Som pave har pave Frans brukt sitt eget våpenskjold og motto. Selve skjoldet er det samme som han brukte som erkebiskop av Buenos Aires: Her finner vi jesuittenes emblem og segl (de greske bokstavene IHS for Jesus, som også kan tolkes som en forkortelse for «Jesus, menneskenes frelser» på latin, samt korset og naglene og sollyset).
Under sollyset finner man til venstre (heraldisk høyre) en åttekantet stjerne (symbol både på Guds mor Maria og på de åtte saligprisningene) og til høyre en nardusgren. Innen spansk ikonografi fremstilles ofte den hellige Josef med en slik gren i hånden.
Pave Frans beholdt også sitt motto fra tiden som erkebiskop. Det latinske mottoet «miserando atque eligendo» er hentet fra en preken av den hellige Beda den ærverdige som omhander Jesu kallelse av Matteus. Det viser til Kristus som ser Matteus, «gir [ham] miskunn og velger [ham]». (Den første oversettelsen som sirkulerte, var «ringe, men likevel utvalgt», men uttrykket beskriver ikke Matteus, eller pave Frans, men Jesu holdning og handling overfor dem.)