Skjærtorsdag den 23. mars 1475 forsvant lille Simon, som da var 2 ½ år gammel. Bernardin sa at gutten ville finnes blant jødene, men en grundig undersøkelse i det jødiske kvarteret ga ikke noe resultat. Tre dager senere, på påskedag, fant Samuel, en av byens mest prominente jøder, guttens myrdede og grotesk mishandlede legeme i en bekk ved siden av sitt hus i byens utkant. Sammen med to representanter for det jødiske samfunnet, legen Tobias og Angelus, meldte han fra til myndighetene om funnet.
Den måten som barnet var myrdet på, overbeviste myndighetene om at det dreide seg om et ritualmord av religiøse årsaker. Biskop Johannes Hinderbach fikk syv av byens jøder arrestert og forhørt som mistenkte for mordet, nemlig Samuel, Tobias og Angelus i tillegg til Israel, Bonaventura, Toaff og en annen Bonaventura (en kokk). En døpt jøde, Johann av Feltre, som hadde sittet flere år i fengsel for tyveri, benyttet anledningen til å få nedsatt sin dom ved å erklære at jødene brukte blod fra kristne til rituelle handlinger i påsken, På bakgrunn av disse beskyldningene ble alle jøder arrestert, inkludert kvinner og barn.
Den historien som ble fortalt, var at jødene i Trento møttes i synagogen tirsdag i den stille uke for å bestemme hvordan de skulle feire den jødiske påskefesten, som det året falt på skjærtorsdag. Da skal de ha bestemt seg for å ofre et kristent barn på langfredag av hat mot Kristus. En jødisk lege lokket Simon ut av huset mens hans foreldre var og feiret Tenebrae torsdag kveld.
Det fortelles videre at han ble myrdet ved midnatt skjærtorsdag. Beskrivelsen av hans korsfestelse er skremmende. Etter at han var død, skal hans lik ha blitt gjemt flere steder for å hindre at hans foreldre fant det, men til slutt ble det kastet i elva.
Rettssaken startet den 28. mars. De anklagede erklærte seg ikke skyldig og anga to menn: Johannes Schweizer, som hadde tilgang til den bekken som gikk forbi Samuels hus og som lenge hadde vært en fiende av jødene, og den tyske skredderen Enzelin. Johannes Schweizer og hans hustru ble arrestert, men de hadde alibi for den 23, riktignok bare på dagtid. Til slutt ble de satt fri fra fengselet på en «mirakuløs» måte.
Deretter begynte dager og netter med tortur for jødene, hvor det ble prøvd en rekke metoder for å tvinge frem «tilståelser». I lang tid forble de standhaftige, men etter at uker med tortur hadde svekket deres vilje, «tilsto» de med ord som ble lagt dem i munnen av torturistene. Dette fikk hertug Sigismund og andre til å gripe inn for å stanse det som foregikk (21. april). Men forfølgelsene ble gjenopptatt den 5. juni, og de fortsatte til den 80-årige jøden Moses etter fryktelig tortur og vedvarende erklæring av sin uskyld, også «tilsto» på samme måte. Deretter ble åtte av de rikeste jødene dømt til døden, døpt og henrettet, enten på bålet eller ved halshogging og deretter brent.
Grusomheten i rettssaken og henrettelsene hadde forårsaket allmenn indignasjon, og pave Sixtus IV (1471-84) ble engstelig for Kirkens ry. Han ga den 3. august biskop Hinderbach ordre om å stanse saken til en pavelig kommissær hadde kommet, biskop Giambattista di Sindici av Ventimiglia, som ville undersøke saken sammen med biskopen av Trento. Etter undersøkelsen benektet han guttens martyrium og avviste det angivelige miraklet ved hans grav. Kommissæren avslørte nettet av løgner, men da han krevde at de arresterte jødene skulle settes fri, ble han fordømt av biskopen og angrepet av mobben, så han ble tvunget til å trekke seg tilbake til Roveredo. Der innkalte han biskopen og podestà, men i stedet for å komme, sendte biskopen rundt et skriv, rettet til alle kirkelige menn, hvor han beskrev Simons martyrium, rettferdiggjorde sin egen rolle i saken og fordømte biskopen av Ventimiglias arbeid som corruptam inquisitionem.
