Den hellige Athanasius (ru: Afanasij; Афанасий) ble født som Amos rundt 1362 i Jaroslavl i Russland. Hans foreldre var de velstående Hilarion og Anna, som ga ham en from oppdragelse. Gutten hadde et oppvakt hode, og helt fra barndommen hadde han en brennende kjærlighet til klosterlivet. Da han var rundt tretten år gammel, forlot han i 1375 foreldrehjemmet i hemmelighet og dro til klosteret Vysotsk («på høyden») eller Jomfruens Unnfangelse ved Serpukhov og ble en disippel av klosterets leder, den hellige Athanasius av Vysotsk den Eldre (d. ca 1401). Han hadde grunnlagt klosteret i 1374 sammen med sin mester, den hellige Sergius av Radonezj (ca 1314-92).
Etter fem år var Athanasius tilfreds med disippelens lydighet, renhet og tålmodighet, så han ga ham tonsuren og sitt eget navn Athanasius som klosternavn. Året etter, i 1381, kom den nye metropolitt Kyprian av Moskva (1381-82; 1390-1406) til Serpukhov for å vigsle en steinkatedral til Jomfruens Unnfangelse som fyrst Vladimir hadde bygd over en fellesgrav for soldater fra Serpukhov som hadde falt i slaget ved Kulikovo Polje, en slette sør for Moskva ved elven Don, den 8. september 1380, da den hellige storfyrst Demetrius Ivanovitsj Donskoj (ru: Dmitrij) (1350-89) bekjempet de muslimske tatarene og drev dem på flukt. Samtidig viet metropolitten Athanasius den Eldre til hegumen (abbed) i klosteret og Athanasius den Yngre til hierodiakon i Sergius' nærvær. I 1382 ble den unge Athanasius viet til hieromunk (prestemunk).
Da metropolitt Kyprian ble jaget fra Moskva i 1382, besøkte han klosteret i Vysotsk på vei til Kiev (nå Kyjiv i Ukraina). Derfra ville han reise til Konstantinopel for å drøfte situasjonen i Moskva med patriarken. Fyrst Vladimir lot Athanasius den Eldre dra med ham, med Sergius' velsignelse. Han innsatte sin unge disippel Athanasius den Yngre til å lede klosteret i sitt fravær. Det var sannsynligvis i den forbindelse at Sergius sendte den hellige Niketas (Nikita) fra Treenighetsklosteret til klosteret Vysotsk for å hjelpe den unge Athanasius med å lede klosteret.
I Kiev fikk Kyprian vite at patriark Nilus av Konstantinopel (1379-88) hadde utnevnt Pimen til metropolitt av Moskva, selv om denne hadde kjøpt sin prelatverdighet i 1380. Han bestemte seg da for å vente med å reise til Konstantinopel til han så hvor lenge Pimen ville bli i Moskva. Etter å ha ventet i tre år i Kiev, bestemte Athanasius seg for å vende tilbake til sitt kloster for å vente på en bedre anledning til å reise til Konstantinopel. I Vysotsk overtok han ledelsen av klosteret igjen, men Niketas fortsatte å bli værende i klosteret.
I 1385 ble metropolitt Kyprian kalt til Konstantinopel for å delta i konsilforhandlinger om ledelsen av den russiske Kirken. Senest i begynnelsen av 1387 forlot Athanasius klosteret i Vysotsk for å reise til Konstantinopel for godt. Med abbed Sergius' velsignelse gikk han av som abbed etter å ha ledet klosteret i tretten år, og han etterlot sin disippel Athanasius den Yngre som abbed av Vysotsk.
Under Athanasius IIs ledelse fortsatte klosteret i Vysotsk å blomstre, og antallet brødre økte. For dem var hegumen Athanasius et eksempel på kyskhet, faste, fattigdom og bønn. I 1395 mottok han i Vysotsk den greske hieromunken Viktor som Athanasius den Eldre sendte fra Konstantinopel med syv ikoner i den fineste greske stil, annet kirkelig utstyr og manuskripter.
Athanasius den Yngre tjente som abbed i åtte år før han ble overmannet av en plutselig sykdom på grunn av sitt harde arbeid, og den 12. september 1395 døde han fredelig, bare rundt 33 år gammel. I henhold til sitt testamente ble han gravlagt foran katedralens vestre dører. Han ble omtalt som «perfekt i faste, sterk i selvbeherskelse, nidkjær i bønn, tålmodig i forsakelser og prøvelser». Han lærte sine munker å vokte omhyggelig alle hjertets bevegelser for å kunne drive bort enhver tanke som mishaget Gud.
Munken Niketas (Nikita), Sergius' slektning og disippel, overtok som klosterets tredje hellige abbed. Helt fra unge Athanasius' begravelse skjedde det mirakler ved hans grav. I 1697 bygde tsar Peter Is mor, tsarina Natalia, en enkeltkuplet steinkirke over hans grav viet til Athanasius av Athos. I 1878 var denne kirken så forfallen at den ble revet, og i anledning klosterets 500-årsjubileum ble det bygd en stor og vakker kirke viet til Sergius av Radonezj og Athanasius av Athos. I 1967 ble denne kirken revet av restauratørene som en bygning «uten arkitektonisk eller historisk verdi». Den 24. september 1994 ble Athanasius den Yngres relikvier gjenfunnet og flyttet over til kirken.
Både den eldre og den yngre Athanasius av Vysotsk minnes sammen den 12. september. Begges biografier ble skrevet i 1697 av hieromunken Karion Istomin fra klosteret Tsjudov i Moskva.