Den hellige Leo IX het opprinnelig Bruno og var født i Egisheim i Alsace av tospråklige foreldre, men regnes som tysk. Han var sønn av grev Hugo av Egisheim og Dagsburg og i slekt med keiserhuset; keiser Konrad II var hans fars fetter. Han fikk sin utdannelse i den franske byen Toul, hovedsakelig av Adalbert, den senere biskop av Metz. Allerede i 1017 var han kannik ved katedralen i Toul og tjente noen år ved hoffet hos keiser Konrad II (1024-39). Som diakon hjalp han Konrad med å slå ned en oppstand i Lombardia i 1025/26, der han hadde kommandoen over tropper som var skaffet av hans skrantende biskop. Da biskopen døde, utnevnte keiseren sin 24-årige slektning til ny biskop i Toul. Den 9. september 1027 ble Bruno bispeviet.
I løpet av Brunos mer enn 20 år i embetet arbeidet han hardt for å reformere sitt bispedømme. Han ledet mange synoder, foretok mange visitasjonsreiser og innførte reformene fra Cluny i mange klostre. Blant andre reformerte han kannikene ved domkirken og klostrene Moyenmoutier, Remiremont og Saint-Dié. Hele tiden og i alle spørsmål holdt Bruno trofast seg til keiser Konrad II og deretter til sin tremenning Henrik III (1039-1056). Hans diplomatiske dyktighet viste seg i forhandlinger han førte i 1032 mellom Konrad og kong Henrik I av Frankrike (1031-60).
Etter at Damasus II døde den 9. august 1048, ba de romerske utsendingene keiser Henrik III om å utnevne erkebiskop Halinard av Lyon til pave, men keiseren avviste dette. På riksdagen i Worms i desember 1048 utnevnte han i stedet Bruno, fordi han satte stor pris på hans reformiver. Det blir sagt at Bruno viste sin uavhengighet ved å sette som betingelse at valget skulle skje gjennom tilslutning fra presteskap og folk i Roma. Bruno var den tredje og største av de fire tyske pavene Henrik III fikk innsatt. Han beholdt bispesetet i Toul til 1051.
Da Bruno ankom Roma, gikk han etter eget ønske inn i byen barføtt og kledt i pilegrimsdrakt som et tegn på ydmykhet. Han ble mottatt med akklamasjon av presteskap og folk, og etter at valget på denne måten var blitt kanonisk, ble den 46-årige Bruno den 12. februar 1049 kronet i Lateranet under navnet Leo IX. Han tok et navn som var ment å gjenkalle minnet om den gamle, ennå rene kirken.
Leos pontifikat skulle bli av avgjørende betydning. Han er en av de mest bemerkelsesverdige personer i pavehistorien, og definitivt den mest betydelige av middelalderens tyske paver. Lenge hadde man snakket om reformer i kirken uten å gjøre noe gjennomgripende, men med ham kom et vendepunkt i pavedømmets og vestens historie.
Leo demonstrerte sin reformvilje på sin første synode i Roma fra 9. til 15. april 1049. Der tordnet han mot simoni og ekteskap og konkubinat blant geistligheten. Flere simonistiske biskoper ble avsatt, og boten som Klemens II hadde lagt på geistlige som med vitende ble ordinert av simonistiske biskoper, ble gjentatt. Leo ønsket først å degradere dem, men de var for mange til at det lot seg gjennomføre. Simoni har navn etter trollmannen Simon, som omtales i Apostlenes Gjerninger. Han ville kjøpe seg Åndens nådegaver for penger.
I prinsippet var sølibatet innført allerede på 400-tallet, men det var stort sett ikke blitt gjennomført for andre enn biskoper og klosterfolk. At det dreide seg om en gammel regel, gjorde likevel at kravet fikk en særlig drastisk form. Det ble til og med forlangt at prester som allerede var gift, skulle la seg skille. Reaksjonene var voldsomme. Mange biskoper ble nesten drept av sine prester når de fremsatte kravet på prestemøter. Men de sto også under sterkt press ovenfra. Paver truet med bannlysning og avsettelse for biskoper som ikke søkte å gjennomføre kravet, og det «vakte» legfolket (som patariaen i Milano) satte i gang en regelrett forfølgelse av gifte prester og deres hustruer og av biskoper som støttet dem.
