I sitt andre ekteskap med Konstantia av Ungarn, datter av kong Béla II av Ungarn (1131-41) og søster av kong Andreas II (1205-35), fikk kong Ottokar ni nye barn: Vratislav, som døde tidlig, Judith (gift med Bernhard II av Sponheim, som ble hertug av Kärnten), Anna (gift med den schlesiske fyrsten Henrik II den Fromme), Venceslas I (Václav), Ottokars etterfølger som konge av Bøhmen (1230-53), Vladislav (som ble markgreve av Morava), Premysl (som etterfulgte Vladislav som markgreve av Morava etter dennes død), Blazena-Vilhelmina og altså Agnes. Den hellige Elisabeth av Ungarn (av Thüringen) var hennes to år yngre kusine, den hellige Hedvig av Schlesien var hennes tante og den hellige Margareta av Ungarn hennes niese.
Agnes' far kom på tronen i Bøhmen i 1197, og allerede som treåring ble hun trukket inn i den politiske ekteskapsprosessen. Da ble hun sendt til cistercienserinneklosteret Trzebnica i Polen for av politiske grunner å bli forlovet med Boleslas av Schlesien, sønn av hertug Henrik av Schlesien («den skjeggete») og Hedvig av Schlesien. Sammen med henne til klosteret ble også hennes yndlingssøster Anna sendt; hun var blitt forlovet med Henrik II, den eldste sønnen av Henrik og Hedvig. I følge et 1300-tallsdokument i biblioteket i Bamberg fikk hun «opplæring i det grunnleggende i tro og moral av en datter av den hellige Hedvig», som må ha vært abbedissen, Gjertrud. Hun var trådt inn i klosteret i Trebnitz, som hennes mor hadde grunnlagt, i 1209, da hennes forlovede Otto av Wittelsbach døde. Hedvig selv tok seg spesielt av Anna.
Men da Agnes ennå bare var fem eller seks år gammel, døde Boleslas. I 1216 giftet Anna seg med Henrik, og Agnes ble sendt tilbake til hjemlandet. Men kort etter ble hun sendt for å få sin litterære utdannelse hos premonstratensernonnene i Doxan. Dette klosteret var grunnlagt ved byen Leitmeritz i 1124 av Agnes' bestemor, dronning Gjertrud, hustru av kong Vladislav II og datter av den østerrikske hertug Leopold II. Der ble Agnes i halvannet år.
Den tyske Staufer-keiseren Fredrik II (1215-50) ville nå binde Ottokar nærmere til sin politikk og ville derfor ha Agnes som hustru til sin sønn Henrik, som da var ett år gammel [[ti år Holböck] og allerede valgt til tysk-romersk konge. Dermed ble Agnes forlovet med Henrik og i 1220 sendt til det østerrikske hoffet hos hertug Leopold VI av Østerrike, der hun skulle lære tysk og oppdras for livet ved keiserhoffet. Men Leopold intrigerte mot henne og lyktes etter hvert å få giftet bort sin egen datter Margareta av Østerrike med Henrik. De giftet seg den 29. september 1225 i Nürnberg. Agnes var da allerede tyve år [fjorten Holböck], og til sin store glede ble hun sendt hjem. Hun var etter hvert blitt overbevist om at hun måtte vie seg til et liv i kyskhet.
Agnes' far var dypt såret og begynte å forhandle om hennes giftermål med den engelske kongen Henrik III (1216-72). Men dette fikk den kommende keiseren til å begjære skilsmisse fra Margareta (på grunn av sin tidligere trolovelse med Agnes) og han ba på nytt om Agnes' hånd. Fredrik, som da allerede var enkemann, likte ikke sønnens planer og tilbød seg selv å gifte seg med Agnes. Men da sa Agnes et bestemt nei til både far og sønn, fordi hun nå ville vie seg til et kristent og asketisk liv.
Men hennes bror Venceslas, som etter farens død i 1230 var blitt kong Václav I (1230-53), gikk med på forlovelsen med keiseren til tross for hennes protester. Agnes mangedoblet sine bønner og botsøvelser. Hun var 24 år gammel og en vakker kvinne da keiseren i 1035 sendte en ambassadør til Praha for å eskortere henne tilbake til Tyskland hvor giftermålet skulle finne sted. Hennes bror ville ikke høre på noen protester, men Agnes klarte å utsette avreisen og skrev til pave Gregor IX (1227-41) og ba ham forhindre ekteskapet fordi hun ikke hadde gått med på det og at fordi hun lenge hadde ønsket å bli viet til Kristus.
Gregor sendte sin legat til Praha og korresponderte også direkte med Agnes, som viste brevene til sin bror. Kong Václav fant seg selv i et dilemma: han ønsket ikke å bli fiender med paven, men han ønsket heller ikke å vekke keiserens mishag. Han bestemte seg for å si Fredrik sannheten og la ham ta seg av saken. Overraskende tilbød keiseren seg å kansellere hele arrangementet, og sa: «Hvis hun hadde forlatt meg for en dødelig mann, skulle han ha fått føle min hevn med sverdet, men jeg kan ikke føle meg krenket hvis hun foretrekker Himmelens Konge fremfor meg».
