Historien om klostervesenet er historien om stadige reformer. På 800-tallet hadde Kirken blitt stadig mer avhengig av de verdslige herskerne. Mange kirker og klostre var såkalte «proprietær-kirker», det vil si at de tilhørte en adelsmann som ansatte prester og abbeder etter eget forgodtbefinnende. Som reaksjon på dette misbruket ble det i 910 grunnlagt et kloster i Cluny i fjellene i Burgund, åtte mil nord for Lyon. Den såkalte cluniacensiske bevegelse gikk deretter over vesten de neste århundrene. Da Cluny var på sitt mektigste, ble over 1000 klostre fra hele Europa styrt derfra. Da cluniacensermunken Hildebrand i 1073 ble valgt til pave under navnet Gregor VII, utvidet han Clunys reformiver til hele Kirken.
Cluniacenserne ble ingen ny orden, de reformerte benediktinerordenen innefra og satte igjen St. Benedikts gamle munkeidealer i sentrum for tilværelsen i klostrene: Askese, botsøvelser, meditasjon og bønn. I tillegg til de gamle løftene fattigdom, kyskhet og lydighet kom et nytt særpreg som har preget benediktinerne til denne dag, nemlig en spesiell pleie av musikk og korsang for å høytideliggjøre liturgien, og opprettelse av omfattende biblioteker som grunnlag for lærde studier.
Men selv om munkene i Cluny-kongregasjonen avla individuelt fattigdomsløfte, så gjorde ikke klostrene det, og snart var de rike og mektige institusjoner. Derfor dukket det snart opp en ny reformbevegelse som satte opp et nytt religiøst fattigdomsprinsipp, vita evangelica et apostolica. Stadig flere munker dro enkeltvis eller i grupper på flukt til ensomheten, eremos, for der å leve som pauperes Christi (Kristi fattige) i streng fattigdom og av sine egne henders arbeid, ikke av andres. Dette siste var nemlig blitt svært så alminnelig i datidens klosterliv. Den nye bevegelsen ville virkeliggjøre det nye fattigdomsidealet og dermed fornyelsen av vita religiosa ved å vende tilbake til renheten i Benedikts regel.
Den hellige Robert av Molesme (1027–1110) var grunnlegger av det burgundiske reformklosteret Molesme, som raskt utviklet seg til et rikt og mektig kloster. Dette passet ham dårlig, så sammen med en gruppe av sju likesinnede munker i klosteret dro han i 1098 til et sted i nærheten av Dijon, og etter tradisjonen grunnla han der den 21. mars 1098 Novum Monasterium, «det nye kloster», i motsetning til det gamle, Molesme. Stedet het Cîteaux, eller på latin Cistercium, som skulle gi navn til den nye ordenen som vokste frem. Robert ble snart etterfulgt som abbed av den hellige Alberik av Cîteaux, som sørget for den indre oppbygging, mens den hellige Stefan Harding, tredje abbed av Cîteaux, fullførte grunnleggelsen av en ny gren av benediktinerordenen gjennom å skrive deres konstitusjon. Disse tre abbedene feires som grunnleggere av cistercienserordenen.
Men først så den nye bevegelsen ut til å skulle bli kortvarig. På grunn av den kompromissløse strengheten var det ingen som søkte opptakelse i klosteret, og våren 1112 var det kommet så langt at munkene faktisk hadde begynt å diskutere nødvendigheten av å gi opp hele foretakendet. Men da dukket den unge adelsmannen Bernhard fra Fontaines opp med 30 venner og slektninger som trådte inn som munker. Dette var som et signal til andre, og tilstrømningen gjorde det nødvendig med stadig nye grunnleggelser. Det første datterklosteret ble La Ferté (1113), deretter kom Pontigny (1114) og endelig Clairvaux (1115), der Bernhard fikk med seg 12 munker og ble selv abbed. Samme år ble det fjerde datterklosteret Morimond grunnlagt. St. Bernhard av Clairvaux (1090–1153) fikk aldri noe høyere embete enn abbed i Clairvaux, men gjennom sin omfattende kirkepolitiske virksomhet åpnet han hele Europa for den nye ordenen og gjorde Cistercienserne til en monastisk massebevegelse. Han regnes noen ganger som den egentlige grunnlegger av ordenen, og i senmiddelalderen ble da også cistercienserne flere steder kalt «Bernhardinere».