Kampen for sølibatet ble lang og vanskelig og resulterte bare i en halv seier. Det ble i høyere grad enn før gjennomført for biskoper, den høyere geistlighet og ordensgeistligheten. Hos vanlige prester nådde man ofte ikke lenger enn til at deres samliv med kvinner ikke ble regnet som formelt ekteskap og at deres barn dermed ikke kunne gjøre krav på å overta deres embeter etter dem, slik det ofte skjedde før investiturstriden.
Med Leo IX holdt klosteridealene fra Cluny sitt inntog på pavestolen. Hans hovedmål var å gjenreise det gamle preste- og munkeidealet og å gjennomføre pavens forrang i universalkirken. Som pave hadde han nære forbindelser til lederne for den kirkelige reform, blant andre abbed Hugo den Store av Cluny (død 1109), erkebiskop Halinard av Lyon (død 1052) og den senere kardinal Peter Damian (1007-72), som da ennå levde i sitt kloster Fonte Avellana. Leo kalte mange ledende personligheter i den cluniacensiske reformbevegelsen til pavens hoff som rådgivere; dyktige, likesinnede menn, mange av dem fra Lorraine. Hugo Candidus (ca 1020-ca 1098) fra det lorrainske kloster Remiremont ble kardinalprest av S. Clemente; Lièges erkediakon Fredrik av Lorraine (død 1058), den senere pave Stefan IX (X), en bror av hertug Gottfried av Lorraine, utnevnte han til sin kansler; den burgundiske munken Humbert av Moyenmoutier (død 1061), som han senere gjorde til kardinalbiskop av Silva Candida, ble hans nærmeste fortrolige og i realiteten statssekretær;
Sist, men ikke minst, må vi nevne Hildebrand (den senere pave Gregor VII), som etter Gregor VIs død i eksil i Köln var klar for nye oppgaver. Til ham overlot Leo forvaltningen av St. Paulus-klosteret som prior, viet ham til subdiakon og ga ham embetet som skattmester for den romerske kirke, for å ordne de fullstendig ødelagte finansene.
Gjennom å kalle disse fremtredende personlighetene til viktige verv fikk kardinalkollegiet et internasjonalt preg som stemte overens med den romerske kirkens stilling. Ved å bruke dem som et rådgivende senat, startet han også en radikal omforming av kurien. Den skulle stå ved pavens side i regjeringen av hele Kirken.
Det lyktes Leo å gjennomføre kirkereformen i mange europeiske land gjennom tolv reformsynoder i viktige sentra: Pavia, Reims og Mainz (1049), Roma (1050, 1051, 1053), Siponto, Salerno og Vercelli (1050), Mantova og Bari (1053). Faktisk oppholdt han seg bare noen måneder av sitt pontifikat i Roma; det meste av tiden brukte han på synodene. Han holdt årlige påskesynoder der det ble gjennomført en rekke reformer i den kirkelig disiplin. Fra begynnelsen av sitt pontifikat talte han skarpt mot leginvestitur, ukyskhet blant geistlige og særlig mot simoni (kjøp og salg av embeter). Hans avsky mot simoni var så stor at han ved flere anledninger ordinerte på nytt menn som var ordinert av simonistiske biskoper.
I 1049 besøkte Leo Frankrike, hvor han på synoden i Reims insisterte på at abbeder og biskoper måtte velges av presteskap og folk. Han benyttet også anledningen til å avgi en kraftig erklæring om pavens unike primat. Paven alene ble forbeholdt tittelen Økumenisk patriark, som også Konstantinopel gjorde krav på. Samme år holdt han en synode i tyske Mainz. På disse synodene hadde han evnen til å vekke begeistring blant de troende gjennom praktfulle kirkefester som kirkevigsler, skrinlegging av relikvier og kanoniseringer, samt i prekener. På en synode i Roma i 1050 og på påskesynoden i Vercelli samme år ble for første gang eukaristilæren til Berengar av Tours (ca 1010-88) fordømt. Han hevdet at brødet og vinen i eukaristien ble Kristi legeme og blod bare symbolsk; de fortsatte å være substansielt (materielt, virkelig) det samme.
