I 1925 flyttet familien til Bergamo, hvor den 5-årige Johanna mottok sin første kommunion den 4. april 1928 etter å ha blitt godt forberedt av den fromme moren og den eldste søsteren Amalia. Den 9. juni 1930 mottok hun fermingens (konfirmasjonens) sakrament. I mars 1938 gjennomgikk hun åndelige øvelser som gjorde et stort inntrykk på henne. Etter det hadde hun to faste forsett, som hun også levde opp til: «Jeg vil heller dø enn å begå en dødssynd» og «Jeg vil gjøre alt for Jesus». Også søsteren Amalias død i 1937, bare 26 år gammel, gjorde et dypt inntrykk.
Familien flyttet i 1937 til Quinto al Mare i nærheten av Genova. Da Amalia døde, tok foreldrene Johanna ut av skolen og holdt henne hjemme. Under veiledning av den lokale sognepresten ble hun involvert i Katolsk Aksjon og begynte å gå til messe hver dag, slik at da hun vendte tilbake til skolen, så nonnene en fremtidig novise i henne. I Genova gikk Johanna på gymnaset og tok eksamen i 1942. Samme år ble hun rammet av to nye slag da moren først døde, 55 år gammel, og fire måneder senere, den 10. september 1942, døde også faren. Etter foreldrenes død vendte barna i familien tilbake til Magenta. Johanna begynte i 1942 å studere medisin, en familietradisjon, først i seks semestre på universitetet i Milano og deretter i Pavia.
Hun viet seg flittig til sine studier samtidig som hun praktiserte sin tro gjennom en sjenerøs apostolisk tjeneste blant de eldre og trengende. Dette gjorde hun som medlem av Vincent de Paul-selskapet, en katolsk organisasjon for karitativt arbeid. Hun fortsatte også engasjementet i Katolsk Aksjon og begynte å undervise unge jenter i troen. Mens hun var på universitetet, begynte hun også med fjellklatring og skigåing, og hun utviklet en intens kjærlighet til naturen som hun skulle bevare resten av livet. Hun tok den 30. november 1949 sin doktorgrad i medisin og kirurgi ved universitetet i Padova, og året etter åpnet hun en klinikk i Mesero nær Magenta. I 1952 spesialiserte hun seg i barnesykdommer ved universitetet i Milano, og i sin praksis tok hun deretter seg særlig av mødre, spedbarn, eldre og fattige.
Arbeidet som lege betraktet hun som en «misjon» og praktiserte også medisinen slik. Hun økte sin sjenerøse tjeneste for Katolsk Aksjon, spesielt blant «de svært unge», og samtidig uttrykte hun sin livsglede og kjærlighet til skaperverket gjennom skigåing og fjellklatring. Men legepraksisen var ikke nok for henne, og hun ønsket å dra til Brasil som misjonær. Der var allerede en av hennes brødre misjonær blant indianerne i urskogen. Han hadde også studert medisin og var trådt inn hos kapusinerne som pater Alberto. En annen bror, som var blitt bygningsingeniør, var også i Brasil og hjalp p. Alberto med å bygge et sykehus i urskogen. Der planla den unge dr. Johanna Beretta å arbeide som lege og misjonær.
Men så møtte hun en mann som var hennes likesinnede, diplomingeniør Pietro Molla. Allerede i studietiden hadde hun truffet ham et par ganger. Han hadde avansert til en ledende stilling i et stort industrikonsern og ble senere også dets generaldirektør. Som lege hadde hun mye med ham å gjøre i sitt yrke, fordi han i Mesero drev ulike sosiale aktiviteter og var svært aktiv i Katolsk Aksjon. Den unge legen var ikke så imponert av Pietro, men han ble svært interessert i henne. Etter flere møter begynte også Johanna å tenke på muligheten av et kristent ekteskap.
Men hun grunnet på hva som var Guds vilje: Som misjonær i Brasil kunne hun redde mange mennesker legemlig og sjelelig og føre dem til Gud ved sin prestebrors side, mens hun som kristen hustru og mor kunne gi liv til barn og oppdra dem til å elske Gud. Gjennom egne og andres bønner reflekterte hun over sitt kall, som hun også betraktet som en gave fra Gud. Venner og søsken ba og holdt bønnenovener for dette anliggendet. Hennes skriftefar var klok nok til ikke å gi et direkte råd, men han sa: «Hvis alle fromme jenter gikk i kloster, hvor skulle vi da få kristne mødre fra?»
