Den hellige Stefan (eng: Stephen) Harding ble født i 1059 i det sørvestlige England, hans navn indikerer muligens opprinnelse i en landsby nær Porlock på nordkysten av Somerset, men vi vet ikke noe om hans familie. Han fikk sin utdannelse i klosteret i Sherborne i Dorset, men han ser ut til å ha forlatt klosteret uten noen definitiv tanke på å bli munk. Som ung mann reiste han utenlands, først til Skottland eller Irland (Lismore i grevskapet Waterford) og deretter til Frankrike, trolig for å studere og se litt av verden. Han studerte i Paris i noen år før han opplevde en slags omvendelse og foretok en valfart til Roma sammen med en venn. Han besøkte ulike klostre på veien og resiterte hver dag hele psalteret.
På vei tilbake dro de gjennom en skog i Burgund i Frankrike, og i Molesme kom de over en samling enkle hytter med munker som levde et liv i fattigdom og delte tiden mellom bønn og det harde manuelle arbeidet som holdt dem med grønnsaker. Deres selvfornektelse og askese appellerte øyeblikkelig til Stefan, og vennen måtte fortsette reisen alene mens han selv ble igjen som munk i Molesme. I abbeden, den hellige Robert, og prioren, den hellige Alberik, fant Stefan likesinnede, og alle gledet seg i sitt hellige fellesskap av bønn og askese og i fattigdommen som noen ganger grenset til ren nød.
Men etter noen år virket det for Stefan og noen av de andre at stedets ånd hadde forsvunnet, og i 1094 dro abbed Robert, prior Alberik, Stefan og fire andre til Lyon og snakket med erkebiskop Hugo av Lyon, den pavelige legat til Frankrike. De søkte tillatelse til å forlate Molesme og søke en mer åndelig livsform. Han verdsatte straks deres mål og ga dem tillatelse i et dokument som fortsatt er bevart. Robert løste munkene fra deres lydighetsløfte til ham, og han og tjue av munkene forlot Molesme.
De dro til et mørkt, trist og sumpete sted midt i skogen sørøst for Dijon i bispedømmet Châlon-sur-Saône, langt fra noen menneskelig bosetning. Stedet het Cîteaux, eller på latin Cistercium, som skulle gi navn til den nye ordenen som vokste frem. Stefan Harding, Robert av Molesme og Alberik av Cîteaux regnes som de tre grunnleggerne av cistercienserordenen (Ordo Cisterciensis - OCist). Rainald, herskeren i Beune, ga dem villig stedet, og hertug Odo av Burgund, som hadde hørt om dem av erkebiskop Hugo, sendte noen arbeidere for å hjelpe dem med å bygge klosteret. Etter tradisjonen vigslet de den 21. mars 1098 Novum Monasterium, «det nye kloster», i motsetning til det gamle, Molesme. Klosteret gikk bare under dette navnet frem til 1119.
Robert ble abbed, Alberik prior og Stefan subprior. Men året etter fant de gjenværende munkene i Molesme ut at de var ille ute uten sin tidligere abbed, så de anmodet Roma om at Robert skulle sendes tilbake til dem. Så etter bare 18 måneder beordret pave Urban II (1088-99) Robert tilbake til Molesme, og han lystret straks, ikke uten en viss lettelse. Alberik ble valgt til ny abbed og Stefan til prior. Etter at Alberik døde den 26. januar 1109, ble Stefan valgt til Cîteaux' tredje abbed. Den 21. mars 1110 døde også Robert av Molesme.
Av de tre første abbedene i Cîteaux var Stefan den viktigste, men hans første år som abbed var ekstremt vanskelige. Hans første handling var å erklære at stormenn ikke lenger skulle få holde hoff i Cîteaux, og dette fjernet åpenbart mye av klosterets inntekter og gjorde at Odos etterfølger, hertug Hugo, en tid var fiendtlig innstilt til Cîteaux. Stefans andre tiltak var enda strengere. Han forbød bruken av alt kostbart i Guds tjeneste, og det måtte ikke finnes noe som tenderte til pomp og prakt. Kalker skulle være av forgylt sølv, messehagler av godt, ordinært stoff og så videre. Men den umiddelbare effekten av disse reglene var å avskrekke besøkende og nye kandidater, og den allerede bekymringsfullt lave tilveksten tørket helt ut.
Da en mystisk sykdom tok livet av mange av munkene, så det ut til at klosteret skulle bukke under. Våren 1112 var det kommet så langt at munkene faktisk hadde begynt å diskutere nødvendigheten av å gi opp hele foretakendet. Men da dukket den unge adelsmannen Bernhard fra Fontaines opp med 30 venner og slektninger, og de trådte alle inn som munker. Dette ble som et signal til andre, og tilstrømningen til Cîteaux gjorde det nødvendig med stadig nye grunnleggelser. Innen 1119 var ti klostre grunnlagt fra Cîteaux.
De første cisterciensiske klostergrunnleggelsene La Ferté, Pontigny, Clairvaux og Morimond oppsto under hans tid som abbed, og det var han som til alles forbauselse utnevnte den kun 24-årige Bernhard til første abbed i Clairvaux. For å binde de nye klostrene til Cîteaux insisterte Stefan på et årlig generalkapittel hvor lederne for alle tilknyttede klostre var forpliktet til å møte. Det var Stefan som skrev konstitusjonene for klosteret i Cîteaux i 1119 (Carta Caritatis). Han ga dermed den unge ordenen sitt lovgrunnlag og konsoliderte munkefellesskapet definitivt. Han gjennomførte også en økonomisk reform i klostrene: Hvert kloster skulle være selvforsynt gjennom egen virksomhet, og alle munkene skulle bidra til fellesskapet. Det var også han som sto bak innføringen av legbrødre his cistercienserne. Han betraktes som forfatteren av Exordium Cisterciensis Coenobii, cistercienserordenens eldste bevarte historie.
I 1133 trakk han seg tilbake, gammel og blind, idet han hadde oppnådd sitt livs mål: Å sikre cistercienserordenens fortsatte eksistens. Han døde den 28. mars 1134. Hans landsmann William av Malmesbury skriver om ham at han var «omgjengelig, vakker, alltid lystig i Herren - alle likte ham». Flere kilder at han ble helligkåret i 1623 av pave Gregor XV (1621-23), men hans navn finnes ikke i Helligåringskongregasjonens Index ac status causarum.
Han ble nevnt i Compendium sanctorum Ordinis Cisterciensis av Johannes de Cireyo i 1491, men cisterciensernes generalkapittel foreskrev hans fest først i 1623 uten å henvise til noen samtidig kult, mirakler eller helligkåring. Hans minnedag er 17. april, men i det engelske bispedømmet Plymouth (hvor Sherborne ligger) feires han den 28. mars. I 1683 ble festen flyttet fra 17. april til 16. juli av cisterciensernes generalkapittel. Hans navn står i Martyrologium Romanum under 17. april, men det er uklart hvordan hans navn ble tatt inn der. Cistercienserne feirer sine tre grunnleggere den 26. januar. På slutten av 1100-tallet var det ikke færre enn 500 cistercienserklostre i Europa.
Stefan Harding fremstilles i kunsten som abbed med Maria, som gir ham et svart belte (Zingulum) eller det hvite skapularet. Han kan også avbildes sammen med Robert av Molesme.