Leo IX startet prosessen med å effektivisere den pavelige forvaltning etter forbilde av det keiserlige kanselli og satte mange klostre under pavelig beskyttelse. Likevel kunne han fortsette sitt harmoniske samarbeid med det tyske kongedømmet, og han sto i nær forbindelse med keiser Henrik III. Men allerede nå ble det tydelig at den romerske kirken i fremtiden ikke lenger kunne være like avhengig av det tyske kongedømmet som før hvis den ville fylle sin universelle oppgave. Det er paradoksalt at Leo IX, som vanligvis regnes som den som startet de gregorianske reformene som befridde Kirken fra både keiser og den romerske adel, kunne takke begge for sin utnevnelse. Men idealet om uavhengighet fra de verdslige myndigheter utviklet seg senere, i begynnelsen var reformpavene villige til å arbeide med og gjennom konger.
I år 1050 ga pave Leo IX relikviene av helgenen Quirinius til sin søster Gepa, som var abbedisse i Neuss ved Rhinen. Over relikviene ble på 1200-tallet den nåværende domkirken St. Quirin bygd.
Edvard Bekjenneren hadde avlagt løfte om å dra på pilegrimstur til Roma, men var ikke i stand til å holde løftet. Leo aksepterte at han i stedet gjenreiste Westminster Abbey. Dessuten bannlyste han Vilhelm Erobreren på grunn av hans påtenkte ekteskap med Mathilde av Flandern, fordi de var for nært beslektet.
Leos siste år var overskygget av fiasko og skuffelse. Siden begynnelsen av 1000-tallet hadde normannerne satt seg fast i Sør-Italia og stadig utvidet sitt herredømme i kamper med grekerne og sarasenerne. Normannerhøvdingen Rainulf giftet seg i 1029 med hertugen av Napolis datter og fikk en forlening på kjøpet og en grevetittel i medgift. Hensynsløst utvidet han sine områder.
Robert Guiscard - navnet betyr «den listige» - gjorde like stor rett for navnet som sitt tilnavn «den dristige». Ved sluhet og kraft underla han seg den ene etter den andre av de langobardiske småstatene og de østromerske besittelsene i Sør-Italia og skapte et rike som omfattet det meste av Calabria og Apulia. En landsmann, Richard, erobret Capua og landet omkring.
Ved normannernes fremrykning ble mange kirker og klostre ødelagt og eiendommer som tilhørte den romerske kirke plyndret. Da den tyske besittelsen Benevento for å verge seg mot trusselen fra normannerne, søkte beskyttelse hos paven i 1052, forsøkte Leo ført - og det viser hvor selvstendig hans politikk var - i forbindelse med grekerne å gå mot normannerne.
Først da dette mislyktes, vendte han seg til keiser Henrik III for hjelp. I 1052 byttet keiseren bort Benevento mot de pavelige rettighetene i bispedømmet Bamberg og abbediet Fulda og lovte våpenhjelp. Men etter innvendinger fra flere biskoper under ledelse av Gebhard av Eichstätt (den senere pave Viktor III), måtte størstedelen av de tyske hjelpetroppene trekkes tilbake.
Likevel besluttet paven å personlig lede en liten, dårlig utrustet hær mot normannerne i mai 1053. Han håpet å slutte seg til bysantinerne, ledet av Argyros, guvernøren før Sør-Italia. Men før han kunne gjøre det, ble hans hær overmannet ved Civitella (Cività-al-mare) i Apulia og han selv ble den 18. juni 1053 tatt til fange av normannerne under Robert Guiscard, og satt fengslet i Benevento i ni måneder. Men han ble standsmessig og respektfullt behandlet i fangenskapet, og normannerne tillot ham å opprettholde kontakten med utenverdenen. De løslot ham først etter at han sannsynligvis hadde gjort ydmykende innrømmelser.
Peter Damian og andre i reformkretsen kritiserte sterkt dette militære engasjementet; slag skulle utkjempes av keisere, ikke paver. Men hans militære eventyr skulle lede til det som historisk skulle vise seg å være den viktigste hendelsen i hans pontifikat: bruddet med østkirken.
Leos arbeid for fred med Bysants var uten resultater. Han forsøkte å samarbeide med den bysantinske keiser Konstantin IX Monomakhos (1042-55), som hadde kommet på tronen ved å ekte den 62-årige enkekeiserinne Zoë, i kampen mot normannerne i Sør-Italia. Men på patriarkstolen i Konstantinopel satt fra 1043 Mikael Kerularios (1043-58), som strebet etter full kirkelig overhøyhet over de østlige kirkene og ikke la skjul på sin fanatiske motvilje mot latinerne. Han betonte sterkt de rituelle forskjellene mellom øst- og vestkirken, og slynget ut et voldsomt angrep på vestlig religiøs praksis, slik som bruk av usyret brød i eukaristien og presteskapets sølibat. I prekener vendte han seg mot latinernes tro (Filioque-striden). Irritert over pavens innblanding i Sør-Italia i områder som Bysants gjorde krav på, ikke minst ved å holde en synode i Siponto, og pavens utnevnelse av Humbert som erkebiskop av Sicilia, stengte patriarken de latinske kirkene i Konstantinopel i 1053. På Leos vegne forberedte hans kansler, kardinal Humbert av Silva Candida, et rasende svar, og forsvarte den romerske primat med omfattende sitater fra (den forfalskede) konstantinske gave.