Da kom måneden desember i det marianske år 1954 i anledning 100-årsjubileet for dogmet om Jomfru Marias uplettede Unnfangelse. Den nå 32-årige legen fulgte et pilegrimstog med syke til Lourdes. På denne turen fikk hun den 8. desember en indre klargjøring av at hennes vei etter Guds vilje var et kristent ekteskap. Etter å ha valgt ekteskapets kall, omfavnet hun det med fullstendig entusiasme og viet seg helhjertet til «å danne en sann kristen familie».
I februar 1955 fridde Pietro Molla og på påskesøndag den 11. april fant forlovelsen sted. Johanna strålte av glede og lykke i forlovelsestiden, som hun også takket og priste Gud for. Til brudekjolen ble det vakreste og mest kostbare stoff kjøpt inn, og hun sa: «Hvis en av mine sønner blir prest, kan jeg sy messeklær til ham av kjolen». Den 33-årige Johanna og den 43-årige Pietro ble gift den 24. september 1955 i basilikaen San Martino i Magenta, og hun ble en lykkelig hustru. Pietro foreslo at hun skulle slutte som lege og vie seg til familien, men det ville Johanna ikke høre snakk om. Helt til sin død arbeidet hun som lege ved praksisen i Mesero ved Magenta.
I november 1956 ble Johanna til sin store glede mor til sønnen Pierluigi, i desember 1957 fulgte Maria Zita (Mariolina) og i juli 1959 Laura. Alle tre ble født i familiens bolig i Ponte Nuovo di Magenta. Alle Johannas svangerskap var ytterst besværlige og fødslene var vanskelige. Deretter fulgte to ufrivillige aborter. Sommeren 1961 ble hun gravid igjen. Men i september, nær to måneder inn i svangerskapet, fikk hun store smerter, og det viste seg at hun hadde utviklet en fibroma (bindevevssvulst) i livmoren. Den vanligste behandlingen den gangen var en full hysterektomi, det vil si fjerning av livmoren og dermed avbrytelse av svangerskapet. Johanna var som lege fullt klar over den risikoen som var forbundet med fortsatt svangerskap, men før det høyst nødvendige kirurgiske inngrepet på sykehuset i Monza den 6. september 1961 tryglet hun kirurgen om å berge barnets liv.
Bare svulsten ble fjernet og barnet ble reddet, og det takket hun Gud for. Hun vendte tilbake til et vanlig familieliv og arbeid på klinikken. Men svulsten fortsatte å vokse resten av svangerskapet. Johanna var bekymret for at barnet ville ble født i smerte, og hun ba til Gud om at det måtte bli spart for det. Samtidig tok hun sine foranstaltninger i tilfelle hun ikke skulle overleve fødselen. Hun ba sin søster Zita, som var apoteker, om å overta husholdningen og oppdra barna hvis hun selv døde. Hun ba søsteren Virginia, som var ordenssøster og misjonær i India, om å vende tilbake til Italia og hjelpe til med barnas oppdragelse hvis det verste skulle skje.
Få dager før fødselen var ventet, gjorde hun det igjen klart at hun satte barnets liv først og sitt eget liv i annen rekke. Hun insisterte overfor sin mann at hvis valget stod mellom henne og barnet, måtte han ikke nøle, barnet måtte reddes. Om morgenen den 21. april 1962 ble Gianna Emanuela født ved et vellykket keisersnitt, en fullstendig sunn og frisk jente. Det ble gjort en stor innsats for også å berge moren, men forgjeves, for Johanna fikk bukhinnebetennelse. Hun ba mannen om å få dø hjemme, og døende ble hun kjørt dit. Om morgenen den 28. april døde hun i deres hus i Ponte Nuovo di Magenta under ulidelige smerter og etter gjentatte bønnerop: «Jesus, jeg elsker deg. Jesus, jeg elsker deg.» Hun var 39 år gammel og hadde mottatt de siste sakramentene av sin andre prestebror Giuseppe.