Mens den pavelige kommissæren tok med seg den antatte morderen Enzelin som fange til Roma for en rettssak der, fortsatte biskopen av Trent og podestà sin rettsforfølgelse av jødene, og flere av dem ble henrettet den 2. desember 1475 og 13. og 16. januar 1476. I alt ble fjorten jøder henrettet, synagogen ble ødelagt og det ble reist et kapell på det stedet gutten angivelig skulle ha blitt myrdet. Alle jøder ble drevet ut av Trento. Der begynte folket straks etter rettssaken å ære Simon som martyr, og det ble meldt om mirakler ved hans grav i kapellet som var bygd for ham i kirken San Pietro.
Fortellinger om jødiske ritualmord blir nå avfeid av historikerne som ren skremselspropaganda, men vi vet at nazistenes antisemittiske propaganda flittig benyttet seg av dette «argumentet». På den andre siden er dokumentene fra rettssaken bevart, med de fjorten anklagedes tilståelser og rapporten fra legen Tiberinus, som undersøkte guttens lik. Men vi vet også at på den tiden pleide tilståelser å bli presset frem under tortur. Alle disse motstridende fakta gjør at hele sannheten om lille Simons død trolig aldri kommer til å bli helt klarlagt.
Biskopen av Ventimiglia rapporterte til Roma at han etter omhyggelige undersøkelser fant at jødene var uskyldige, at Simon var blitt drept av kristne med formål å ruinere jødene og at biskop Hinderbach hadde planlagt å berike seg selv ved å konfiskere eiendommene til dem som ble henrettet. Da utnevnte pave Sixtus IV i 1478 en kommisjon på seks kardinaler til å undersøke saken. Men lederen av kommisjonen var en nær venn av en Bernardin av Feltre, og resultatet var gitt på forhånd, spesielt siden hele Den katolske kirke ville blitt involvert i fordømmelsen av biskopen av Trento. Derfor erklærte paven i dekretet Facit nos pietas av 20. juni 1478 at saken mot jødene i Trento var formelt uklanderlig (rite et recte factum), men han forbød videre forfølgelser av jøder.
Pave Sixtus IV godkjente heller ingen kult for Simon. Det gjorde imidlertid pave Sixtus V (1585-90), som i 1588 tillot Simons kult for erkebispedømmet Trento, vesentlig på bakgrunn av miraklene. Hans navn ble tatt inn i Martyrologium Romanum. Simon er Kirkens yngste martyr, når man ikke regner med De uskyldige barn i Betlehem. Pave Gregor XIII (1572-85) anerkjente Simon som martyr og besøkte hans grav. Bernardin av Feltre ble saligkåret den 13. april 1654 av pave Innocent X (1644-55).
I kirken San Pietro i Trento hviler Simons relikvier i en staselig grav. Der feires fortsatt hans minnedag den 24. mars, selv om man i 1963 foretok en ny undersøkelse av hans sak, hvor man mente å bevise jødenes uskyld. Derfor ble hans navn i 1965 ble fjernet fra Martyrologium Romanum av Rituskongregasjonen, som forbød all fremtidig kult. Siden 1987 har det ikke lenger vært noen Via San Simone i Trento, men en innskrift på Palazzo Salvadori forteller ennå legenden om Simon.
I kunsten fremstilles han som et lite barn, korsfestet, torturert eller spottet av jøder. Noen ganger kan han vises kvalt med et tørkle rundt halsen, mens han holder et banner, nagler og en tang, eller med en martyrpalme og en lang dolk og en blodskål.
Andre barnemartyrer som angivelig ble myrdet av jøder, er de hellige/salige Vilhelm av Norwich (1132-1144), Harold av Gloucester (d. 1168), Richard av Pontoise (d. 1179), Herbert av Huntingdon (d. 1180), Robert av Bury St. Edmunds (d. 1181), Dominikus av Val (d. 1250), «Lille Hugo» av Lincoln (1246-1255), Werner av Oberwesel (d. 1271), Rudolf av Bern (ca 1290-1294), Konrad av Weissensee (d. 1303), Ludvig av Bruck (d. 1429), Andreas av Rinn (d. 1462) og Laurentius Sossius (d. 1485). Disse og andre barn ble helt klart myrdet, men hvorfor og av hvem er ikke kjent, og vil nok heller aldri bli oppklart.