Men en politisk allianse ble tvingende nødvendig, for keiseren trengte støtte i kampen mot normannerne, og et forsøk på forsoning ble gjort av både keiser og pave. I januar 1054, mens han forsatt var fange, sendte Leo en pavelig delegasjon til Konstantinopel etter invitasjon fra keiser Konstantin IX. Leder av delegasjonen var Humbert, pavens kansler, de andre medlemmene var Fredrik av Lorraine (den senere pave Stefan IX [X]) og erkebiskop Peter av Amalfi.
Gjennom den uforsonlige oppførselen fra de ansvarlige på begge sider viste prosjektet seg å bli en katastrofal fiasko. Patriark Kerularios nektet de svært selvbevisste pavelige legatene å feire messe i Konstantinopel. Disse svarte med en bannbulle mot Mikael Kerularios og hans meningsfeller, forfattet av Humbert, som de den 16. juli 1054 la ned på høyalteret i St. Sofia-kirken (Hagia Sofia) i Konstantinopel foran det samlede presteskap og folk. (Denne triste dato regnes som det endelige brudd mellom kirkene). Deretter forlot de Konstantinopel. Selv om Leo var død allerede den 19. april, må denne katastrofen bli tillagt hans pontifikat, siden de romerske legatene opptrådte i hans navn og hadde forutsatt pavens tilslutning.
Håpet om at patriarken skulle bøye av etter å ha fått forkynt bannet, slo ikke til. Et siste fredsforsøk fra keiseren var resultatløst. Innbyggerne i hovedstaden reiste seg til forsvar for sine kirkelige ledere, og legatene ble nødt til å flykte over hals og hode og ta fatt på hjemturen. Patriark Mikael Kerularios fornyet på en synode det lidenskapelige manifestet fra patriark Fotios fra 867, og ekskommuniserte på sin side latinerne. Alle forsøk på å gjenskape enigheten har vært mislykket, og bruddet står fortsatt ved lag. Også russerne, bulgarerne, serberne og rumenerne ble i tillegg til grekerne dratt inn i skismaet.
Den 12. mars 1054 kunne pave Leo igjen vende tilbake til Roma, båret tilbake fra Benevento.
Blant de interessante gjestene Leo mottok, var Shakespeares berømte Macbeth av Skottland. Leo sørget for en utnevnelse av en biskop til det fjerntliggende Island. I tillegg til å være en stor leder og administrator, var Leo en habil musiker. Han komponerte musikk til festene for den hellige Gregor og den hellige Kolumban. Men fremfor alt var han snill, tålmodig og ydmyk. Leo var en virkelig, om enn begrenset, forløper for de gregorianske reformene, som gjenskapte pavedømmets prestisje etter tiår med ydmykelser.
I løpet av tiden i fangenskap hadde Leo blitt alvorlig syk og nedbrutt, og hadde bare knapt seks uker igjen å leve. Da han følte at hans dødsstund nærmet seg, lot han sin seng og sin kiste bære til St. Peters grav for at han kunne dø der. Sine siste bønner hvisket han på sitt tyske morsmål.
Utslitt etter et pontifikat på bare fem år døde pave Leo IX den 19. april 1054. Han ble gravlagt i St. Peterskirken; graven befinner seg i venstre sideskip ved siden av St. Josef-alteret.
Til tross for fiaskoen med normannerne og skismaet med østkirken regnes Leo IX som en av de mest fremstående paver som har levd.
I løpet av 40 år skjedde 70 mirakuløse helbredelser ved hans grav, og Leo ble snart holdt for å være en helgen. Det blir sagt at Viktor III i 1087 fikk hans relikvier gravd opp og skrinlagt over et alter i St. Peterskirken. Leo har minnedag den 19. april. Han fremstilles ofte med en kirkemodell som attributt.