Hun døde fordi hun valgte å ikke ha en operasjon for å fjerne svulsten, en operasjon som nesten sikkert ville ha betydd at fosteret ville dø, men som nesten sikkert ville ha reddet morens liv. Etter fødselen var det for sent. Enkemannen Pietro Molla sa i et intervju: «Hun var ikke i tvil. Hun sa til meg: Hvis du en dag må velge mellom meg og barnet, så velg barnet. Det var et valg hun fattet med stor besluttsomhet og som jeg respekterte. Gianna Emanuela ble født. (...) Det sentrale punkt er meget enkelt: Gianna trodde at hun representerte Forsynet for den skapningen hun bar i sitt liv.»
Hadde Johanna valgt annerledes, kunne ingen katolsk moralteolog ha sagt noe på det. Kirken har aldri lært at mors liv er mindre verdt enn et ufødt barns. Operasjonen ville hatt som hensikt å redde liv, ikke å ta liv, og barnets død ville vært en ikke ønsket følge av kampen for å redde morens liv. Ingen har rett til å kreve slik heroisme, eller engang å forvente den. Slik er det med mange hellige: Vi ærer dem fordi vi ser Guds nåde i deres ekstraordinære, heroiske dyder. Vi blir imponert, men vi krever ikke at alle skal gjøre som for eksempel den hellige Aloisius Gonzaga (utsette seg for pestsmitte når man selv er svak og sykelig), den hellige Maximilian Kolbe (la seg henrette i en annen manns sted) eller den salige Damian De Veuster (utsette seg for leprasmitte).
Enkemannen sa: «Nei, jeg visste ikke at jeg levde med en helgen. Gianna var virkelig en vanlig kvinne, livsglad, glad i musikk og turer i parken. Hennes religiøsitet var slik: Hun tok seg av sine pasienter som om de var hennes familiemedlemmer. Hun hjalp mange eldre kvinner. Mange barn med kroniske sykdommer. Hun var alltid rede til å hjelpe, også om natten.»
Johannas begravelse den 30. april 1962 var en manifestasjon av dyp sorg, tro og bønn. Hun ble gravlagt på kirkegården i Mesero, fire kilometer fra Magenta. Samme år som Johanna Beretta Molla døde, fremhevet den lokale erkebiskopen av Milano, kardinal Giovanni Battista Montini (senere pave Paul VI) (1963-78), hennes heroisme i sin preken julenatt. Montinis etterfølger som erkebiskop av Milano, kardinal Giovanni Colombo, innledet saligkåringsprosessen i 1972. Etter hvert som saken skred frem, meldte også kritikken seg: I samfunn der abort anses som akseptabelt og relativt uproblematisk, er den sannheten at ufødte barn har menneskelig verdighet, nærmest skandaløs.
Av de tre barna ble Pierluigi doktor i økonomi, Mariolina døde som barn, Laura ble også doktor i økonomi og Gianna Emanuela, som hennes presteonkel Don Giuseppe Beretta har betegnet som «en levende relikvie av sin mor Gianna», ble lege som sin mor.
Johannas saligkåringsprosess ble offisielt åpnet den 15. mars 1980. Den 6. juli 1991 anerkjente Vatikanet hennes «heroiske dyder», og hun fikk dermed tittelen Venerabilis, «Ærverdig». Den 21. desember 1992 undertegnet paven dekretet fra Helligkåringskongregasjonen som anerkjente et mirakel på hennes forbønn. Den 24. april 1994 ble hun saligkåret av pave Johannes Paul II i Roma, i Det internasjonale Familieåret.
Tidlig i 2000 begynte det tredje barnet som Elisabete Arcolino Comparini hadde unnfanget, å få alvorlige problemer. I svangerskapets tredje måned mistet den unge moren alt fostervann, og uten den naturlige beskyttelsen ville fosteret ha dødd. Men Elisabete fødte en liten jente i mai 2000, noe som var uforklarlig for legevitenskapen. Hennes foreldre, som hadde bestemt seg for å be om den salige Johanna Beretta Mollas forbønn, kalte jenta for Gianna Maria.
Den 20. desember 2003 undertegnet pave Johannes Paul II dekretet fra Helligkåringskongregasjonen som godkjente dette som et nytt mirakel på Johannas forbønn. Hun ble helligkåret den 16. mai 2004 av pave Johannes Paul II på Petersplassen i Roma. Hennes minnedag er dødsdagen 28. april.
Hun er den første kvinnen fra Katolsk Aksjon som er helligkåret. Hennes 82-årige enkemann og hele familien var til stede på Petersplassen.