRA) i Milano, deltok i grunnleggingen og var medlem av direksjonskomiteen for den italienske utgaven av tidsskriftet Rivista Internazionale Communio. Fra 1979 var han forskningsassistent for filosofen Otfried Höffe ved lærestolen for fundamental moralteologi ved universitetet i Fribourg. Fra 1982 var han professor i teologisk antropologi ved instituttet «Johannes Paul II for ekteskap og familie» ved det pavelige Lateranuniversitetet i Roma. Senere var han professor i komparativ kristologi ved teologisk fakultet ved det pavelige Lateranuniversitetet. Fra 1986 var han konsultor for Troslærekongregasjonen.
Han ble den 20. juli 1991 utnevnt av den salige pave Johannes Paul II (1978-2005) til biskop av Grosseto i Toscana. Han ble i juli 1995 utnevnt til rector magnificus for Det pavelige Lateranuniversitetet, og til leder for Det pavelige institutt Johannes Paul II for ekteskap og familie. Han ble den 5. januar 2002 utnevnt til patriark av Venezia. Han regnes som en av de dyktigste teologene blant de italienske biskopene.
Han ble kreert til kardinalprest i pave Johannes Paul IIs niende konsistorium den 21. oktober 2003. Han er den første kardinalen fra bevegelsen Comunione e Liberazione. Han ble den 24. november 2003 utnevnt av paven til medlem av Kleruskongregasjonen og til Det pavelige råd for Familien. Han er også medlem av Liturgikongregasjonen, legrådet, kulturrådet og rådet for nyevangelisering.
I flere måneder har utnevnelsen til bispesetet i Milano engasjert den italienske offentligheten. Patriarken av Venezia ble helt fra begynnelsen regnet som favoritt, men også den tidligere prefekten for Det ambrosianske bibliotek i Milano, Vatikanets kulturminister kardinal Gianfranco Ravasi, ble lenge nevnt. Andre som ble nevnt, var den store teologen og erkebiskop av Chieti, Bruno Forte, samt biskop Gianni Ambrosio av Piacenza-Bobbio.
I det 20. århundret kom tre paver fra patriarkstolen i Venezia - den hellige Pius X (1903-14), den hellige Johannes XXIII (1958-63) og Guds tjener Johannes Paul I (1978), mens to kom fra Milano, pave Pius XI (1922-39) og den ærverdige Paul VI (1963-78).