Etter den første fasen med 26 nye grunnleggelser, som allerede omfattet klostre i Liguria, Tyskland og Piemonte, bredte ordenen mellom 1124 og 1151 seg nesten eksplosjonsartet. Bernhard alene grunnla 70 nye klostre, og disse grunnla igjen nye, eller gamle klostre sluttet seg til og overtok cisterciensernes regel, slik at da han døde, sto 160 klostre under hans ledelse. Disse var i tillegg til i Frankrike også i Spania, Italia, Sveits, Tyskland, De britiske Øyer og Sverige. Tiden mellom 1150 og 1250 ble brukt til indre og ytre stabilisering, selv om veksten også fortsatte. Men fra ca. 1250 gikk den førende rolle i klosterbevegelsen over til de raskt voksende tiggerordenene.
Cisterciensernes konstitusjon, Charta caritatis, ble stadfestet av pave Alexander III i bullen Sacrosancta i 1165. Den gjorde datterklostrene til en viss grad avhengige av sitt moderkloster (Filiation), og moderklosterets abbed kom årlig på visitasjon. Hvert datterkloster kunne så igjen bli moderkloster for nye grunnleggelser. Den øverste makt lå hos det årlige generalkapitlet, hvor alle abbedene samlet seg under ledelse av generalabbeden i Cîteaux. Beslutningene der hadde uten unntak forpliktende karakter, også for abbeden av Cîteaux og de fire fremste abbedene, primærabbedene, for Cîteaux' første grunnleggelser La Ferté, Pontigny, Clairvaux og Morimond. Cistercienserne tilstrebet altså en middelvei mellom det cluniacensiske sentraliserte systemet og det gamle benediktinske systemet med absolutt autonomi for hvert kloster. Deres konstitusjon påvirket andre reformordener som Premonstratenserne, Karteuserne og Wilhelmittene (fra 1256 en del av Augustinereremittene).
Cistercienserne ville dele sin tid mellom Opus Dei («Guds verk», det vil si gudstjeneste og officium), Lectio divina (åndelig lesning) og Labor manuum (arbeid med hendene). I liturgien vendte de seg bort fra Clunys endeløse lengde og høytidelige prakt og vendte tilbake til den klassiske korthet, enkelhet og inderlighet. Denne streben etter enkelhet formet også den strenge stilen innen arkitekturen som kalles cisterciensisk. Ordenen var så streng at den først forbød den nye kunsten med glassmalerier, men ga seg etter noen få tiår. Cistercienserne mente at hardt arbeid var en del av munkenes kall, og de slo seg ned på øde steder, in eremo eller in solitudine, og det var stort sett deres fortjeneste at landet ble lagt under plogen. De overtok snart systemet fra cluniacenserne og andre reformordener med legbrødre eller conversi, som var underordnet munkene og gjerne ble hentet fra de lavere sosiale lag for å utføre kroppsarbeidet. De kunne kjennes ved at de bar skjegg, conversi barbati. Etter hvert som den økonomiske virksomheten økte, måtte det også ansettes lønnsarbeidere, mercennarii.
På slutten av middelalderen led ordenen store tap på grunn av ytre hendelser, som Hundreårskrigen mellom England og Frankrike, Husittkrigene i Bøhmen, og ikke minst reformasjonen. Den utryddet alle ordenens klostre i England, Skottland, Skandinavia, Nederland og Ungarn, og det forsvant også mange i Det hellige romerske Rike (Tyskland) og Sveits .
Den mannlige delen av (den ureformerte) cistercienserordenen omfattet i 1990 78 klostre med 1341 munker, derav 818 prester. Tilsvarende tall for den kvinnelige delen var 91 klostre med 1691 nonner.