I henhold til beretningen i Aberdeen-breviaret var Fillan irsk og sønn av Feriach, prins av Munster, og den hellige Kentigerna, datter av prins Kelly (Ceallach) av Leinster. Fillans onkel var den hellige Comgan av Lochalsh. Fillan ble munk i klosteret St. Fintan Munnu. Etter at onkelen, som var blitt prins av Leinster etter faren Kelly, ble angrepet av en koalisjon av nabostammer og beseiret og såret i et slag, ble han landsforvist til Skottland sammen med sin søster og hennes barn, blant dem Fillan.
I Skottland ble Fillan misjonær og munk, muligens i Taghmon i Wexford, og eneboer i Pittenweem nær Saint Andrews i Fife, og han ble valgt til abbed i det nærliggende klosteret i Holy Loch i Argyll. Men han gikk av etter noen år og trakk seg tilbake til det fjellrike Øvre Glendochart i Perthshire, hvor han levde et eneboerliv. Sammen med syv andre grunnla han en kirke der, i Killin, og betjente den i flere år. Der minner dedikasjoner og stedsnavn om ham – imidlertid er St. Fillans ved Loch Earn er oppkalt etter en annen tidligere helgen, Fillan den Spedalske.
Lenger nord, i Ross-shire, er det dedikasjoner til Fillan og onkelen Comgan. Mange kirker i området er vitnesbyrd om deres bevegelser: Kilchoan og Kilcongen («Comgans kirke»), Killelan («Fillans kirke»), og andre i Islay (Loch Melfort), Ardnamurchan, Knoydart, Sye, North Uist, Kiltearn og Turriff. Da Comgan døde, gravla nevøen Fillan hans legeme på Iona og bygde en kirke til hans ære. Fillan fikk ry som undergjører og som en klok og mystisk hellig mann.
Fillan var en velkjent skikkelse i folkefromheten og folkloren, og mange tiltalende legender fortelles om ham. For eksempel ble det sagt at umiddelbart etter hans fødsel kastet faren ham ut i en innsjø, og der ble han i et helt år, passet på av engler. Aberdeen-breviaret gjengir noen ekstraordinære mirakler som ble utført av ham. En historie forteller at en ulv drepte oksen som Fillan brukte for å transportere byggematerialer til en kirke, men da den skjønte hvem som eide oksens, tok han dens plass, noe som gjorde Fillan i stand til å fortsette byggearbeidene.
Etter sin manns død forlot Kentigerna Irland og viet seg til Gud i en religiøs livsform. Annalene i Ulster sier at hun døde den 7. januar 734. En berømt sognekirke bærer hennes navn på Tuch Cailleach i Loch Lomond, en liten øy som hun trakk seg tilbake til en tid før hun døde.
Fillan selv døde en 9. januar, trolig tidlig på 700-tallet. Stedet der han døde og ble gravlagt, heter i dag Strathfillan. Der ble hans relikvier oppbevart og æret i mange år. Mange helbredende mirakler ble tilskrevet hans forbønn. Viktigere var det at han som en helgen uten noen engelsk tilknytning tilhørte vokterne og garantistene for den skotske nasjonale bevisstheten. Kong Robert I the Bruce (1306-29) hadde en spesiell og livslang hengivenhet til Fillan. Etter nederlaget ved Methven, da han flyktet til fjellområdet mellom Perthshire og Argyll, satte Robert seg under Fillans beskyttelse og gikk inn i hans helligdom. Han æret helgenens armbein og andre relikvier som abbed Maurice av Inchaffray hadde ansvaret for, kvelden før slaget ved Bannockburn i 1314, men det er ikke riktig som det ofte blir sagt, at han tok med seg armrelikvien i slaget. Da Robert seiret i slaget mot engelskmennene, tilskrev han det helgenens inngripen.
I anerkjennelse av den helliges rolle i hans militære suksess restaurerte Robert klosteret i Strathfillan. Den 26. februar 1317/18 ga han Fillans hovedkirke (Killan) og kapellet i Glendochart (Strathfillan) til augustinerkannikene i Inchaffray Abbey og hadde som intensjon at et datterkloster skulle grunnlegges i Strathfillan, og utstyrte datterklosteret med land i Glendochart. Et charter av 28. oktober 1318 gjorde kapellet til et priorat. Kongens utenomekteskapelige sønn Robert Bruce av Liddesdale ga den da betydelige summen 20 skotske pund til byggearbeidene ved St. Fillans kirke. Den 16. juli 1414 stadfestet paven Inchaffrays presentasjon av en prior til Strathfillan.
I bassenget i Strathfillan pleide de mentalt syke å bli dyppet og etterlat hele natten bundet i et hjørne av ruinen av Fillans kapell. Hvis de ble funnet løse neste morgen, ble de betraktet som helbredet. Denne praksisen fortsatte til tidlig på 1800-tallet. Fillans firkantede bronseklokke og bronsehodet til hans hyrdestav (eller Quigrich) er bevart og kan ses i Skottlands nasjonalmuseum i Edinburgh.
Han ble helligkåret ved at hans kult ble stadfestet den 11. juli 1898 (gruppen «Adomnán av Iona og hans 18 skotske ledsagere») av pave Leo XIII (1878-1903). Hans minnedag var 9. januar (19. januar nevnes også), men det nye Martyrologium Romanum (2001) legger hans dag til 26. august. Han feires fortsatt i bispedømmet Dunkeld.