Den hellige Bonifatius IV var født i Marserland i den nåværende regionen L'Aquila i Italia som sønn av legen Johannes. Han nevnes først i 591 som diakon og skattmester under Gregor I. Han ble dispensator, en høy tjenestemann i administrasjonen av Patrimonium Petri, og øyensynlig utførte han arbeidet til pavens tilfredshet, for Gregor omtalte ham som «min høyt elskede sønn Bonifatius, diakonen».
Etter at Bonifatius III døde i november 607, ble Bonifatius valgt til ny pave senere i måneden. Han måtte vente i ti måneder på den keiserlige godkjennelsen fra Konstantinopel før han kunne konsekreres. Det skjedde enten 25. august eller 15. september 608; datoen er omstridt. Han var en disippel av Gregor, noe hans gravskrift betoner, og da han ble pave, omgjorde han i likhet med sitt store forbilde sitt hus i Roma til et kloster, og han oppmuntret munker og klostervesenet.
Bonifatius IVs pontifikat var rammet av hungersnød, pest og naturkatastrofer, men han nøt gode forbindelser til de bysantinske keiserne Fokas (602-10) og Heraklios (610-41). Fokas godkjente pavens anmodning om å gjøre det hedenske romerske templet for alle guder, Pantheon, om til en kirke. Pantheon var bygd ca 25 f. Kr av Marcus Vipsanius Agrippa, Augustus' venn og store general, men ble ombygd til sin nåværende form av keiser Hadrian tidlig på 100-tallet. Den 13. mai 609 overførte paven 28 vognlass med martyrknokler fra katakombene til templet, og viet det til en kirke med navnet «Sta Maria ad Martyres». Det var starten på feiringen av allehelgensdag, i dag 1. november. Dette er det eldste kjente eksempel på omgjøring av et hedensk tempel til et kristent gudshus, noe som også er grunnen til at dette mesterstykket fra den klassiske antikken i dag kan beundres så å si som det sto i keisernes dager.
Heraklios var sønn av eksarken i Kartago og hadde vunnet ære i krigen. Han grep makten ved å knekke sin motstander, tyrannen Fokas. Heraklios-ætten var av armensk opprinnelse og skulle regjere i hundre krigerske år. I denne tiden ble det østromerske riket forvandlet til Bysants.
I 610 holdt Bonifatius en synode for å gi regler for liv og disiplin i klostrene, samt problemene i den angelsaksiske misjonskirken. Her deltok også Londons første biskop, Mellitus (død 624). Han og paven diskuterte behovene til den engelske kirken, og han vendte hjem med synodens vedtak og brev til erkebiskop Laurentius av Canterbury, kong Ethelbert av Kent og det engelske folk generelt.
LP skriver at Bonifatius sørget for en moralsk og materiell forbedring av det lavere presteskap. I striden med monofysittene la han vekt på å megle mellom de teologiske ytterpunktene.
I 613 mottok Bonifatius et brev, ærbødig, men full av lidenskapelige bebreidelser, fra den meget strenge irske abbeden Kolumban (543-615), som etter å ha preket evangeliet i Gallia og Sveits nå var abbed i Bobbio i Appenninene. Tilskyndet av den arianske langobardkongen Agilulf og hans katolske hustru Theodelinda bønnfalt Kolumban paven om å omstøte sine forgjengeres fordømmelse av De tre kapitler og kalle sammen et konsil for å bevise sin egen ortodoksi. Kolumbans mistanke om at paven hadde monofysittiske tilbøyeligheter, var en misforståelse. Det er ikke noe bevart noe svar fra Bonifatius.
I 614 stormet perserne Jerusalem. de plyndret byen for skatter og brente til og med Gravkirken. Det var et hardere slag enn vandalenes plyndring av Roma, og de kristnes hellige by kom aldri helt på fote igjen.
Bonifatius IV døde den 8. mai 615 og ble gravlagt i St. Peterskirken. Hans kult kan bare spores til Bonifatius VIIIs pontifikat (1294-1303). Hans minnedag er 25. mai.