For å slippe unna oppmerksomhet flyttet han rundt 330 til ørkenen ved Wadi Natrun (Sketis), hvor han feilaktig ble anklaget for å ha forført en kvinne og gjort henne gravid. Men han ble renvasket og ble litt av en helt for sin tålmodighet og ydmykhet under denne prøvelsen, og han sørget til og med for henne med sine ynkelige inntekter. Mellom 330 og 340 besøkte han den hellige Antonius den Store (Abbeden) i den tebanske ørken, som underviste ham. Han kan godt ha vært den Antonios' disippel Makarios som gravla den store abbeden på et hemmelig sted.
Ca 340 påla biskopen ham å bli presteviet for å kunne tjene de andre eneboerne i ørkenen, og hans viktigste plikt var å feire eukaristien for flere tusen medlemmer av den monastiske kolonien. Han var høyt aktet i monastiske kretser, og hans råd ble satt stor pris på, ikke minst av den hellige Evagrius, som er mer berømt i våre dager. Han ga sine instruksjoner i få ord, og vanligvis understreket han taushet, ydmykhet, botsøvelser, tilbaketrekking og kontinuerlig bønn. Han sa: «I bønn trenger dere ikke bruke mange eller høytsvevende ord. Dere kan ofte gjenta med et oppriktig hjerte: `Herre, vær meg nådig slik du vet best!' eller `Hjelp meg, o Gud!'»
Makarios tilbrakte de resterende seksti år av sitt lange liv i ørkenen ved Wadi Natrun (Sketis). Hans askese var svært streng, i likhet med så mange av ørkenfedrene. Vanligvis spiste han bare en gang hver uke. Det sies at han i tjue år «ikke en eneste gang spiste, drakk eller sov så mye som naturen krever». For å fornekte sin egen vilje avslo han ikke litt vin når andre bød ham, men etterpå pleide han å straffe seg selv ved å avstå fra all drikke i flere dager, selv under den brennende ørkensolen. Djevelen sa en gang til ham: «Jeg kan overgå deg i å våke, faste og mange andre ting, men ydmykhet beseirer og avvæpner meg!»
I likhet med så mange andre som praktiserer ekstrem askese, ydmyket Gud Makarios ved å vise ham at han ikke hadde oppnådd samme grad av perfeksjon som to gifte kvinner i en nærliggende by. Ved å besøke dem lærte han at de helliget seg ved omhyggelig å vokte sine tunger og leve i konstant praktisering av ydmykhet, tålmodighet, godtroenhet, nestekjærlighet, resignasjon, bøying av egen vilje og underordne seg humøret til ektemenn og familier, når det ikke var i strid med Guds lov.
En ung mann som søkte Makarios' åndelige veiledning, ble bedt om å gå til kirkegården og skjelle ut de døde. Deretter skulle han vende tilbake og smigre dem. Selvfølgelig meldte han til Makarios at de ikke lot seg bevege av verken utskjelling eller lovprisning. Makarios sa da til ham: «Gå da av sted og lær å ikke påvirkes verken av fornærmelser eller smiger. Hvis du dør for verden og deg selv, vil du begynne å leve i Kristus». For å imøtegå noen kjettere som benektet oppstandelsen, skal Makarios ha vekket en mann opp fra de døde.
Under de arianske forfølgelsene under keiser Valens (364-78) var han mellom 373 og 375 forvist til en liten øy i Nilen på grunn av sin ubøyelige ortodoksi av den arianske patriark Lucius av Alexandria, den hellige Athanasius' etterfølger. I sitt eksil var han sammen med Makarios den Yngre og andre munker, og de to sluttet et nært vennskap. Under eksilet omvendte de alle innbyggerne på øya. Etter 375 kunne han vende tilbake.