De første fransiskanerne hadde kommet til Praha under Agnes' far, og hun så i deres regel sitt eget ideal om et liv i fullstendig fattigdom. Hennes skriftefar og åndelige leder var på denne tiden først minorittpateren Rüdiger, som ga henne en innføring i idealene i det fransiskanske liv, og deretter mester Konrad av Marburg, som tidligere hadde vært skriftefar for Elisabeth av Ungarn. Hun hadde etter mannen Ludvig IVs død i Otranto i 1227 opprettet et hospital i Marburg for fattige, forlatte syke. Elisabeth døde som 24-åring den 17. november 1231, og allerede fire år senere, den 25. mai 1235, ble hun helligkåret av pave Gregor IX.
Kusinen Elisabeths forbilledlige liv, som hun fikk vite om gjennom skriftefaren Konrad av Marburg, grep den bøhmiske prinsessen dypt. Men i motsetning til Elisabeth, som aldri hadde tilhørt noen orden, tenkte Agnes tidlig på å tre inn hos fransiskanerne. I 1233 bygde eller fullførte hun klosteret St. Frans, og med Václavs hjelp bygde hun også et sykehus der for de fattige. Det skulle betjenes av et brorskap, som i 1237 ble en pavelig anerkjent orden ved navn «Korsherrene av den røde stjernen». Deretter bygde Václav og Agnes et kloster for klarissene (Ordo Sanctae Clarae - OSC), som er Fransiskanernes andreorden.. De første søstrene kom fra Trient/Trento, men den 11. november 1235 sluttet syv jenter fra de fornemste bøhmiske adelsfamiliene seg til. Pinsedag den 11. juni 1236 trådte Agnes inn sammen enda syv bøhmiske adelskvinner. Hun avla løftene og mottok sløret som klarissenonne etter at hun hadde frasagt seg sin krone.
Allerede den 31. august samme år ga pave Gregor IX provinsialen for den saksiske minorittprovinsen, p. Johannes del Piano Carpinni, beskjed om å utnevne Agnes til abbedisse i klosteret. Av Agnes' dype og inderlige korrespondanse med den hellige Klara av Assisi er fire brev bevart, og de gjenspeiler de to hellige kvinnenes kamp om å få leve etter den hellige Frans av Assisis opprinnelige regel. Klara sendte fem av sine søstre fra San Damiano til klosteret i Praha, som var det første nord for Alpene. Hun kalte Agnes sitt «halve jeg».
Agnes brukte hele sin formue til å bygge kirker og støtte klostre. Hun var søster og abbedisse i sitt kloster i 46 år. Hun avslo inntekten som broren ønsket å gi til klosteret, og hun fikk fra paven den samme tillatelsen som Klara fikk i San Damiano, nemlig at kommuniteten fikk tillatelse til å frasi seg alle inntekter og eiendommer. Agnes utførte de simpleste oppgavene i klosteret - feide, vasket og laget mat og reparerte klærne til de spedalske. Da hun ble utnevnt til abbedisse av pave Gregor, var det med store vanskeligheter hun ble overtalt til å motta denne verdigheten.
Over hundre unge kvinner fra Bøhmen fulgte hennes eksempel, og over hele Europa bygde fremstående kvinner klarisseklostre, og gikk ofte selv inn i dem. Hun var rådgiver for sin bror kong Václav I og meglet mellom ham og hans opprørske sønn Ottokar II. Hun forutså Václavs seier over hertugen av Østerrike. Med sitt mot og sin fromhet ble Agnes til en av daværende Europas forgrunnsskikkelser.
Hun døde den 2. mars 1282 i Praha, 71 år gammel. Det skal ha skjedd flere undre ved hennes grav, men ikke tilstrekkelig til at det den gangen kom til en helligkåring. Den største vanskeligheten som gang på gang forsinket en helligkåring, var at man ikke kunne finne hennes grav. For under det husittiske opprøret ble hennes jordiske rester gjemt for ikke å vanhelliges.
Agnes ble saligkåret den 3. desember 1874 ved at hennes kult ble stadfestet av den salige pave Pius IX (1846-78) og helligkåret den 12. november 1989 av pave Johannes Paul II i Peterskirken i Roma. Han ville vise at han verdsatte Agnes' dyder: ydmykhet og frivillig fattigdom.
Hennes minnedag er dødsdagen 2. mars, men 8. juni angis også. Kilden Butler's Lives of the Saints angir 6. mars som dødsdato og minnedag. Helligkåringskongregasjonens Index ac status causarum (1999) angir «rundt 6. mars» som dødsdag. Agnes fremstilles oftest som abbedisse med krone mens hun pleier syke.