Den hellige Benedikt II var i følge LP født i Roma og sønn av Johannes fra den romerske familien Savelli. Allerede som gutt ble han innlemmet i den geistlige stand, og hadde studert på pavens katedralskole. Han tjente i alle grader i presteskapet og var nå prest.
Etter at Leo II døde den 3. juli 683, ble Benedikt valgt til ny pave allerede tidlig i juli 683, men måtte vente nesten ett år på at keiseren i Bysants godkjente valget slik at han kunne konsekreres og innsettes i sitt embete. Det skjedde den 26. juni 684.
Valget av en lokal mann av tradisjonell bakgrunn i kontrast til hans gresktalende sicilianske forgjengere, kan indikere Romas nye selvtillit overfor Konstantinopel, som fulgte etter forsoningen som var fått i stand av Agatho og keiser Konstantin IV (668-85). Et ytterligere tegn på den nye samarbeidsatmosfæren var at keiseren sa seg enig i Benedikts anmodning om at ved fremtidige pavevalg skulle den valgte paven bli godkjent av eksarken i Italia, ikke av Konstantinopel. Dermed kunne den nye paven ta opp embetet med et minimum av forsinkelse. Ny var også keiserens høytidelige seremoni hvor han ga lokker av sine to spedbarnssønner Justinian og Heraklios' hår til presteskapet, hæren og folket i Roma som et symbol på deres adopsjon av prinsene.
Det er bevart få glimt fra Benedikt IIs pontifikat. Mens han fortsatt ventet på å bli konsekrert, presset han på for å sikre vestens tilslutning til det 6. økumeniske konsil i Konstantinopel (III) (680-81) og dets fordømmelse av monoteletismen. Han sendte notaren Peter, som var blitt forsinket av Leo IIs død, til Spania med dokumentene fra konsilet og brevene Leo hadde utstyrt ham med. Oppdraget ble forkludret, for Roma hadde ikke regnet med den vestgotiske kirkens uavhengighet. Det 14. konsil i Toledo som kong Ervig holdt i november 684, godtok beslutningene fra konsilet, men utsatte dem først for en grundig undersøkelse. Metropolitt St. Julian av Toledo oversendte sin trosbekjennelse til paven. Selv om paven var tilfreds, var han ikke helt fornøyd med alle uttrykkene som ble brukt og ba om noen endringer i terminologien. Men da Julian fikk høre om pavens kritikk, sendte han et indignert svar.
Benedikts nestekjærlighet og vennlighet viste seg i anstrengelsene han gjorde for å konvertere den tidligere patriarken Makarios I av Antiokia, som hadde blitt fordømt som monoteletist og avsatt av Det 6. økumeniske Konsil og nå var innesperret i et kloster i Roma. Paven benyttet anledningen ved Makarios' ortodokse etterfølgers død å sende en av sine spesialrådgivere for å forsøke å vinne ham tilbake og få ham til å avsverge sine heretiske synspunkter. Til ingen nytte; Makarios døde som kjetter.
Før sin konsekrasjon utstedte Benedikt også et direktiv som beordret Wilfrid (634-709), som i 678 i praksis var avsatt som biskop av York, til å bli gjeninnsatt, men det fikk ingen effekt.
LP beskriver Benedikt som ydmyk og vennlig. Han elsket de fattige og sitt presteskap, og det var passende at hans siste store seremoni var påskedag 26. mars 685 da han ga heder og forfremmelse for geistlige av ulik rang. Han gjeninnførte kirkeasylet, som ikke lenger ble respektert av de ulike stridende fraksjonene. Mange hadde til og med trengt inn i kirkene på jakt etter sine fiender.
Benedikt fortsatte restaureringen av St. Peterskirken og S. Lorenzo in Lucina, og utsmykket S. Valentino på Via Flaminia og Sta Maria ad Martyres (tidligere Pantheon).
Benedikt II døde kort etter påsken, i mai (?) 685 og ble gravlagt den 8. mai i St. Peterskirken.
Ved sin død testamenterte han 30 pund gull til presteskapet, de diakonale klostre (etter gresk skikk grunnlagt for veldedig arbeid i tilknytning til kirkene) og kirkenes legsakristaner.
Benedikt æres som hellig med minnedag 7. mai.