Fra en tidlig koptisk tekst kommer denne fargerike fortellingen om Makarios og den takknemlige hyenen:
En dag kom en hyene til døren til Makarios' celle med en av valpene sine i munnen. Den banket på døren med hodet. Makarios kom ut og trodde en av hans medbrødre hadde kommet for å besøke ham. Da han så hyenen, undret han: «Hva ønsker den her?» Hyenen holdt valpen i munnen, gråt og holdt den frem til den gamle mannen. Han tok hyeneungen i sine faste hender og undersøkte hva som var problemet. Da så han at valpen var blind på begge øynene. Han spyttet den i ansiktet og salvet begge øynene med fingeren, og straks fikk valpen synet tilbake og gikk til sin mor, der den begynte å die. Deretter dro dyrene tilbake ut i sumpene.
En gang i året bringer libyerne sine sauer til sumpene i Sketis for å spise shoushet, mens gjeterne fra Pernouj bringer sine okser. Dagen etter helbredelsen av valpen kom hyenen til Makarios med et saueskinn i munnen, tykt av ull og nylig drept. Nok en gang banket den på døren med hodet. Da Makarios så det var hyenen med et saueskinn over hodet. spurte han: «Hvor har du vært? Hvor fant du denne, hvis du ikke har spist sauen? Da det du har brakt til meg er et resultat av vold, vil jeg ikke ha det».
Hyenen la da hodet på bakken og bøyde beina, og på sine knær, som om den hadde vært et menneske, ba den ham om å ta skinnet. Han sa da til hyenen: «Men jeg har akkurat sagt til deg at jeg ikke vil ha det, hvis du da ikke lover meg dette: Jeg vil ikke skade de fattige ved å spise deres sauer». Da beveget hyenen hodet kraftig opp og ned, som om den lovet eremitten dette. Igjen gjentok han til den: «Hvis du ikke lover meg dette og sier: `Jeg vil ikke drepe et levende dyr'. Fra i dag skal du spise ditt bytte når det er dødt. Hvis du er i nød, leter og ikke finner noe mat, kom hit, så skal jeg gi deg brød. Fra nå av skal du ikke skade noe dyr».
Da bøyde hyenen hodet til jorden, falt på kne og bøyde potene, beveget hodet opp og ned og så ham i ansiktet som om hun lovet ham det. Og den gamle mannen kjente i sitt hjerte at dette var Guds vilje, og han priste Gud som var med Daniel i løvehulen og ga dyrene forstand, at han nå hadde gitt denne hyenen forstand og latt ham selv forstå at dette var Guds vilje». Deretter tok han imot skinnet fra hyenen, som gikk bort. Fra tid til annen oppsøkte den eremitten. Hvis den ikke hadde funnet mat, kom den til ham, og han kastet et brød til henne. Dette gjorde den mange ganger. Og den gamle mannen sov på saueskinnet til sin død.
Makarios regnes som den første eremitten i ørkenen i Sketis. Det synes som om han kan ha opplevd stigmatisering i likhet med den hellige Frans av Assisi 900 år senere. Han døde i 390 under en besøksreise til munkekoloniene i den nitriske ørken ved Kairo. Hans minnedag er 15. januar, mens østkirkene feirer ham den 19. januar sammen med Makarios den Yngre. Han nevnes i den koptiske messens «anafora» og hans navn står i Martyrologium Romanum. Flere klostre i den libyske ørken bærer fortsatt navnet St. Makarios.
Mange anekdoter om ham finnes i Apothegmata Patrum og i Palladius' historie om det tidlige munkevesenet, «Historia Lausiaca», men det er ingen grunn til å tro at alle er autentiske. Palladius, som senere ble biskop av Helenopolis, var en tid disippel av Makarios den Yngre'. Det har for øvrig vært mye sammenblanding mellom Makarios den Eldre og den Yngre. Et betydelig antall skrifter, inkludert mange prekener, har blitt tilskrevet Makarios den Eldre - de fleste trolig feilaktig.
I kunsten fremstilles Makarios som en gammel eneboer med langt, hvitt hår og kledd i en drakt av blader, knelende i en hule. I venstre hånd holder han en bok, mens han i høyre hånd har et kors. Demoner truer ham og foran ham ligger en hodeskalle. Han har ofte en eremittstav (Makariosstav). Han kan være omgitt av to løver, noe som gjør at han blandes sammen med den hellige Onofrios.